| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 缩略词 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-22页 |
| 1.1 转录组学概述 | 第13-15页 |
| 1.1.1 转录组学研究方法 | 第13页 |
| 1.1.2 RNA-Seq技术 | 第13-15页 |
| 1.1.3 RNA-Seq技术现状 | 第15页 |
| 1.2 雅致放射毛霉研究概况 | 第15-17页 |
| 1.2.1 雅致放射毛霉概述 | 第15页 |
| 1.2.2 形态特征 | 第15页 |
| 1.2.3 产酶情况 | 第15-16页 |
| 1.2.4 在腐乳中的应用 | 第16页 |
| 1.2.5 研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2.5.1 国外研究概况 | 第16页 |
| 1.2.5.2 国内研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2.6 转录组学研究现状 | 第17页 |
| 1.3 蛋白酶总述 | 第17-20页 |
| 1.3.1 氨肽酶概述 | 第17-18页 |
| 1.3.2 氨肽酶的来源 | 第18页 |
| 1.3.3 氨肽酶的分类 | 第18-19页 |
| 1.3.4 氨肽酶的功能 | 第19页 |
| 1.3.5 氨肽酶研究进展 | 第19-20页 |
| 1.4 课题意义与研究内容 | 第20-22页 |
| 1.4.1 课题意义 | 第20-21页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第21-22页 |
| 第二章 雅致放射毛霉转录组RNA-Seq测序及数据分析 | 第22-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第22-23页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第22页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第22页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第22-23页 |
| 2.1.4 培养基 | 第23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-28页 |
| 2.2.1 雅致放射毛霉种子活化 | 第23页 |
| 2.2.2 孢子悬液的制备 | 第23页 |
| 2.2.3 菌体的培养 | 第23页 |
| 2.2.4 转录组样品的制备 | 第23-24页 |
| 2.2.4.1 菌丝体总RNA的提取（TRIzol法） | 第23-24页 |
| 2.2.4.2 DNA的去除 | 第24页 |
| 2.2.5 RNA样品质量检测 | 第24-25页 |
| 2.2.5.1 RNA琼脂糖凝胶电泳 | 第24-25页 |
| 2.2.5.2 初步定量检测-NanoDrop2000紫外分光光度计 | 第25页 |
| 2.2.5.3 浓度精确定量—Agilent 2100检测 | 第25页 |
| 2.2.6 RNA-Seq测序文库制备 | 第25-28页 |
| 2.2.6.1 mRNA的纯化 | 第26-27页 |
| 2.2.6.2 mRNA的片段化与反转录 | 第27页 |
| 2.2.6.3 cDNA末端修复以及加一级接头 | 第27页 |
| 2.2.6.4 PCR加二级接头 | 第27-28页 |
| 2.2.7 RNA-Seq文库测序 | 第28页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第28-34页 |
| 2.3.1 雅致放射毛霉RNA样品制备 | 第28-29页 |
| 2.3.2 样品RNA初步定量检测-NanoDrop2000紫外分光光度计 | 第29页 |
| 2.3.3 样品RNA浓度精确定量-Agilent 2100检测 | 第29-30页 |
| 2.3.4 RNA-Seq测序及转录组数据分析 | 第30-34页 |
| 2.3.4.1 Unigene长度分布 | 第30-31页 |
| 2.3.4.2 Unigene在四个数据库中的注释结果分布 | 第31-32页 |
| 2.3.4.3 COG比对结果 | 第32页 |
| 2.3.4.4 CDS直系同源性分析 | 第32-33页 |
| 2.3.4.5 A.elegans转录组中的蛋白酶分析 | 第33-34页 |
| 2.4 本章小结 | 第34-35页 |
| 第三章 雅致放射毛霉转录组氨肽酶数据分析 | 第35-50页 |
| 3.1 实验材料 | 第35-36页 |
| 3.1.1 转录组分析的原始数据 | 第35页 |
| 3.1.2 主要数据库和软件 | 第35-36页 |
| 3.2 氨肽酶数据分析方法 | 第36-38页 |
| 3.2.1 氨肽酶序列上传至Genbank | 第36页 |
| 3.2.2 开放阅读框（ORF）分析 | 第36-37页 |
| 3.2.3 信号肽（signal peptide）分析 | 第37页 |
| 3.2.4 所属家族分析 | 第37-38页 |
| 3.2.5 构建氨肽酶系统进化树 | 第38页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第38-49页 |
| 3.3.1 开放阅读框（ORF）分析 | 第38-41页 |
| 3.3.2 氨肽酶信号肽分析结果讨论 | 第41-43页 |
| 3.3.3 氨肽酶所属家族分析 | 第43-46页 |
| 3.3.4 氨肽酶系统进化树分析 | 第46-49页 |
| 3.4 本章小结 | 第49-50页 |
| 第四章 雅致放射毛霉氨肽酶表达量和酶活的相关研究 | 第50-65页 |
| 4.1 实验材料 | 第50-52页 |
| 4.1.1 供试菌株 | 第50页 |
| 4.1.2 主要试剂和缓冲液 | 第50-51页 |
| 4.1.3 主要仪器 | 第51页 |
| 4.1.4 培养基 | 第51-52页 |
| 4.2 实验方法 | 第52-55页 |
| 4.2.1 A.elegans菌种的活化 | 第52页 |
| 4.2.2 A.elegans接种培养及观察 | 第52页 |
| 4.2.3 荧光定量PCR确定氨肽酶表达量 | 第52-53页 |
| 4.2.4 不同时期的氨肽酶对不同底物水解情况研究 | 第53-55页 |
| 4.2.4.1 雅致放射毛霉的培养 | 第53-54页 |
| 4.2.4.2 粗酶液的制备 | 第54页 |
| 4.2.4.3 氨肽酶活性测定的pH | 第54页 |
| 4.2.4.4 标准曲线的绘制 | 第54页 |
| 4.2.4.5 A.elegans粗酶液氨肽酶的活性测定 | 第54-55页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第55-64页 |
| 4.3.1 A.elegans的形态学和显微学观察 | 第55-58页 |
| 4.3.2 qPCR确定氨肽酶表达量 | 第58-60页 |
| 4.3.3 不同时期的氨肽酶对不同底物水解情况研究 | 第60-64页 |
| 4.3.3.1 氨肽酶标准曲线的绘制 | 第61页 |
| 4.3.3.2 不同pH下的氨肽酶活性研究 | 第61-64页 |
| 4.4 本章小结 | 第64-65页 |
| 总结与展望 | 第65-67页 |
| 一. 总结的内容 | 第65-66页 |
| 二. 本文创新点 | 第66页 |
| 三. 展望的内容 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-73页 |
| 附录 | 第73-80页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
| 附件 | 第82页 |
