| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 縮略语表 | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第10-20页 |
| 1.1 乳杆菌属 | 第10-13页 |
| 1.1.1 乳杆菌属的分类学地位 | 第10-11页 |
| 1.1.2 乳杆菌属内的归类 | 第11-13页 |
| 1.1.3 保加利亚乳杆菌 | 第13页 |
| 1.2 微进化及研究方法 | 第13-16页 |
| 1.2.1 微进化理论 | 第13-14页 |
| 1.2.2 微进化的机制 | 第14页 |
| 1.2.3 乳酸菌微进化的机制 | 第14-15页 |
| 1.2.4 乳酸菌微进化的研究方法 | 第15-16页 |
| 1.3 MLST技术及其在乳酸菌微进化的应用 | 第16-18页 |
| 1.3.1 MLST技术 | 第16-17页 |
| 1.3.2 MLST技术在乳酸菌微进化研究中的应用 | 第17-18页 |
| 1.4 全基因组在乳酸菌微进化的应用 | 第18-19页 |
| 1.5 立题意义与研究内容 | 第19-20页 |
| 1.5.1 立题意义 | 第19页 |
| 1.5.2 研究内容 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-27页 |
| 2.1 菌株来源 | 第20-23页 |
| 2.1.1 Lactobacillus模式菌株来源 | 第20-23页 |
| 2.1.2 L.delbrueckii subsp.bulgaricus分离株来源 | 第23页 |
| 2.2 主要试剂 | 第23-24页 |
| 2.3 主要设备 | 第24页 |
| 2.4 生物信息学分析软件 | 第24页 |
| 2.5 实验方法 | 第24-27页 |
| 2.5.1 Lactobacillus模式菌株活化及基因组DNA的提取 | 第24页 |
| 2.5.2 Lactobacillus模式菌株全基因组测序、组装和预测 | 第24-25页 |
| 2.5.3 Lactobacillus模式菌株进化分析 | 第25页 |
| 2.5.4 L.delbrueckii subsp.bulgaricus分离株MLST基因选取和引物设计 | 第25页 |
| 2.5.5 L.bulgaricus分离株活化、DNA提取以及PCR扩增、测序 | 第25-26页 |
| 2.5.6 L.bulgaricus分离株MLST数据分析 | 第26-27页 |
| 3 结果分析及讨论 | 第27-64页 |
| 3.1 Lactobacillus模式菌株基因组特征 | 第27-33页 |
| 3.1.1 Lactobacillus模式菌株核心基因和泛基因集 | 第31-33页 |
| 3.1.2 Lactobacillus基因组ANI和TNI分析 | 第33页 |
| 3.2 基于全基因组构建Lactobacillus系统发育分析 | 第33-41页 |
| 3.2.1 Lactobacillus complex的系统发育分析 | 第34-36页 |
| 3.2.2 Lactobacillus遗传谱系与发酵类型的关系 | 第36-37页 |
| 3.2.3 Lactobacillus遗传谱系与不同生境的关系 | 第37-39页 |
| 3.2.4 动物来源Lactobacillus进化特征 | 第39-41页 |
| 3.3 基于全基因组序列种水平的分类 | 第41页 |
| 3.4 L.delbrueckii subsp.bulgaricus微进化分析 | 第41-64页 |
| 3.4.1 L.delbrueckii subsp.bulgaricus等位基因ST识别 | 第41-51页 |
| 3.4.2 L.delbrueckii subsp.bulgaricus种群结构分析 | 第51-52页 |
| 3.4.3 L.delbrueckii subsp.bulgaricus系统发育网络分析 | 第52-54页 |
| 3.4.4 L.delbrueckii subsp.bulgaricus重组事件分析 | 第54-56页 |
| 3.4.5 不同序列型EBURST分析 | 第56-57页 |
| 3.4.6 不同序列型与分离源关联分析 | 第57-61页 |
| 3.4.7 不同序列型合并基因系统发育分析 | 第61-64页 |
| 4 结论 | 第64-65页 |
| 5 本论文主要创新点 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-77页 |
| 作者简介 | 第77-78页 |
