| 摘要 | 第8-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第13-24页 |
| 1.1 立题背景 | 第13页 |
| 1.2 文献综述 | 第13-22页 |
| 1.2.1 嗜热链球菌概述 | 第13-14页 |
| 1.2.2 基因组学与比较基因组学 | 第14页 |
| 1.2.3 乳酸菌环境适应性 | 第14-17页 |
| 1.2.4 乳酸菌的生物合成 | 第17-18页 |
| 1.2.5 乳酸菌的防御系统 | 第18-22页 |
| 1.3 研究的目的及意义 | 第22-23页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第22-23页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第23页 |
| 1.4 主要研究内容 | 第23页 |
| 1.5 课题来源 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第24页 |
| 2.1.2 培养基 | 第24页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第24-25页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-28页 |
| 2.2.1 菌株的活化及基因组提取 | 第25-26页 |
| 2.2.2 KLDS SM全基因组测序及组装 | 第26页 |
| 2.2.3 基因组注释 | 第26页 |
| 2.2.4 生物信息分析 | 第26-27页 |
| 2.2.5 EPS产量测定 | 第27页 |
| 2.2.6 数据处理 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-71页 |
| 3.1 基因组的基本特征及注释 | 第28-31页 |
| 3.1.1 测序及组装 | 第28页 |
| 3.1.2 基因组的基本特征 | 第28-30页 |
| 3.1.3 COG与KEGG注释 | 第30-31页 |
| 3.2 环境适应能力 | 第31-46页 |
| 3.2.1 糖代谢过程 | 第31-34页 |
| 3.2.2 蛋白质水解系统 | 第34-37页 |
| 3.2.3 抗逆能力 | 第37-39页 |
| 3.2.4 双组份系统 | 第39-41页 |
| 3.2.5 协同作用 | 第41-43页 |
| 3.2.6 基因组岛 | 第43-45页 |
| 3.2.7 假基因 | 第45-46页 |
| 3.3 生物合成 | 第46-56页 |
| 3.3.1 EPS的生物合成 | 第46-49页 |
| 3.3.2 氨基酸的生物合成 | 第49-54页 |
| 3.3.3 B族维生素的生物合成 | 第54-56页 |
| 3.4 防御系统 | 第56-64页 |
| 3.4.1 CRISPR/Cas系统 | 第56-61页 |
| 3.4.2 限制修饰系统 | 第61-62页 |
| 3.4.3 细菌素 | 第62-64页 |
| 3.5 比较基因组分析 | 第64-68页 |
| 3.5.1 共线性分析 | 第64页 |
| 3.5.2 泛基因组与核心基因组分析 | 第64页 |
| 3.5.3 系统发育树 | 第64页 |
| 3.5.4 特异基因分析 | 第64-68页 |
| 3.6 EPS产量测定 | 第68-71页 |
| 3.6.1 菌株KLDS SM EPS产量初步测定 | 第68页 |
| 3.6.2 单菌、组合发酵EPS的产量测定 | 第68-71页 |
| 4 讨论 | 第71-74页 |
| 4.1 菌株KLDS SM环境适应 | 第71-72页 |
| 4.2 菌株KLDS SM的生物合成 | 第72页 |
| 4.3 菌株KLDS SM的防御系统 | 第72-73页 |
| 4.4 菌株KLDS SM基因组的比较分析 | 第73页 |
| 4.5 单菌、组合发酵EPS的差异 | 第73-74页 |
| 5 结论 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-83页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 | 第83页 |