| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 食品微生物研究概况 | 第10-11页 |
| 1.2 传统固态发酵食醋简介 | 第11-13页 |
| 1.2.1 镇江香醋 | 第12-13页 |
| 1.3 基于元基因组分析的食品微生物研究 | 第13-19页 |
| 1.3.1 高通量测序技术在食品微生物研究中的历程 | 第13-15页 |
| 1.3.2 全基因组测序在食品微生物功能研究中的应用 | 第15-17页 |
| 1.3.3 高通量测序技术在食品安全研究中的应用 | 第17页 |
| 1.3.4 利用高通量测序进行食品微生物元基因组研究 | 第17-19页 |
| 1.4 元基因组研究的生物信息学现状 | 第19-24页 |
| 1.4.1 元基因组数据分析流程 | 第19-20页 |
| 1.4.2 常用的元基因组数据分析平台 | 第20-23页 |
| 1.4.3 生命科学领域语义网数据库的现状 | 第23-24页 |
| 1.5 本论文的目标和任务 | 第24-26页 |
| 第二章 多源异构食品微生物整合型数据库的构建 | 第26-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-32页 |
| 2.1.1 主要数据源与数据内容 | 第26-27页 |
| 2.1.2 数据处理 | 第27-29页 |
| 2.1.3 数据结构及数据转换 | 第29-30页 |
| 2.1.4 数据分析工具 | 第30-32页 |
| 2.1.5 平台及环境 | 第32页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第32-36页 |
| 2.3 本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 镇江香醋微生物群落元基因组的测序及分析 | 第37-44页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37-38页 |
| 3.1.1 样品收集 | 第37页 |
| 3.1.2 提取基因组DNA | 第37-38页 |
| 3.1.3 文库构建和测序 | 第38页 |
| 3.1.4 组装和基因预测 | 第38页 |
| 3.1.5 分类和功能分配 | 第38页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第38-43页 |
| 3.2.1 宏基因组数据分析流程 | 第38-39页 |
| 3.2.2 元基因组数据概述 | 第39-40页 |
| 3.2.3 元基因组数据的基因预测 | 第40-41页 |
| 3.2.4 预测基因的系统分类 | 第41-42页 |
| 3.2.5 预测基因的功能分类 | 第42-43页 |
| 3.3 本章小结 | 第43-44页 |
| 第四章 镇江香醋主体风味物质微生物代谢网络的构建 | 第44-82页 |
| 4.1 材料与方法 | 第44-45页 |
| 4.1.1 风味代谢物分析 | 第44-45页 |
| 4.1.2 基因的功能分类 | 第45页 |
| 4.1.3 生物信息分析和代谢概况预测 | 第45页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第45-80页 |
| 4.2.1 食醋和培养基中的风味代谢分析 | 第45-46页 |
| 4.2.2 食醋微生物预测代谢网络构建 | 第46-53页 |
| 4.2.3 不同风味合成途径中微生物的分布 | 第53-80页 |
| 4.3 本章小结 | 第80-82页 |
| 第五章 镇江香醋产乙偶姻功能微生物的分离与功能分析 | 第82-94页 |
| 5.1 材料和方法 | 第82-85页 |
| 5.1.1 镇江香醋的乙酸发酵 | 第82-83页 |
| 5.1.2 宏基因组测序及数据分析 | 第83页 |
| 5.1.3 克隆文库分析 | 第83-84页 |
| 5.1.4 醋酸菌和乳酸菌的分离 | 第84页 |
| 5.1.5 功能微生物的单一和共培养 | 第84-85页 |
| 5.1.6 食醋微生物产乙偶姻功能的调节 | 第85页 |
| 5.1.7 风味代谢分析 | 第85页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第85-93页 |
| 5.2.1 双乙酰/乙偶姻代谢途径中物种分布差异 | 第85-87页 |
| 5.2.2 醋酸菌和乳酸菌的分离和鉴定 | 第87-91页 |
| 5.2.3 醋菌和乳酸菌的单一和共培养 | 第91页 |
| 5.2.4 食醋微生物产乙偶姻功能的调控 | 第91-93页 |
| 5.3 本章小结 | 第93-94页 |
| 第六章 主要结论与展望 | 第94-97页 |
| 6.1 主要结论 | 第94-95页 |
| 6.2 论文主要创新点 | 第95页 |
| 6.3 展望 | 第95-97页 |
| 致谢 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-105页 |
| 附录: 作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第105页 |
