| 项目资助 | 第6页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第6-7页 |
| 致谢 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 图目录 | 第13-16页 |
| 表目录 | 第16-17页 |
| 缩略词 | 第17-18页 |
| 目录 | 第18-21页 |
| 1. 文献综述 | 第21-44页 |
| 1.1 耐辐射奇球菌概况 | 第21-22页 |
| 1.1.1 形态 | 第21页 |
| 1.1.2 来源 | 第21页 |
| 1.1.3 基因组 | 第21-22页 |
| 1.2 耐辐射奇球菌抗氧化机制 | 第22-32页 |
| 1.2.1 非酶非蛋白系统 | 第24-25页 |
| 1.2.2 酶系统 | 第25-26页 |
| 1.2.3 金属离子与抗氧化的关系 | 第26-27页 |
| 1.2.4 调控因子 | 第27-32页 |
| 1.3 转录组及数据分析 | 第32-37页 |
| 1.3.1 二代测序技术 | 第32-34页 |
| 1.3.2 标准化的方法 | 第34-37页 |
| 1.4 细菌小RNA的研究 | 第37-44页 |
| 1.4.1 种类 | 第37页 |
| 1.4.2 反式编码小RNA作用机制 | 第37-38页 |
| 1.4.3 反义RNA的作用机制 | 第38-41页 |
| 1.4.4 细菌小RNA的发现手段 | 第41-43页 |
| 1.4.5 细菌小RNA研究相关的一些生物信息学工具 | 第43-44页 |
| 2. 耐辐射奇球菌全转录组数据挖掘 | 第44-86页 |
| 2.1 引言 | 第44-45页 |
| 2.2 材料与方法 | 第45-47页 |
| 2.2.1 仪器与材料 | 第45页 |
| 2.2.2 菌株及培养基 | 第45页 |
| 2.2.3 RNA文库构建 | 第45-46页 |
| 2.2.4 测序数据的预处理 | 第46页 |
| 2.2.5 测序数据的深入挖掘 | 第46-47页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第47-84页 |
| 2.3.1 RNA测序结果总览 | 第47-48页 |
| 2.3.2 氧化胁迫下基因差异表达分析 | 第48-60页 |
| 2.3.3 mRNA前导调控序列的发掘 | 第60-73页 |
| 2.3.4 耐辐球菌非编码RNA的发现和筛选 | 第73-76页 |
| 2.3.5 新的开放阅读框的发掘 | 第76-84页 |
| 2.4 小结 | 第84-86页 |
| 3. 耐辐射奇球菌DrPerR蛋白的功能研究 | 第86-112页 |
| 3.1 引言 | 第86-87页 |
| 3.2 材料与方法 | 第87-94页 |
| 3.2.1 设备与材料 | 第87页 |
| 3.2.2 菌种及培养基 | 第87-88页 |
| 3.2.3 drperR突变株的构建 | 第88-90页 |
| 3.2.4 γ-射线和UV辐射对耐辐射奇球菌drperR突变株生存率影响表型实验 | 第90页 |
| 3.2.5 金属和过氧化氢对耐辐射奇球菌drperR突变株表型实验 | 第90-91页 |
| 3.2.6 野生型和缺失突变株细胞抗氧化活性分析 | 第91页 |
| 3.2.7 QRT-PCR基因转录水平差异检测 | 第91-92页 |
| 3.2.8 DrPerR蛋白表达纯化和凝胶阻滞实验 | 第92-94页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第94-110页 |
| 3.3.1 drperR开放阅读框的发现和序列验证 | 第94-100页 |
| 3.3.2 drperR缺失突变株的鉴定 | 第100-101页 |
| 3.3.3 drperR缺失突变株的金属离子敏感性、过氧化氢抗性以及辐射抗性研究 | 第101-102页 |
| 3.3.4 野生型和drperR缺失突变株抗氧化活性检测 | 第102-105页 |
| 3.3.5 QRT-PCR分析受DrPerR调控的下游基因 | 第105-106页 |
| 3.3.6 DrPerR蛋白的体外活性研究 | 第106-110页 |
| 3.4 小结 | 第110-112页 |
| 4. 总结与展望 | 第112-115页 |
| 参考文献 | 第115-122页 |
| 个人简介 | 第122-123页 |
