| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 绪论 | 第9-22页 |
| 1.1 计算化学概述 | 第9-10页 |
| 1.1.1 量子力学方法 | 第9-10页 |
| 1.1.2 分子力学方法 | 第10页 |
| 1.2 分子对接 | 第10-12页 |
| 1.2.1 分子对接原理 | 第11页 |
| 1.2.2 分子对接常用方法 | 第11页 |
| 1.2.3 分子对接软件介绍 | 第11-12页 |
| 1.3 分子动力学模拟 | 第12-18页 |
| 1.3.1 分子间作用力 | 第12-14页 |
| 1.3.2 分子力场 | 第14-15页 |
| 1.3.3 溶剂介电质模型 | 第15-16页 |
| 1.3.4 数值算法及能量优化 | 第16-17页 |
| 1.3.5 分子动力学模拟的其他细节 | 第17-18页 |
| 1.4 结合自由能预测方法 | 第18页 |
| 1.5 菊粉与菊粉酶 | 第18-20页 |
| 1.5.1 菊粉 | 第18-19页 |
| 1.5.2 菊粉酶 | 第19-20页 |
| 1.5.3 菊粉的应用前景 | 第20页 |
| 1.6 研究目的与研究内容 | 第20-22页 |
| 2 菊粉酶活性位点分析 | 第22-36页 |
| 2.1 前言 | 第22-23页 |
| 2.2 研究方法 | 第23-27页 |
| 2.2.1 模型建立 | 第23-25页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第25-26页 |
| 2.2.3 MM-GBSA能量计算和能量分解 | 第26-27页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第27-33页 |
| 2.3.1 蛋白质活性口袋分子动力学模拟的稳定性评估 | 第27-29页 |
| 2.3.2 复合物表面分子间相互作用情况 | 第29-30页 |
| 2.3.3 结合自由能的计算 | 第30-31页 |
| 2.3.4 结合过程中的关键残基贡献 | 第31-33页 |
| 2.4 小结 | 第33-36页 |
| 3 菊粉酶水解机理分析 | 第36-50页 |
| 3.1 前言 | 第36页 |
| 3.2 研究方法 | 第36-40页 |
| 3.2.1 模型建立 | 第36-38页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第38-39页 |
| 3.2.3 MM-GBSA计算 | 第39-40页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第40-49页 |
| 3.3.1 小分子对接后蛋白质活性口袋稳定性评估 | 第40-42页 |
| 3.3.2 复合物表面分子间相互作用情况 | 第42-43页 |
| 3.3.3 复合物结合自由能的计算 | 第43-44页 |
| 3.3.4 结合过程中的关键残基贡献 | 第44-49页 |
| 3.4 小结 | 第49-50页 |
| 4 菊粉酶的虚拟定点突变 | 第50-59页 |
| 4.1 前言 | 第50页 |
| 4.2 研究方法 | 第50-53页 |
| 4.2.1 模型建立 | 第50-52页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第52-53页 |
| 4.2.3 MM-GBSA计算 | 第53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-58页 |
| 4.3.1 突变后蛋白质活性口袋稳定性评估 | 第53-55页 |
| 4.3.2 突变体分子表面分子间相互作用情况 | 第55-56页 |
| 4.3.3 突变后复合物结合自由能的计算 | 第56-57页 |
| 4.3.4 蛋白质突变后关键残基贡献比较 | 第57-58页 |
| 4.4 小结 | 第58-59页 |
| 结论 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-67页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |