| 摘要 | 第8-11页 |
| 英文摘要 | 第11-13页 |
| 1 引言 | 第15-49页 |
| 1.1 沙门氏菌简介及其研究进展 | 第15-28页 |
| 1.1.1 沙门氏菌概述 | 第15-19页 |
| 1.1.2 沙门氏菌抗原、分类及理化特性 | 第19-21页 |
| 1.1.3 沙门氏菌的致病机制及危害 | 第21-24页 |
| 1.1.4 沙门氏菌主要致病血清型与食品污染 | 第24-28页 |
| 1.2 食品中沙门氏菌的检测方法及其研究进展 | 第28-34页 |
| 1.2.1 沙门氏菌传统检测方法 | 第28-29页 |
| 1.2.2 沙门氏菌快速检测方法 | 第29-34页 |
| 1.3 沙门氏菌基因测序 | 第34-38页 |
| 1.3.1 Pulse Net | 第34-35页 |
| 1.3.2 全基因组测序 | 第35-36页 |
| 1.3.3 Genome Trakr | 第36-37页 |
| 1.3.4 CFSAN SNP Pipeline | 第37-38页 |
| 1.4 沙门氏菌等温扩增检测方法及其研究进展 | 第38-47页 |
| 1.4.1 等温扩增技术的定义及其基本原理 | 第38-39页 |
| 1.4.2 等温扩增技术的研究进展 | 第39-41页 |
| 1.4.3 环介导等温扩增技术 | 第41-47页 |
| 1.5 沙门氏菌对环境的抵抗力及其研究进展 | 第47页 |
| 1.6 本研究的目的与意义 | 第47-49页 |
| 2 材料与方法 | 第49-69页 |
| 2.1 实验材料 | 第49-55页 |
| 2.1.1 实验菌株及培养 | 第49页 |
| 2.1.2 被检样品种类及来源 | 第49页 |
| 2.1.3 主要生物制剂和化学试剂 | 第49-50页 |
| 2.1.4 主要仪器与设备 | 第50页 |
| 2.1.5 常用溶液及其配制 | 第50-55页 |
| 2.2 实验方法 | 第55-68页 |
| 2.2.1 菌落计数（平板计数法） | 第55-56页 |
| 2.2.2 被检样品的准备 | 第56-61页 |
| 2.2.3 检测指标及方法 | 第61-68页 |
| 2.3 数据处理 | 第68-69页 |
| 3 结果与分析 | 第69-122页 |
| 3.1 沙门氏菌全基因测序结果及其对比分析 | 第69-101页 |
| 3.1.1 沙门氏菌全基因组的基本特征及其对比分析 | 第69-71页 |
| 3.1.2 沙门氏菌基因组进化分析及其对比 | 第71-80页 |
| 3.1.3 沙门氏菌耐药基因及其对比分析 | 第80-92页 |
| 3.1.4 肠炎沙门氏菌2种检测目的基因DNA序列及其产物蛋白结构预测对比分析 | 第92-101页 |
| 3.2 肠炎沙门氏菌LAMP检测方法的建立及其应用 | 第101-107页 |
| 3.3 鼠伤寒沙门氏菌LAMP检测方法的建立及其应用 | 第107-112页 |
| 3.4 传统检测方法、等温扩增方法、real-time PCR检测沙门氏菌及其对比分析 | 第112-119页 |
| 3.4.1 传统检测方法检测沙门氏菌结果 | 第112-114页 |
| 3.4.2 3M MDS检测沙门氏菌结果 | 第114-115页 |
| 3.4.3 ANSR PDS检测沙门氏菌结果 | 第115-117页 |
| 3.4.4 Genie III系统检测沙门氏菌结果 | 第117-118页 |
| 3.4.5 Real-time PCR检测沙门氏菌结果 | 第118-119页 |
| 3.5 不同增菌液对 3M MDS及ANSR PDS检测沙门氏菌结果的对比分析 | 第119-120页 |
| 3.6 4℃条件下不同时间RV、TT增菌液中沙门氏菌存活结果的对比分析 | 第120-122页 |
| 4 讨论 | 第122-138页 |
| 4.1 沙门氏菌全基因组测序及其分析 | 第122-123页 |
| 4.2 沙门氏菌的耐药性及其机制 | 第123-126页 |
| 4.3 肠炎沙门氏菌2种检测目的基因的DNA序列及其产物蛋白结构预测 | 第126-127页 |
| 4.4 肠炎沙门氏菌LAMP检测方法的建立及其应用 | 第127-129页 |
| 4.5 鼠伤寒沙门氏菌LAMP检测方法的建立及其应用 | 第129-131页 |
| 4.6 传统检测、等温扩增和real-time PCR方法检测沙门氏菌 | 第131-134页 |
| 4.7 不同增菌液对 3M MDS及ANSR PDS检测沙门氏菌的影响 | 第134-136页 |
| 4.8 4条件下不同时间对RV、TT增菌液中沙门氏菌存活的影响 | 第136-138页 |
| 5 结论 | 第138-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
| 参考文献 | 第140-156页 |
| 附录 | 第156-163页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第163-164页 |
