| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩略语表 | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第10-16页 |
| 1.1 肠球菌属 | 第10-12页 |
| 1.1.1 肠球菌属的命名及分类 | 第10-11页 |
| 1.1.2 肠球菌的基本特征及分布 | 第11页 |
| 1.1.3 肠球菌在食品中的应用与争议 | 第11-12页 |
| 1.1.4 肠球菌属的模式种-粪肠球菌 | 第12页 |
| 1.2 乳酸菌比较基因组学 | 第12-14页 |
| 1.2.1 比较基因组学 | 第12-13页 |
| 1.2.2 乳酸菌比较基因组学 | 第13-14页 |
| 1.2.2.1 乳酸菌种内比较基因组学 | 第13-14页 |
| 1.2.2.2 乳酸菌种间比较基因组学 | 第14页 |
| 1.3 多位点序列分型技术及其在乳酸菌进化中的应用 | 第14-15页 |
| 1.3.1 多位点序列分型技术 | 第14-15页 |
| 1.3.2 多位点分型技术在乳酸菌分类和遗传进化研究中的应用 | 第15页 |
| 1.3.3 多位点分型技术在粪肠球菌的分型和遗传进化研究中的应用 | 第15页 |
| 1.4 立题意义与研究内容 | 第15-16页 |
| 1.4.1 立题意义 | 第15-16页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第16页 |
| 2 肠球菌全基因组比较分析 | 第16-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第16-20页 |
| 2.1.1 肠球菌菌株来源 | 第16-18页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第18页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第18-19页 |
| 2.1.4 生物信息学分析软件 | 第19页 |
| 2.1.5 实验方法 | 第19-20页 |
| 2.1.5.1 菌株活化及基因组DNA的提取 | 第19页 |
| 2.1.5.2 基因组测序、组装和基因预测 | 第19-20页 |
| 2.1.5.3 基因组平均核苷酸一致性的计算 | 第20页 |
| 2.1.5.4 肠球菌属泛基因组,核心基因组的构建和进化分析 | 第20页 |
| 2.1.5.5 肠球菌毒力因子检索分析 | 第20页 |
| 2.2 结果分析及讨论 | 第20-49页 |
| 2.2.1 肠球菌属模式菌株基因组测序信息及基本特征 | 第20-22页 |
| 2.2.2 肠球菌基因组平均核苷酸一致性分析 | 第22-25页 |
| 2.2.3 肠球菌属核心基因组,泛基因组以及菌株特异性基因 | 第25-28页 |
| 2.2.4 肠球菌系统发育关系和进化研究 | 第28-49页 |
| 2.2.4.1 利用16S rRNA核酸序列构建的系统发育树 | 第28-30页 |
| 2.2.4.2 利用核心基因序列构建的系统发育树 | 第30-32页 |
| 2.2.4.3 肠球菌属内进化研究 | 第32-34页 |
| 2.2.4.4 肠球菌基因组功能分析 | 第34-49页 |
| 2.2.4.4.1 碳水化合物代谢 | 第38-41页 |
| 2.2.4.4.2 肠球菌应激反应系统 | 第41-43页 |
| 2.2.4.4.3 肠球菌毒力因子 | 第43-48页 |
| 2.2.4.4.4 抗生素抗性 | 第48-49页 |
| 3 发酵食品中粪肠球菌多位点序列分型分析 | 第49-62页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-52页 |
| 3.1.1 菌株来源 | 第49-50页 |
| 3.1.2 常用培养基及试剂 | 第50-51页 |
| 3.1.3 主要仪器设备 | 第51页 |
| 3.1.4 生物信息学分析软件 | 第51-52页 |
| 3.2 试验方法 | 第52-54页 |
| 3.2.1 MLST基因选取和引物设计 | 第52页 |
| 3.2.2 菌株活化和DNA提取 | 第52页 |
| 3.2.3 MLST目的基因的扩增和测序 | 第52-53页 |
| 3.2.4 MLST数据分析 | 第53-54页 |
| 3.3 结果分析与讨论 | 第54-62页 |
| 3.3.1 MLST目的基因片段的测序结果 | 第54-55页 |
| 3.3.2 粪肠球菌的序列型 | 第55-56页 |
| 3.3.3 等位基因的连锁不平衡和重组分析 | 第56-58页 |
| 3.3.4 序列型EBURST分析 | 第58-60页 |
| 3.3.5 不同序列型与分离源关联分析 | 第60-62页 |
| 4 结论 | 第62-64页 |
| 5 本论文主要创新点 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-78页 |
| 作者简介 | 第78页 |
