| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略符号对照表 | 第7-8页 |
| 目录 | 第8-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 乳酸菌基因组研究概述 | 第12-16页 |
| 1.1.1 微生物基因组学简介 | 第12-14页 |
| 1.1.2 乳酸菌基因组学发展现状 | 第14-15页 |
| 1.1.3 乳酸菌基因组特点 | 第15-16页 |
| 1.2 乳酸菌利用低聚果糖研究概述 | 第16-19页 |
| 1.2.1 低聚果糖及其生物活性 | 第16-17页 |
| 1.2.2 乳酸菌代谢低聚果糖的基本途径 | 第17-18页 |
| 1.2.3 乳酸菌代谢低聚果糖的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3 基于系统生物学技术的乳酸菌生理功能解析 | 第19-20页 |
| 1.4 本论文主要研究内容 | 第20-23页 |
| 1.4.1 立题依据和研究意义 | 第20-21页 |
| 1.4.2 本论文主要研究内容 | 第21-23页 |
| 第二章 植物乳杆菌 ST-III 全基因组测序及比较基因组学研究 | 第23-37页 |
| 2.1 前言 | 第23页 |
| 2.2 材料与设备 | 第23-25页 |
| 2.2.1 菌株 | 第23页 |
| 2.2.2 比较基因组分析材料 | 第23-24页 |
| 2.2.3 主要试剂及溶液配制 | 第24页 |
| 2.2.4 主要仪器和设备 | 第24-25页 |
| 2.3 实验方法 | 第25-26页 |
| 2.3.1 乳杆菌培养 | 第25页 |
| 2.3.2 分子生物学基本操作 | 第25页 |
| 2.3.3 ST-III 全基因组测序 | 第25-26页 |
| 2.3.4 比较基因组分析 | 第26页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第26-35页 |
| 2.4.1 ST-III 基因组的基本信息 | 第26-27页 |
| 2.4.2 植物乳杆菌基因组的基本特点 | 第27-28页 |
| 2.4.3 ST-III 的亲缘关系 | 第28页 |
| 2.4.4 ST-III 与其他植物乳杆菌基因组共线性分析 | 第28-30页 |
| 2.4.5 ST-III 与其他植物乳杆菌细菌素合成相关基因簇的比较分析 | 第30-31页 |
| 2.4.6 ST-Ⅲ 与其他植物乳杆菌氨基酸生物合成和蛋白水解系统的比较分析 | 第31-32页 |
| 2.4.7 ST-Ⅲ 与其他植物乳杆菌糖代谢相关基因的比较分析 | 第32-34页 |
| 2.4.8 ST-Ⅲ 与其他植物乳杆菌胞外多糖合成相关基因的比较分析 | 第34-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 植物乳杆菌 ST-Ⅲ 质粒 pST-Ⅲ 的全序列分析 | 第37-49页 |
| 3.1 前言 | 第37页 |
| 3.2 材料与设备 | 第37-38页 |
| 3.2.1 菌株及质粒 | 第37页 |
| 3.2.2 主要试剂和溶液配制 | 第37-38页 |
| 3.2.3 主要仪器和设备 | 第38页 |
| 3.3 实验方法 | 第38-39页 |
| 3.3.1 乳杆菌培养 | 第38页 |
| 3.3.2 核酸序列分析 | 第38页 |
| 3.3.3 分子生物学基本操作 | 第38-39页 |
| 3.3.4 质粒相对拷贝数的确定 | 第39页 |
| 3.3.5 质粒的消除及验证 | 第39页 |
| 3.3.6 质粒消除对 ST-Ⅲ 渗透压耐受性的影响 | 第39页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第39-47页 |
| 3.4.1 质粒基本特征 | 第39-42页 |
| 3.4.2 pST-Ⅲ 复制子分析 | 第42-44页 |
| 3.4.3 质粒相对拷贝数的确定 | 第44页 |
| 3.4.4 质粒编码基因功能的分析 | 第44-47页 |
| 3.4.5 质粒消除对于 ST-Ⅲ 渗透压耐受性的影响 | 第47页 |
| 3.5 本章小结 | 第47-49页 |
| 第四章 植物乳杆菌 ST-Ⅲ 代谢低聚果糖通路的解析 | 第49-69页 |
| 4.1 前言 | 第49页 |
| 4.2 材料与设备 | 第49-51页 |
| 4.2.1 菌株及质粒 | 第49-50页 |
| 4.2.2 主要试剂及溶液配制 | 第50-51页 |
| 4.2.3 主要仪器和设备 | 第51页 |
| 4.3 实验方法 | 第51-55页 |
| 4.3.1 乳杆菌培养 | 第51页 |
| 4.3.2 分子生物学基本操作 | 第51-52页 |
| 4.3.3 乳杆菌利用不同碳源的测定 | 第52-53页 |
| 4.3.4 ST-Ⅲ 在混合碳源下的生长实验 | 第53页 |
| 4.3.5 发酵及取样 | 第53页 |
| 4.3.6 RNA 的分离纯化及转录组分析 | 第53页 |
| 4.3.7 基因敲除突变株的构建 | 第53-54页 |
| 4.3.8 代谢产物的检测 | 第54页 |
| 4.3.9 发酵液中糖残余量测定 | 第54页 |
| 4.3.10 脂肪酸的提取和分析 | 第54-55页 |
| 4.3.11 膜流动性的测定 | 第55页 |
| 4.3.12 RT-PCR 分析 | 第55页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第55-67页 |
| 4.4.1 乳杆菌利用不同碳源能力的比较 | 第55-57页 |
| 4.4.2 ST-Ⅲ 在低聚果糖和葡萄糖混合培养下的二次生长现象 | 第57-58页 |
| 4.4.3 ST-Ⅲ 利用低聚果糖和葡萄糖的差异分析的取样点选择 | 第58页 |
| 4.4.4 ST-Ⅲ 利用低聚果糖和葡萄糖的差异转录组分析 | 第58-62页 |
| 4.4.5 基因敲除对 ST-Ⅲ 利用低聚果糖的影响 | 第62-64页 |
| 4.4.6 低聚果糖诱导的细胞膜脂肪酸组成及膜流动性变化 | 第64-65页 |
| 4.4.7 ST-Ⅲ 利用低聚果糖和葡萄糖对代谢产物的变化 | 第65-66页 |
| 4.4.8 代谢调控因子的预测 | 第66-67页 |
| 4.5 本章小结 | 第67-69页 |
| 第五章 植物乳杆菌 ST-Ⅲ β-果糖苷酶基因的克隆表达和酶学性质研究 | 第69-89页 |
| 5.1 前言 | 第69页 |
| 5.2 材料与设备 | 第69-71页 |
| 5.2.1 菌株及质粒 | 第69-70页 |
| 5.2.2 主要试剂及溶液配制 | 第70-71页 |
| 5.2.3 主要仪器和设备 | 第71页 |
| 5.3 实验方法 | 第71-75页 |
| 5.3.1 乳杆菌培养 | 第71页 |
| 5.3.2 分子生物学基本操作 | 第71-72页 |
| 5.3.3 大肠杆菌重组表达质粒的构建 | 第72页 |
| 5.3.4 目的蛋白的诱导表达 | 第72页 |
| 5.3.5 重组蛋白的可溶性诱导表达条件的优化 | 第72-73页 |
| 5.3.6 重组蛋白纯化 | 第73页 |
| 5.3.7 质谱检测重组蛋白肽谱 | 第73页 |
| 5.3.8 SDS-PAGE 电泳 | 第73页 |
| 5.3.9 氨基酸序列分析 | 第73页 |
| 5.3.10 SacA 酶学性质测定 | 第73-74页 |
| 5.3.11 SacA 酶水解产物的检测 | 第74页 |
| 5.3.12 乳杆菌重组表达质粒的构建 | 第74-75页 |
| 5.3.13 重组菌利用低聚果糖能力的测定 | 第75页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第75-88页 |
| 5.4.1 SacA 蛋白的序列分析 | 第75-77页 |
| 5.4.2 SacA 蛋白的三维结构预测 | 第77-78页 |
| 5.4.3 大肠杆菌重组表达载体的构建 | 第78-79页 |
| 5.4.4 重组蛋白的表达与鉴定 | 第79-80页 |
| 5.4.5 重组蛋白的表达优化 | 第80-82页 |
| 5.4.6 重组蛋白的分离纯化 | 第82页 |
| 5.4.7 SacA 酶学性质的测定 | 第82-83页 |
| 5.4.8 SacA 酶对糖苷键水解位点的分析 | 第83-84页 |
| 5.4.9 SacA 酶的动力学和底物特异性分析 | 第84-86页 |
| 5.4.10 SacA 在 LGG 中的异源表达及利用低聚果糖能力的测定 | 第86-88页 |
| 5.5 本章小结 | 第88-89页 |
| 主要结论与展望 | 第89-91页 |
| 主要结论 | 第89页 |
| 展望 | 第89-91页 |
| 创新点 | 第91-92页 |
| 致谢 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-103页 |
| 附录I: 作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第103-104页 |
| 附录II | 第104-117页 |
