| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略符号对照表 | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-20页 |
| 1.1 肠道微生物与人体生理健康 | 第12页 |
| 1.2 双歧杆菌的多样性 | 第12-14页 |
| 1.2.1 双歧杆菌的种类及分布 | 第12页 |
| 1.2.2 双歧杆菌多样性的研究方法 | 第12-13页 |
| 1.2.3 影响肠道双歧杆菌组成的因素 | 第13-14页 |
| 1.3 长双歧杆菌的多样性及其基因组学 | 第14-16页 |
| 1.4 长双歧杆菌的主要生理功能及菌株间差异 | 第16-18页 |
| 1.4.1 长双歧杆菌的主要生理功能 | 第16-17页 |
| 1.4.2 长双歧杆菌对结肠炎的改善作用及其免疫调节作用的菌株间差异 | 第17-18页 |
| 1.5 长双歧杆菌的应用 | 第18-19页 |
| 1.6 立题意义及研究内容 | 第19-20页 |
| 1.6.1 立题意义 | 第19页 |
| 1.6.2 主要研究内容 | 第19-20页 |
| 第二章 不同人群肠道菌群及长双歧杆菌多样性的分析 | 第20-47页 |
| 2.1 前言 | 第20页 |
| 2.2 材料与设备 | 第20-21页 |
| 2.2.1 主要试剂 | 第20-21页 |
| 2.2.2 培养基 | 第21页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第21页 |
| 2.3 实验方法 | 第21-24页 |
| 2.3.1 样品采集 | 第21-22页 |
| 2.3.2 粪便总DNA的提取 | 第22页 |
| 2.3.3 16SrRNA和GroEL基因扩增子高通量测序及数据分析 | 第22-23页 |
| 2.3.4 粪便样品中双歧杆菌的分离纯化、鉴定和保藏 | 第23页 |
| 2.3.5 长双歧杆菌全基因组的测序、组装和生物信息学分析 | 第23-24页 |
| 2.3.6 统计分析 | 第24页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第24-46页 |
| 2.4.1 基于16SrRNA序列的肠道菌群分析 | 第24-36页 |
| 2.4.2 基于GroEL基因的双歧杆菌组成多样性分析 | 第36-40页 |
| 2.4.3 粪便样品中长双歧杆菌的分离、纯化 | 第40页 |
| 2.4.4 长双歧杆菌比较基因组学分析 | 第40-46页 |
| 2.5 本章小结 | 第46-47页 |
| 第三章 长双歧杆菌功能基因和体外特性的比较分析 | 第47-63页 |
| 3.1 前言 | 第47页 |
| 3.2 材料与设备 | 第47页 |
| 3.2.1 主要试剂 | 第47页 |
| 3.2.2 培养基 | 第47页 |
| 3.2.3 主要仪器设备 | 第47页 |
| 3.3 实验方法 | 第47-49页 |
| 3.3.1 直系同源基因分析 | 第47页 |
| 3.3.2 共线性分析 | 第47-48页 |
| 3.3.3 COG功能基因注释 | 第48页 |
| 3.3.4 全基因组序列比对 | 第48页 |
| 3.3.5 双歧杆菌体外特性的分析 | 第48-49页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第49-62页 |
| 3.4.1 长双歧杆菌直系同源基因分析 | 第49-50页 |
| 3.4.2 长双歧杆菌COG功能基因组成的比较分析 | 第50-51页 |
| 3.4.3 长双歧杆菌全基因组序列比对 | 第51-52页 |
| 3.4.4 碳水化合物代谢相关基因的比较分析 | 第52-53页 |
| 3.4.5 胞外多糖合成基因簇的分析 | 第53-54页 |
| 3.4.6 S-层蛋白基因的比对分析 | 第54-55页 |
| 3.4.7 长双歧杆菌菌株特性的比较分析 | 第55-62页 |
| 3.5 本章小结 | 第62-63页 |
| 第四章 不同长双歧杆菌对结肠炎的改善作用 | 第63-77页 |
| 4.1 前言 | 第63页 |
| 4.2 材料与设备 | 第63-64页 |
| 4.2.1 菌株与细胞株 | 第63页 |
| 4.2.2 实验动物 | 第63页 |
| 4.2.3 主要试剂 | 第63-64页 |
| 4.2.4 主要仪器 | 第64页 |
| 4.3 实验方法 | 第64-67页 |
| 4.3.1 双歧杆菌的培养 | 第64页 |
| 4.3.2 细胞实验设计 | 第64页 |
| 4.3.3 动物实验设计 | 第64-65页 |
| 4.3.4 细胞培养上清液及动物血清中细胞因子的测定 | 第65页 |
| 4.3.5 结肠组织中髓过氧化物酶(MPO)的测定 | 第65页 |
| 4.3.6 结肠组织细胞因子和紧密连接蛋白表达水平的测定 | 第65-66页 |
| 4.3.7 结肠组织病理切片的制作、苏木素-伊红(HE)染色和组织损伤评分 | 第66页 |
| 4.3.8 结肠粘液层的阿利新蓝染色 | 第66页 |
| 4.3.9 统计分析 | 第66-67页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第67-76页 |
| 4.4.1 长双歧杆菌对炎症状态肠上皮细胞炎症因子表达的影响 | 第67-69页 |
| 4.4.2 长双歧杆菌对结肠炎小鼠的改善作用 | 第69-76页 |
| 4.5 本章小结 | 第76-77页 |
| 第五章 不同长双歧杆菌免疫调节差异性的机制分析 | 第77-83页 |
| 5.1 前言 | 第77页 |
| 5.2 材料与设备 | 第77-78页 |
| 5.2.1 菌株与细胞株 | 第77-78页 |
| 5.2.2 主要试剂 | 第78页 |
| 5.2.3 主要仪器 | 第78页 |
| 5.3 实验方法 | 第78-79页 |
| 5.3.1 双歧杆菌的培养 | 第78页 |
| 5.3.2 无细胞发酵液的准备 | 第78页 |
| 5.3.3 荚膜多糖的提取 | 第78页 |
| 5.3.4 菌体S-层蛋白的提取 | 第78页 |
| 5.3.5 HT-29细胞的培养 | 第78-79页 |
| 5.3.6 炎症状态细胞的诱导 | 第79页 |
| 5.3.7 细胞培养上清液中炎症因子的测定 | 第79页 |
| 5.3.8 HT-29细胞中炎症因子及紧密连接蛋白表达水平的检测 | 第79页 |
| 5.3.9 统计分析 | 第79页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第79-82页 |
| 5.4.1 不同菌株发酵上清液对炎症状态HT-29细胞的影响 | 第79-80页 |
| 5.4.2 不同菌株荚膜多糖对炎症状态HT-29细胞的影响 | 第80-81页 |
| 5.4.3 不同菌株S-层蛋白对炎症状态HT-29细胞的免疫调节作用 | 第81页 |
| 5.4.4 长双歧杆菌胞外多糖影响S层蛋白的免疫调节作用 | 第81-82页 |
| 5.5 本章小结 | 第82-83页 |
| 第六章 产黏性胞外多糖长双歧杆菌YS108R在发酵乳中的应用及其对结肠炎的改善作用 | 第83-95页 |
| 6.1 前言 | 第83页 |
| 6.2 材料与设备 | 第83-84页 |
| 6.2.1 菌株 | 第83页 |
| 6.2.2 主要试剂 | 第83-84页 |
| 6.2.3 主要仪器 | 第84页 |
| 6.3 实验方法 | 第84-86页 |
| 6.3.1 发酵乳的制备 | 第84页 |
| 6.3.2 发酵乳理化指标的测定 | 第84-85页 |
| 6.3.3 电子鼻分析 | 第85页 |
| 6.3.4 感官品评 | 第85页 |
| 6.3.5 动物实验设计 | 第85-86页 |
| 6.3.6 结肠组织中髓过氧化物酶(MPO)活性的测定 | 第86页 |
| 6.3.7 血清中细胞因子的测定 | 第86页 |
| 6.3.8 结肠组织中细胞因子和紧密连接蛋白表达水平的RT-PCR测定 | 第86页 |
| 6.3.9 结肠组织切片的制作和观察 | 第86页 |
| 6.3.10 16SrRNA基因V3-V4区扩增子高通量测序和粪便菌群的分析 | 第86页 |
| 6.3.11 统计分析 | 第86页 |
| 6.4 结果与讨论 | 第86-94页 |
| 6.4.1 发酵乳理化特性的分析 | 第86-90页 |
| 6.4.2 YS108R发酵乳对结肠炎的影响 | 第90-94页 |
| 6.5 本章小结 | 第94-95页 |
| 主要结论与展望 | 第95-97页 |
| 主要结论 | 第95页 |
| 展望 | 第95-97页 |
| 论文创新点 | 第97-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-111页 |
| 附录1:作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第111-112页 |
| 附录2:用于比较基因组学分析的基因组信息 | 第112-118页 |
| 附录3:不同长双歧杆菌S-层蛋白基因相应的氨基酸序列比对 | 第118-122页 |
| 附录4:长双歧杆菌C11A10B和YS108R基因组比对圈图 | 第122页 |
