| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 主要符号对照表 | 第16-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第18-39页 |
| 1.1 酸面团 | 第18-19页 |
| 1.1.1 酸面团的种类 | 第18页 |
| 1.1.2 酸面团的细菌多样性 | 第18页 |
| 1.1.3 细菌多样性的研究方法 | 第18-19页 |
| 1.2 细菌素 | 第19-23页 |
| 1.2.1 乳酸菌细菌素的种类 | 第19-20页 |
| 1.2.2 产细菌素的乳酸菌种类 | 第20-21页 |
| 1.2.3 细菌素的作用机制 | 第21-22页 |
| 1.2.4 抗细菌素的作用机制 | 第22-23页 |
| 1.3 细菌基因转录调控研究进展 | 第23-33页 |
| 1.3.1 转录调控元件 | 第23-25页 |
| 1.3.2 bEBPs信号传导机制 | 第25-28页 |
| 1.3.3 bEBPs的种类 | 第28-31页 |
| 1.3.4 bEBPs的结构 | 第31-33页 |
| 1.4 RtcR蛋白激活rtcBA操纵子转录相关研究 | 第33-36页 |
| 1.4.1 rtcBA操纵子的功能 | 第33-34页 |
| 1.4.2 bEBPs激活σ~(54)因子转录的过程 | 第34-35页 |
| 1.4.3 RtcR蛋白的相关研究 | 第35-36页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第36-37页 |
| 1.6 研究内容 | 第37页 |
| 1.7 技术路线 | 第37-39页 |
| 第二章 酸面团细菌多样性 | 第39-54页 |
| 2.1 试验材料 | 第39-40页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第39页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第39-40页 |
| 2.1.3 主要设备和仪器 | 第40页 |
| 2.2 试验方法 | 第40-41页 |
| 2.2.1 酸面团的理化特性 | 第40页 |
| 2.2.2 酸面团细菌多样性分析 | 第40页 |
| 2.2.3 酸面团细菌多样性与代谢途径的差异分析 | 第40-41页 |
| 2.2.4 数据分析 | 第41页 |
| 2.2.5 数据共享 | 第41页 |
| 2.3 结果与分析 | 第41-52页 |
| 2.3.1 酸面团理化特性 | 第41-43页 |
| 2.3.2 测序覆盖率和细菌多样性估计 | 第43-44页 |
| 2.3.3 酸面团的细菌多样性 | 第44-46页 |
| 2.3.4 30个酸面团共有OTU分析 | 第46-48页 |
| 2.3.5 不同地区酸面团细菌多样性的差异 | 第48页 |
| 2.3.6 确立引起酸面团细菌多样性差异的影响因素 | 第48-51页 |
| 2.3.7 中国酸面团细菌功能代谢多样性 | 第51-52页 |
| 2.3.8 酸面团采集地、理化特性、细菌多样性和代谢途径间的相关性 | 第52页 |
| 2.4 小结 | 第52-54页 |
| 第三章 酸面团中产细菌素乳酸菌的分离 | 第54-61页 |
| 3.1 试验材料 | 第54-55页 |
| 3.1.1 乳酸菌分离源 | 第54页 |
| 3.1.2 试验菌株 | 第54页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第54页 |
| 3.1.4 主要培养基 | 第54页 |
| 3.1.5 主要设备和仪器 | 第54-55页 |
| 3.2 试验方法 | 第55-56页 |
| 3.2.1 酸面团中乳酸菌的分离 | 第55页 |
| 3.2.2 产细菌素乳酸菌的分离 | 第55-56页 |
| 3.2.3 最佳硫酸铵饱和度和最佳抑菌效果菌株的确定 | 第56页 |
| 3.2.4 菌种鉴定 | 第56页 |
| 3.2.5 抑菌谱的测定 | 第56页 |
| 3.3 结果与分析 | 第56-60页 |
| 3.3.1 产细菌素乳酸菌的分离 | 第56-57页 |
| 3.3.2 最佳抑菌效果菌株的确定及菌种鉴定 | 第57-58页 |
| 3.3.3 抑菌谱的测定 | 第58-60页 |
| 3.4 小结 | 第60-61页 |
| 第四章 RtcR蛋白、IHF蛋白和σ~(54)因子的克隆表达与纯化 | 第61-86页 |
| 4.1 试验材料 | 第61-64页 |
| 4.1.1 试验菌株及质粒 | 第61页 |
| 4.1.2 主要试剂和培养基 | 第61-63页 |
| 4.1.3 试验主要设备和仪器 | 第63-64页 |
| 4.2 试验方法 | 第64-74页 |
| 4.2.1 RtcR蛋白基因的克隆 | 第64-67页 |
| 4.2.2 RtcR蛋白、IHF蛋白和σ~(54)因子的表达与纯化 | 第67-74页 |
| 4.3 结果与分析 | 第74-85页 |
| 4.3.1 RtcR蛋白基因的克隆 | 第74-76页 |
| 4.3.2 RtcR蛋白、IHF蛋白和σ~(54)因子的纯化 | 第76-85页 |
| 4.4 小结 | 第85-86页 |
| 第五章 RtcR蛋白激活rtcBA操纵子转录机制 | 第86-113页 |
| 5.1 试验材料 | 第86-87页 |
| 5.1.1 试验用蛋白 | 第86页 |
| 5.1.2 主要试剂和培养基 | 第86页 |
| 5.1.3 主要设备和仪器 | 第86-87页 |
| 5.2 试验方法 | 第87-98页 |
| 5.2.1 RtcR蛋白体外激活rtcBA启动子转录试验 | 第87-89页 |
| 5.2.2 Full length RtcR和?CARF-RtcR在溶液中的存在形式 | 第89-90页 |
| 5.2.3 ?CARF-RtcR蛋白与rtcBA启动子亲和力常数Kd的测定 | 第90-94页 |
| 5.2.4 IHF蛋白与194 bp rtcBA启动子亲和力常数Kd测定 | 第94-95页 |
| 5.2.5 透射电镜观察?CARF-RtcR蛋白多聚体的形成 | 第95-96页 |
| 5.2.6 ?CARF-RtcR蛋白基础ATP酶水解速率的测定 | 第96-97页 |
| 5.2.7 ?CARF-RtcR蛋白与转录调控因子σ~(54)蛋白的复合物形成 | 第97-98页 |
| 5.3 结果与分析 | 第98-111页 |
| 5.3.1 RtcR体外转录试验 | 第98-100页 |
| 5.3.2 full length RtcR蛋白和?CARF-RtcR蛋白的存在形式 | 第100-103页 |
| 5.3.3 ?CARF-RtcR与rtcBA启动子亲和力常数Kd测定 | 第103-106页 |
| 5.3.4 IHF蛋白与194 bp rtcBA启动子亲和力常数Kd测定 | 第106-107页 |
| 5.3.5 电镜观察负染?CARF-RtcR蛋白多聚体的形成 | 第107-109页 |
| 5.3.6 ?CARF-RtcR蛋白的基础ATP酶水解速率测定 | 第109-110页 |
| 5.3.7 ?CARF-RtcR蛋白与σ~(54)因子的复合物形成 | 第110-111页 |
| 5.4 小结 | 第111-113页 |
| 第六章 RtcR蛋白的结构解析 | 第113-134页 |
| 6.1 试验材料 | 第113-114页 |
| 6.1.1 试验质粒 | 第113页 |
| 6.1.2 主要试剂和培养基 | 第113页 |
| 6.1.3 试验主要设备和仪器 | 第113-114页 |
| 6.2 试验方法 | 第114-119页 |
| 6.2.1 天然?CARF-RtcR蛋白(Native?CARF-RtcR)结晶 | 第114-116页 |
| 6.2.2 重金属浸泡?CARF-RtcR蛋白晶体 | 第116-118页 |
| 6.2.3 硒代蛋氨酸?CARF-RtcR蛋白结晶 | 第118-119页 |
| 6.3 结果与分析 | 第119-133页 |
| 6.3.1 天然?CARF-RtcR蛋白结晶 | 第119-121页 |
| 6.3.2 天然?CARF-RtcR蛋白晶体的鉴定及检测 | 第121-122页 |
| 6.3.3 天然?CARF-RtcR蛋白结晶条件的优化 | 第122-123页 |
| 6.3.4 天然?CARF-RtcR蛋白晶体衍射及三维结构解析 | 第123-125页 |
| 6.3.5 重金属浸泡?CARF-RtcR蛋白晶体 | 第125-126页 |
| 6.3.6 硒代蛋氨酸法解析?CARF-RtcR蛋白结构 | 第126-133页 |
| 6.4 小结 | 第133-134页 |
| 第七章 结论、创新点与展望 | 第134-136页 |
| 7.1 结论 | 第134页 |
| 7.2 创新点 | 第134-135页 |
| 7.3 展望 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-153页 |
| 致谢 | 第153-155页 |
| 作者简介 | 第155页 |
