| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 棒曲霉素概述 | 第10-12页 |
| 1.1.1 棒曲霉素的毒性 | 第10-11页 |
| 1.1.2 棒曲霉素的检测方法研究 | 第11页 |
| 1.1.3 控制棒曲霉素的方法 | 第11-12页 |
| 1.2 雪白丝衣霉概述 | 第12-13页 |
| 1.2.1 雪白丝衣霉 | 第13页 |
| 1.2.2 Byssochlamys nivea FF1-2菌株 | 第13页 |
| 1.3 转录组学研究方法进展 | 第13-17页 |
| 1.3.1 转录组和转录组学 | 第13-14页 |
| 1.3.2 转录组学研究方法 | 第14-15页 |
| 1.3.3 De novo转录组测序方法 | 第15-17页 |
| 1.4 转录组学研究微生物降解PAT进展 | 第17-18页 |
| 1.5 本课题的研究目的及意义 | 第18-20页 |
| 第2章 降解PAT的及nivea FF1-2 RNA测序 | 第20-30页 |
| 2.1 引言 | 第20页 |
| 2.2 实验材料 | 第20-22页 |
| 2.2.1 主要试剂 | 第20-21页 |
| 2.2.2 试验仪器与设备 | 第21-22页 |
| 2.3 实验方法 | 第22-25页 |
| 2.3.1 降解PAT不同时间生物材料的培养 | 第22页 |
| 2.3.2 RNA的提取和质量检验 | 第22-24页 |
| 2.3.3 RNA测序文库的构建及测序 | 第24-25页 |
| 2.4 结果与分析 | 第25-29页 |
| 2.4.1 降解PAT不同时间生物样品的获得 | 第25-26页 |
| 2.4.2 样品RNA的提取及质量评估报告 | 第26-28页 |
| 2.4.3 测序产量统计 | 第28-29页 |
| 2.5 本章小结 | 第29-30页 |
| 第3章 B.nivea FF1-2转录组de novo组装与全局分析 | 第30-46页 |
| 3.1 引言 | 第30页 |
| 3.2 实验方法 | 第30-33页 |
| 3.2.1 测序数据的质量控制 | 第30-31页 |
| 3.2.2 De novo组装与质量评价 | 第31-32页 |
| 3.2.3 B.nivea FF1-2组装unigenes功能注释 | 第32页 |
| 3.2.4 B.nivea FF1-2组装unigenes的GO分类 | 第32-33页 |
| 3.3 结果与分析 | 第33-43页 |
| 3.3.1 测序数据的过滤、分类结果 | 第33-34页 |
| 3.3.2 De novo序列组装结果 | 第34-35页 |
| 3.3.3 组装unigenes注释结果 | 第35-36页 |
| 3.3.4 组装unigenes与NR、Swiss-Prot 比对 | 第36-38页 |
| 3.3.5 组装unigenes KOG分类结果 | 第38-40页 |
| 3.3.6 组装unigenes GO分类结果 | 第40-42页 |
| 3.3.7 组装unigenes KEGG注释 | 第42-43页 |
| 3.4 本章小结 | 第43-46页 |
| 第4章 降解PAT的B.nivea FF1-2差异表达基因分析 | 第46-58页 |
| 4.1 引言 | 第46页 |
| 4.2 实验方法 | 第46-48页 |
| 4.2.1 Unigene表达量 | 第46页 |
| 4.2.2 差异表达unigenes筛选 | 第46-47页 |
| 4.2.3 差异表达unigenes GO富集分析 | 第47页 |
| 4.2.4 差异表达unigenes Pathway富集分析 | 第47页 |
| 4.2.5 简单重复序列(SSR)分析 | 第47-48页 |
| 4.3 结果与分析 | 第48-56页 |
| 4.3.1 Unigene的表达量分析 | 第48-49页 |
| 4.3.2 差异表达unigenes分析 | 第49-50页 |
| 4.3.3 差异表达unigenes GO功能富集分析 | 第50-51页 |
| 4.3.4 差异表达unigenes参与的代谢途径分析 | 第51-54页 |
| 4.3.5 SSR分析结果 | 第54-56页 |
| 4.5 本章小结 | 第56-58页 |
| 第5章 讨论 | 第58-62页 |
| 5.1 B.nivea FF1-2转录组数据库构建 | 第58-59页 |
| 5.2 与降解棒曲霉素可能相关的基因 | 第59-62页 |
| 第6章 研究结论与展望 | 第62-64页 |
| 6.1 研究结论 | 第62-63页 |
| 6.2 展望 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-74页 |
| 附录 | 第74-82页 |
| 致谢 | 第82-84页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第84页 |
