| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第15-29页 |
| 1.1 副溶血性弧菌的生物学特性 | 第15页 |
| 1.2 副溶血性弧菌检测方法进展 | 第15-17页 |
| 1.3 副溶血性弧菌的遗传特征 | 第17-21页 |
| 1.3.1 副溶血性弧菌毒力因子 | 第17-18页 |
| 1.3.2 副溶血性弧菌血清型 | 第18-19页 |
| 1.3.3 副溶血性弧菌抗药性 | 第19-20页 |
| 1.3.4 副溶血性弧菌分子溯源研究 | 第20-21页 |
| 1.4 副溶血性弧菌的组学研究 | 第21-24页 |
| 1.4.1 副溶血性弧菌基因组学 | 第21-22页 |
| 1.4.2 副溶血性弧菌转录组学 | 第22-23页 |
| 1.4.3 副溶血性弧菌蛋白组学 | 第23-24页 |
| 1.5 副溶血性弧菌的低温诱导 | 第24-25页 |
| 1.6 本论文研究目的、意义和主要内容 | 第25-29页 |
| 1.6.1 本论文研究目的和意义 | 第26页 |
| 1.6.2 本论文研究内容 | 第26-28页 |
| 1.6.3 本论文技术路线 | 第28-29页 |
| 第二章 全国食品中副溶血性弧菌分布规律研究 | 第29-45页 |
| 2.1 材料 | 第30页 |
| 2.1.1 主要仪器 | 第30页 |
| 2.1.2 主要培养基与试剂 | 第30页 |
| 2.2 方法 | 第30-33页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第30-31页 |
| 2.2.2 样品定性和定量分析 | 第31-33页 |
| 2.2.2.1 样品制备 | 第31页 |
| 2.2.2.2 检测方法 | 第31-32页 |
| 2.2.2.3 菌株分离 | 第32-33页 |
| 2.2.2.4 菌株鉴定 | 第33页 |
| 2.2.2.5 保存菌株 | 第33页 |
| 2.2.2.6 报告结果 | 第33页 |
| 2.2.2.7 数据分析 | 第33页 |
| 2.3 结果 | 第33-41页 |
| 2.3.1 副溶血性弧菌总体污染情况 | 第33-39页 |
| 2.3.1.1 副溶血性弧菌污染程度 | 第34-35页 |
| 2.3.1.2 各城市间副溶血性弧菌的污染情况分析 | 第35-39页 |
| 2.3.2 副溶血性弧菌在熟食和水产品中的污染情况 | 第39页 |
| 2.3.3 超市和集贸样品中副溶血性弧菌污染情况 | 第39-41页 |
| 2.4 讨论 | 第41-43页 |
| 2.5 本章小结 | 第43-45页 |
| 第三章 熟食中副溶血性弧菌遗传多样性 | 第45-58页 |
| 3.1 材料 | 第46-47页 |
| 3.1.1 菌株及培养条件 | 第46页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第46-47页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第47页 |
| 3.2 方法 | 第47-50页 |
| 3.2.1 熟食中副溶血性弧菌分离及鉴定 | 第47页 |
| 3.2.2 抗生素敏感性试验 | 第47-48页 |
| 3.2.3 毒力基因tdh、trh检测 | 第48页 |
| 3.2.4 多重PCR分析血清型 | 第48页 |
| 3.2.5 ERIC-PCR分析 | 第48-49页 |
| 3.2.6 MLST多态性分析 | 第49-50页 |
| 3.3 结果 | 第50-54页 |
| 3.3.1 抗生素敏感性分析 | 第50-51页 |
| 3.3.2 毒力基因检测结果 | 第51页 |
| 3.3.3 血清型结果分析 | 第51-52页 |
| 3.3.4 ERIC-PCR分型 | 第52页 |
| 3.3.5 MLST分型 | 第52-54页 |
| 3.4 讨论 | 第54-57页 |
| 3.5 本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 华南地区水产品副溶血性弧菌风险识别与遗传多样性 | 第58-68页 |
| 4.1 材料 | 第59-60页 |
| 4.1.1 菌株及培养条件 | 第59页 |
| 4.1.2 主要仪器 | 第59页 |
| 4.1.3 主要试剂 | 第59-60页 |
| 4.2 方法 | 第60-61页 |
| 4.2.1 水产品样品采集,副溶血性弧菌分离及鉴定 | 第60页 |
| 4.2.2 毒力基因检测 | 第60页 |
| 4.2.3 血清型分析 | 第60页 |
| 4.2.4 ERIC-PCR分型 | 第60页 |
| 4.2.5 抗生素敏感性试验 | 第60-61页 |
| 4.3 结果 | 第61-64页 |
| 4.3.1 华南地区水产品中副溶血性弧菌的污染率与污染水平 | 第61页 |
| 4.3.2 毒力基因分析 | 第61-62页 |
| 4.3.3 血清型分析 | 第62页 |
| 4.3.4 ERIC-PCR分型 | 第62-64页 |
| 4.3.5 抗生素敏感性结果 | 第64页 |
| 4.4 讨论 | 第64-66页 |
| 4.5 本章小结 | 第66-68页 |
| 第五章 副溶血性弧菌基因组学研究 | 第68-83页 |
| 5.1 材料 | 第68-70页 |
| 5.1.1 菌株及培养条件 | 第69页 |
| 5.1.2 主要仪器 | 第69-70页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第70页 |
| 5.2 方法 | 第70-72页 |
| 5.2.0 基因组DNA提取 | 第71页 |
| 5.2.1 基因组文库构建、测序与组装 | 第71页 |
| 5.2.2 基因组注释与泛基因组分析 | 第71页 |
| 5.2.3 比较基因组分析毒力基因和抗生素抗性基因 | 第71-72页 |
| 5.2.4 CRISPR-Cas系统与噬菌体分析 | 第72页 |
| 5.2.5 生物膜形成相关蛋白分析 | 第72页 |
| 5.3 结果 | 第72-79页 |
| 5.3.1 副溶血性弧菌的基因组特点 | 第72-75页 |
| 5.3.2 毒力基因和抗性基因分析结果 | 第75-76页 |
| 5.3.3 CRISPR-Cas和噬菌体分析结果 | 第76-78页 |
| 5.3.4 生物膜形成相关蛋白比较结果 | 第78-79页 |
| 5.4 讨论 | 第79-81页 |
| 5.5 本章小结 | 第81-83页 |
| 第六章 冷胁迫下副溶血性弧菌转录组与蛋白组研究 | 第83-107页 |
| 6.1 材料 | 第83-84页 |
| 6.1.1 菌株及培养条件 | 第83-84页 |
| 6.1.2 主要仪器 | 第84页 |
| 6.1.3 主要试剂 | 第84页 |
| 6.2 方法 | 第84-90页 |
| 6.2.1 转录组测序 | 第84-85页 |
| 6.2.2 转录组结果分析 | 第85-86页 |
| 6.2.2.1 测序结果的产量统计、序列组装及功能注释 | 第86页 |
| 6.2.2.2 Unigene的GO分析和基因代谢通路分析 | 第86页 |
| 6.2.2.3 差异表达基因的确认及其GO分析、基因代谢通路分析 | 第86页 |
| 6.2.3 iTRAQ分析蛋白质组 | 第86-88页 |
| 6.2.3.1 蛋白提取及iTRAQ实验 | 第87页 |
| 6.2.3.2 质谱分析 | 第87-88页 |
| 6.2.4 蛋白质组结果分析 | 第88-89页 |
| 6.2.4.1 蛋白质的鉴定及定量 | 第88-89页 |
| 6.2.5 转录组与蛋白组联合分析 | 第89页 |
| 6.2.6 荧光定量PCR(qRT-PCR)验证 | 第89-90页 |
| 6.2.7 脂肪酸测定 | 第90页 |
| 6.2.8 生长曲线测定 | 第90页 |
| 6.3 结果 | 第90-104页 |
| 6.3.1 冷诱导下副溶血性弧菌的转录组结果 | 第90-97页 |
| 6.3.1.1 转录组测序结果评估 | 第90-92页 |
| 6.3.1.2 基因表达结果分析 | 第92-93页 |
| 6.3.1.3 差异基因结果分析 | 第93-97页 |
| 6.3.2 冷诱导下副溶血性弧菌的蛋白组结果 | 第97-99页 |
| 6.3.3 冷诱导下副溶血性弧菌转录组与蛋白组联合分析结果 | 第99-102页 |
| 6.3.4 丙酮酸盐降低副溶血性弧菌的低温适应 | 第102-104页 |
| 6.4 讨论 | 第104-105页 |
| 6.5 本章小结 | 第105-107页 |
| 结论与展望 | 第107-111页 |
| 参考文献 | 第111-127页 |
| 附录 | 第127-156页 |
| 攻读博士论文取得的研究成果 | 第156-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
| 附件 | 第159页 |
