| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-10页 |
| 前言 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-34页 |
| ·概述 | 第11-12页 |
| ·合成生物学技术在酵母生产萜类化合物中的应用 | 第12-26页 |
| ·酿酒酵母作为底盘细胞的优势与需要解决的问题 | 第12-14页 |
| ·调控基因表达水平的方法 | 第14-20页 |
| ·基因表达水平与拷贝数 | 第14-16页 |
| ·不同强度与类型的启动子 | 第16-18页 |
| ·基于RNA水平的调控 | 第18-19页 |
| ·基于蛋白水平的调控 | 第19-20页 |
| ·调控相关酶空间位置的策略 | 第20-23页 |
| ·蛋白融合策略 | 第20-21页 |
| ·酶固定于统一架构 | 第21-22页 |
| ·酶定位于内源细胞器 | 第22-23页 |
| ·酵母中生产萜类化合物的研究进展 | 第23-26页 |
| ·类胡萝卜素在酵母中的生产 | 第24-25页 |
| ·倍半萜在酵母中的生产 | 第25页 |
| ·二萜在酵母中的生产 | 第25-26页 |
| ·甾醇类在酵母中的生产 | 第26页 |
| ·其他萜类化合物在酵母中的生产 | 第26页 |
| ·GGPP合酶（GGPPS）相关研究 | 第26-28页 |
| ·GGPPS的简要介绍 | 第26-27页 |
| ·几种不同来源GGPPS介绍 | 第27-28页 |
| ·酿酒酵母源GGPPS（BTS1）的功能分析 | 第27页 |
| ·草生欧文氏菌源GGPPS（CRTE）的功能分析 | 第27-28页 |
| ·辣椒源GGPPS的序列及功能分析 | 第28页 |
| ·分子对接技术 | 第28-32页 |
| ·分子对接简介 | 第28-29页 |
| ·分子对接原理和方法 | 第29-30页 |
| ·分子对接结果的评价方法 | 第30-31页 |
| ·分子对接的应用 | 第31-32页 |
| ·代谢组学研究及应用 | 第32-33页 |
| ·本课题的研究意义 | 第33-34页 |
| 第二章 材料、仪器与方法 | 第34-53页 |
| ·工具酶及试剂 | 第34-35页 |
| ·主要试剂 | 第34-35页 |
| ·其他试剂配制 | 第35页 |
| ·菌株和质粒 | 第35-37页 |
| ·实验仪器 | 第37-38页 |
| ·培养基 | 第38-39页 |
| ·质粒构建 | 第39-45页 |
| ·目的片段的PCR | 第39-41页 |
| ·DNA产物直接回收 | 第41页 |
| ·DNA产物凝胶回收 | 第41-42页 |
| ·酶切反应 | 第42页 |
| ·连接反应 | 第42-43页 |
| ·载体的大肠杆菌转化 | 第43页 |
| ·大肠杆菌转化的菌落PCR验证 | 第43-44页 |
| ·质粒提取方法 | 第44页 |
| ·质粒的酶切验证 | 第44-45页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第45页 |
| ·酵母转化和验证方法 | 第45-48页 |
| ·酵母转化 | 第45-46页 |
| ·酵母质粒提取 | 第46-47页 |
| ·酵母基因组提取 | 第47页 |
| ·酵母转化子的验证 | 第47-48页 |
| ·发酵培养方法 | 第48页 |
| ·摇瓶发酵 | 第48页 |
| ·半乳糖诱导摇瓶发酵 | 第48页 |
| ·发酵罐发酵 | 第48页 |
| ·产物提取及检测方法 | 第48-49页 |
| ·紫杉二烯提纯与鉴定 | 第49页 |
| ·分子对接方法 | 第49-50页 |
| ·蛋白结构的模拟 | 第49页 |
| ·准备体系的坐标文件 | 第49页 |
| ·Autogrid格点能的计算 | 第49-50页 |
| ·使用Autodock进行对接 | 第50页 |
| ·使用AutoDockTools 进行分析 | 第50页 |
| ·酵母细胞代谢组学的测定 | 第50-53页 |
| ·小分子代谢物提取及样品制备所需试剂 | 第50页 |
| ·酵母细胞代谢组提取方法 | 第50-51页 |
| ·代谢组样品的制备 | 第51页 |
| ·代谢物的检测 | 第51-52页 |
| ·代谢物定性与定量 | 第52-53页 |
| 第三章 利用分子对接研究不同来源GGPPS与底物FPP的作用 | 第53-77页 |
| ·引言 | 第53页 |
| ·不同来源GGPPS结构的模拟及选择 | 第53-68页 |
| ·I-TASSER模拟蛋白结构的原理 | 第53-54页 |
| ·红豆杉源Taxus baccata x Taxus cuspidata GGPPS（GGPPSbc）的结构模拟 | 第54-56页 |
| ·银杏源Ginkgo biloba GGPPS（GGPPSgb）的结构模拟 | 第56-58页 |
| ·牛蛙源Rana catesbeiana GGPPS（GGPPSrc）的结构模拟 | 第58页 |
| ·草生欧文氏菌Erwinia herbicola GGPPS（GGPPSeh）的结构模拟 | 第58-61页 |
| ·衣藻源Chlamydomonas reinhardtii GGPPS（GGPPScr）的结构模拟 | 第61页 |
| ·酿酒酵母源Saccharomyces cerevisiae GGPPS（GGPPSsc）的结构模拟 | 第61-63页 |
| ·六种GGPPS的同源性分析 | 第63-68页 |
| ·不同来源GGPPS与底物FPP的分子对接研究 | 第68-76页 |
| ·本研究中分子对接的基本思路 | 第68页 |
| ·红豆杉源GGPPS与底物FPP的对接 | 第68-69页 |
| ·银杏源GGPPS与底物FPP的对接 | 第69-71页 |
| ·牛蛙源GGPPS与底物FPP的对接 | 第71-72页 |
| ·草生欧文氏菌源GGPPS与底物FPP的对接 | 第72-73页 |
| ·衣藻源GGPPS与底物FPP的对接 | 第73-74页 |
| ·酿酒酵母源GGPPS与底物FPP的对接 | 第74-75页 |
| ·通过分子对接预测六种GGPPS催化效力排序 | 第75-76页 |
| ·小结 | 第76-77页 |
| 第四章 探究GGPPS酶、酵母底盘及表达水平之间的适配性 | 第77-104页 |
| ·引言 | 第77页 |
| ·酿酒酵母内源MVA途径的改造 | 第77-80页 |
| ·W303-1A中诱导型启动子和组成型启动子对紫杉二烯生产的影响 | 第80-87页 |
| ·两种底盘细胞不同GGPPS之间适配性的研究 | 第87-92页 |
| ·整合型载体和游离型载体用于紫杉二烯生产的对比 | 第92-96页 |
| ·紫杉二烯标准品的分离纯化 | 第96-98页 |
| ·W303-1A底盘中采用不同GGPPS的功能菌株发酵对比 | 第98-100页 |
| ·利用融合蛋白策略生产紫杉二烯 | 第100-103页 |
| ·小结 | 第103-104页 |
| 第五章 生产紫杉二烯的人工酵母细胞的代谢组学研究 | 第104-127页 |
| ·引言 | 第104页 |
| ·原始酵母W303-1A和YSG50 的代谢组学研究 | 第104-117页 |
| ·糖酵解途径相关代谢物分析 | 第104-112页 |
| ·TCA循环相关代谢物分析 | 第112-117页 |
| ·采用不同GGPPS的人工酵母的代谢组学研究 | 第117-124页 |
| ·糖酵解途径相关氨基酸含量分析 | 第117-121页 |
| ·TCA循环直接代谢物含量分析 | 第121-124页 |
| ·TCA循环相关氨基酸含量分析 | 第124页 |
| ·小结 | 第124-127页 |
| 第六章 结论与展望 | 第127-129页 |
| ·结论 | 第127-128页 |
| ·展望 | 第128-129页 |
| 参考文献 | 第129-140页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第140-141页 |
| 致谢 | 第141页 |
