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植物分类学（系统植物学）
中国华南及云南热带、亚热带地区枯枝暗色丝孢真菌分类研究
中国热带及亚热带地区凋落枯枝暗色丝孢真菌分类研究Ⅰ
耐热真菌多样性及分子系统学研究
中国南方部分地区枯枝暗色丝孢真菌分类研究
山东部分地区木生腐生真菌种类与分布的初步研究
几种稀有虫草的分子系统学研究
中国大陆山茶属植物上斑痣盘菌物种多样性研究及阔叶树生散斑壳属的ITS序列分析
黄山风景区常绿阔叶树生齿裂菌属分类学研究及该属种间遗传多样性分析
筱竹属及其近缘属系统学研究
几种虫草类真菌多基因分子系统学研究
黄山柯属植物生斑痣盘菌科的分类和两近似属的系统发育关系
黏菌代表种的个体发育相关基因表达及系统发育关系研究
广东耳草属分类学研究
西天山地区毛茛科植物研究
贵州蜘蛛抱蛋属植物系统学研究
中国西南部分地区网柄菌的分类学研究
梅岭高校园区大型真菌资源，纯培养物及其酶活的研究
沙芥属（十字花科）物种界定及物种形成研究
中国地萼苔科Geocalycaceae的分子系统学研究
沼液培养微藻及光生物反应器的设计
山东沿海潮间带绿藻形态及分子鉴定
黄海、长江口沉积物中真菌属种多样性初步研究
海南文字衣科分类研究
中国褐梅衣类的初步研究
大兴安岭阿尔山沼泽丝状藻类和绿球藻目藻类的研究
长江三角洲地区绿球藻目的研究
中国小皮伞属广义球盖组分类学研究
翅果菊属Pterocypsela Shih（菊科—菊苣族）分类学研究
滇东北三脉紫菀多倍体复合体的细胞地理学研究和分子鉴定
中国西部地区网衣及其相关属地衣的初步研究
国产无花果组（Ficus sect.Ficus,Moraceae）的分子系统学研究
用于工业烟道气二氧化碳固定的油藻育种研究
石耳目、科、属表基系统生物学及其对普通系统生物学的意义
海洋微藻的分类方法学研究
中国产砂藓属（Racomitrium）植物系统学研究
中国蓑藓属植物Macromitrium分类学和地理分布研究
中国帕米尔高原合瓣花类（除菊科）植物研究
西双版纳傣族对非木材林产品利用状况的研究--以野生蔬菜和药用植物为例
唇鳞苔属（Cheilolejeunea）的分子系统学研究
小锦藓属的分类学修订
珍稀植物蒜头果保护生物学研究
中国地衣型真菌石黄衣属的初步研究
国产葱属粗根组植物分子系统学研究
油果实采后生理研究
蒜头果的濒危原因研究及挽救对策
天然活性物质的诱导、分离及活性研究
中国橙衣属（caloplaca Th.Fries）地衣的初步研究
（虫胃）实濒危机制的初步研究
紫球藻藻红蛋白和藻蓝蛋白共价交联物的构建及其与天然藻胆体特性的比较研究
金丝桃属植物的分泌结构及其与金丝桃素类物质的相关性研究
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