| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-20页 |
| 第一章 绪论 | 第20-44页 |
| ·转录组学概述 | 第20-21页 |
| ·转录组学研究的基本方法 | 第21-28页 |
| ·表达序列标签（EST）技术 | 第21-24页 |
| ·基因芯片技术 | 第24-28页 |
| ·高通量测序条件下的转录组学研究 | 第28-32页 |
| ·基因表达系列分析技术 | 第29-30页 |
| ·大规模平行测序技术 | 第30-32页 |
| ·利用RNA-Seq 技术的转录组学研究 | 第32-37页 |
| ·米曲霉的转录组学研究 | 第37-42页 |
| ·米曲霉研究概述 | 第37-40页 |
| ·米曲霉转录组学研究现状 | 第40-42页 |
| ·本课题的研究目的及主要内容 | 第42-44页 |
| ·选题背景及研究目的 | 第42页 |
| ·本研究的主要内容 | 第42-44页 |
| 第二章 米曲霉转录组样品制备及RNA-Seq 测序 | 第44-60页 |
| ·引言 | 第44页 |
| ·实验材料 | 第44-47页 |
| ·菌种 | 第44-45页 |
| ·主要试剂 | 第45-46页 |
| ·主要试剂的配制 | 第46页 |
| ·主要仪器设备 | 第46-47页 |
| ·实验方法 | 第47-54页 |
| ·米曲霉培养 | 第47-48页 |
| ·RNA 提取及纯化 | 第48-50页 |
| ·RNA 样品质量检测 | 第50-52页 |
| ·RNA-Seq 测序文库制备 | 第52-53页 |
| ·RNA-Seq 文库测序 | 第53-54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-59页 |
| ·米曲霉的内质网压力胁迫状态的建立 | 第54-55页 |
| ·米曲霉RNA 样品制备 | 第55-56页 |
| ·米曲霉RNA 样品质量分析（NanoDrop1000 分光光度计） | 第56页 |
| ·米曲霉RNA 样品质量分析（Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer） | 第56-57页 |
| ·米曲霉内质网压力胁迫状态的qPCR 验证 | 第57-59页 |
| ·RNA-Seq 文库制备及测序 | 第59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第三章 米曲霉转录组的全局分析 | 第60-80页 |
| ·引言 | 第60页 |
| ·实验材料 | 第60-62页 |
| ·转录组分析的原始数据 | 第60页 |
| ·主要试剂 | 第60-61页 |
| ·主要试剂的配制 | 第61页 |
| ·主要仪器设备 | 第61-62页 |
| ·数据分析方法及实验方法 | 第62-68页 |
| ·测序数据匹配到米曲霉基因组及基因上 | 第62-63页 |
| ·基因表达水平的确定及标准化 | 第63-64页 |
| ·基因非翻译区（UTR）分析 | 第64-65页 |
| ·基于RNA-Seq 数据的新转录本分析 | 第65-66页 |
| ·基因的GO 功能注释及富集分析 | 第66-67页 |
| ·RT-PCR 验证RNA-Seq 数据的分析结果 | 第67-68页 |
| ·结果与讨论 | 第68-78页 |
| ·RNA-Seq reads 在米曲霉基因组及基因上的匹配统计 | 第68-69页 |
| ·RNA-Seq 技术的准确性分析 | 第69-72页 |
| ·米曲霉全基因组水平的转录分析 | 第72-73页 |
| ·基因非翻译区（UTR）的分布和功能预测 | 第73-75页 |
| ·米曲霉基因uORF 和uATG 的分析 | 第75-76页 |
| ·米曲霉新转录本和新外显子的分析 | 第76-78页 |
| ·本章小结 | 第78-80页 |
| 第四章 米曲霉转录组中的可变剪接分析 | 第80-93页 |
| ·引言 | 第80页 |
| ·实验材料 | 第80-82页 |
| ·可变剪接分析的原始数据 | 第80页 |
| ·主要试剂 | 第80-81页 |
| ·主要试剂的配制 | 第81-82页 |
| ·主要仪器设备 | 第82页 |
| ·实验方法 | 第82-85页 |
| ·可变剪接分析方法 | 第82-84页 |
| ·RT-PCR 验证米曲霉中的可变剪接事件 | 第84页 |
| ·实时荧光定量PCR（qPCR）验证可变剪接事件 | 第84-85页 |
| ·结果与讨论 | 第85-92页 |
| ·米曲霉中可变剪接的种类和数量 | 第85-86页 |
| ·RT-PCR 和qPCR 验证米曲霉中的可变剪接事件 | 第86-90页 |
| ·米曲霉中可变剪接发生机制的推测 | 第90-92页 |
| ·本章小结 | 第92-93页 |
| 第五章 固体和液体培养条件下米曲霉转录组的基因差异表达分析 | 第93-102页 |
| ·引言 | 第93页 |
| ·原始数据 | 第93-94页 |
| ·数据分析方法 | 第94-96页 |
| ·基于R 语言软件包DEGseq 的差异表达基因分析方法 | 第94页 |
| ·差异表达基因的GO 功能富集分析 | 第94页 |
| ·基于Cytoscape 软件的差异表达基因的KEGG 代谢途径分析 | 第94-96页 |
| ·结果与讨论 | 第96-101页 |
| ·米曲霉固体和液体培养条件下基因差异表达分析 | 第96页 |
| ·差异表达基因的功能聚类 | 第96-97页 |
| ·差异表达基因在米曲霉代谢网络中的功能分析 | 第97-99页 |
| ·能量代谢途径基因的差异表达 | 第99页 |
| ·蛋白合成相关基因的差异表达 | 第99-101页 |
| ·本章小结 | 第101-102页 |
| 第六章 内质网压力胁迫下米曲霉的蛋白分泌研究 | 第102-113页 |
| ·引言 | 第102-103页 |
| ·实验材料 | 第103-104页 |
| ·原始数据 | 第103-104页 |
| ·主要试剂 | 第104页 |
| ·主要仪器设备 | 第104页 |
| ·实验方法 | 第104-106页 |
| ·分析米曲霉内质网压力胁迫下的差异表达基因 | 第104-105页 |
| ·差异表达基因的GO 功能富集分析 | 第105页 |
| ·差异表达基因的实时荧光定量PCR（qPCR）验证 | 第105-106页 |
| ·结果与讨论 | 第106-112页 |
| ·米曲霉内质网压力胁迫下的差异表达基因 | 第106-107页 |
| ·内质网压力胁迫下米曲霉的蛋白分泌调控 | 第107-109页 |
| ·内质网压力胁迫下米曲霉中的RESS 机制 | 第109-111页 |
| ·内质网压力胁迫下蛋白翻译水平的调控 | 第111-112页 |
| ·本章小结 | 第112-113页 |
| 结论与展望 | 第113-116页 |
| 参考文献 | 第116-127页 |
| 附录 | 第127-145页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146页 |
