| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 1 引言 | 第10-16页 |
| 1.1 粪肠球菌 | 第10-11页 |
| 1.1.1 粪肠球菌的基本特征及分布情况 | 第10页 |
| 1.1.2 粪肠球菌的应用及争议 | 第10-11页 |
| 1.2 比较基因组学 | 第11-14页 |
| 1.2.1 比较基因组学 | 第11-12页 |
| 1.2.2 细菌的耐药基因、毒力因子和前噬菌体序列 | 第12页 |
| 1.2.3 比较基因组学在乳酸菌研究中的应用 | 第12-13页 |
| 1.2.4 比较基因组学在肠球菌研究中的应用 | 第13-14页 |
| 1.3 研究的主要内容及意义 | 第14-16页 |
| 1.3.1 研究的主要内容 | 第14页 |
| 1.3.2 研究的意义及目的 | 第14-16页 |
| 2 材料与方法 | 第16-21页 |
| 2.1 实验菌株 | 第16-18页 |
| 2.2 实验试剂与仪器 | 第18-19页 |
| 2.3 实验方法 | 第19-21页 |
| 2.3.1 菌株活化及DNA提取 | 第19页 |
| 2.3.2 测序 | 第19页 |
| 2.3.3 序列组装及基因预测 | 第19页 |
| 2.3.4 核心基因组和泛基因组构建 | 第19-20页 |
| 2.3.5 系统发育树构建 | 第20页 |
| 2.3.6 环境特异性基因分析 | 第20页 |
| 2.3.7 粪肠球菌耐药基因检索分析 | 第20页 |
| 2.3.8 粪肠球菌毒力基因检索分析 | 第20页 |
| 2.3.9 粪肠球菌前噬菌体检索分析 | 第20-21页 |
| 3 结果分析与讨论 | 第21-46页 |
| 3.1 粪肠球菌基因组特点 | 第21-22页 |
| 3.2 粪肠球菌核心基因组与泛基因组 | 第22-26页 |
| 3.3 粪肠球菌系统发育关系 | 第26-27页 |
| 3.4 环境特异性基因 | 第27-29页 |
| 3.5 耐药基因 | 第29-32页 |
| 3.5.1 粪肠球菌耐药基因分类 | 第29-31页 |
| 3.5.2 不同分离源携带耐药基因数 | 第31-32页 |
| 3.6 不同分离源粪肠球菌毒力基因分析 | 第32-40页 |
| 3.6.1 粪肠球菌携带毒力基因情况 | 第32-34页 |
| 3.6.2 粪肠球菌共有的毒力基因 | 第34-35页 |
| 3.6.3 不同分离源粪肠球菌所含毒力基因 | 第35-38页 |
| 3.6.4 环境特异性毒力基因 | 第38-40页 |
| 3.7 前噬菌体序列 | 第40-46页 |
| 4 结论 | 第46-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-55页 |
| 作者简介 | 第55页 |