| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略语索引 | 第10-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-23页 |
| 1.1 沙门氏菌 | 第14-16页 |
| 1.1.1 沙门氏菌生物学特性 | 第14页 |
| 1.1.2 沙门氏菌与食品安全 | 第14-15页 |
| 1.1.3 沙门氏菌分类 | 第15-16页 |
| 1.2 沙门氏菌分型 | 第16-20页 |
| 1.2.1 沙门氏菌血清分型 | 第16页 |
| 1.2.2 沙门氏菌分子分型 | 第16-20页 |
| 1.3 CRISPR分型方法研究新进展 | 第20-21页 |
| 1.3.1 CRISPR-MVLST | 第20-21页 |
| 1.3.2 CLSPT | 第21页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第21-23页 |
| 第二章 沙门氏菌新型CRISPR分型方法的建立 | 第23-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-25页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第23页 |
| 2.1.2 培养基 | 第23页 |
| 2.1.3 主要试剂及配制 | 第23-25页 |
| 2.1.4 仪器与设备 | 第25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-30页 |
| 2.2.1 DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2.2 CRISPR1引物设计 | 第26-27页 |
| 2.2.3 CRISPR2引物设计 | 第27-28页 |
| 2.2.4 特异性靶点PCR扩增 | 第28-29页 |
| 2.2.5 PCR反应及电泳检测 | 第29-30页 |
| 2.2.6 属特异性靶点聚类树分析 | 第30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-38页 |
| 2.3.1 CRISPR引物验证及36种沙门氏菌血清型CRISPR检测 | 第30-32页 |
| 2.3.2 沙门氏菌CRISPR间隔序列排列图谱 | 第32-35页 |
| 2.3.3 沙门氏菌属特异性靶点聚类分析 | 第35-38页 |
| 2.4 小结 | 第38-39页 |
| 第三章 新型CRISPR分型方法应用于不同血清型沙门氏菌分型 | 第39-49页 |
| 3.1 实验材料 | 第39页 |
| 3.1.1 实验菌株 | 第39页 |
| 3.1.2 培养基 | 第39页 |
| 3.1.3 主要试剂及配制 | 第39页 |
| 3.2 实验方法 | 第39-42页 |
| 3.2.1 DNA提取 | 第39页 |
| 3.2.2 CRISPR PCR扩增 | 第39-41页 |
| 3.2.3 特异靶点S69 PCR扩增 | 第41页 |
| 3.2.4 CRISPR间隔序列图谱分析 | 第41页 |
| 3.2.5 属特异性靶点S69聚类分析 | 第41页 |
| 3.2.7 CSST分析 | 第41-42页 |
| 3.2.8 TCSST分析 | 第42页 |
| 3.3 结果与分析 | 第42-47页 |
| 3.3.1 沙门氏菌CRISPR分型 | 第42-44页 |
| 3.3.2 特异性靶点S69分析 | 第44-45页 |
| 3.3.3 CSST分型 | 第45-46页 |
| 3.3.4 TCSST分型 | 第46-47页 |
| 3.4 小结 | 第47-49页 |
| 第四章 新型CRISPR分型方法应用于肠炎沙门氏菌分型 | 第49-60页 |
| 4.1 实验材料 | 第49页 |
| 4.1.1 实验菌株 | 第49页 |
| 4.1.2 培养基 | 第49页 |
| 4.1.3 主要试剂及配制 | 第49页 |
| 4.1.4 仪器与设备 | 第49页 |
| 4.2 实验方法 | 第49-54页 |
| 4.2.1 DNA提取 | 第49页 |
| 4.2.2 肠炎沙门氏菌验证 | 第49-51页 |
| 4.2.3 ERIC-PCR扩增 | 第51-52页 |
| 4.2.4 CRISPR1和CRISPR2 PCR扩增及间隔序列图谱分析 | 第52-53页 |
| 4.2.5 特异性靶点S69 PCR扩增 | 第53页 |
| 4.2.6 CLSPT分析 | 第53页 |
| 4.2.7 CSST分析 | 第53页 |
| 4.2.8 TCSST分析 | 第53页 |
| 4.2.9 毒力基因分型 | 第53-54页 |
| 4.3 结果与分析 | 第54-59页 |
| 4.3.1 肠炎沙门氏菌验证 | 第54-55页 |
| 4.3.2 ERIC-PCR指纹图谱分析 | 第55-56页 |
| 4.3.3 CRISPR间隔序列图谱分析 | 第56-57页 |
| 4.3.4 CLSPT分析 | 第57页 |
| 4.3.5 CSST分析 | 第57页 |
| 4.3.6 TCSST分析 | 第57页 |
| 4.3.7 毒力基因分型 | 第57-59页 |
| 4.4 小结 | 第59-60页 |
| 第五章 总结与展望 | 第60-62页 |
| 5.1 总结 | 第60-61页 |
| 5.2 展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-70页 |
| 附录 1 | 第70-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 攻读学位期间已发表和准备中的学术论文 | 第74页 |
