| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-27页 |
| 1.1 泡菜概述 | 第15-17页 |
| 1.1.1 四川泡菜的分类与制作 | 第15-16页 |
| 1.1.2 泡菜盐水的分类 | 第16页 |
| 1.1.3 家庭泡菜的特点 | 第16-17页 |
| 1.2 乳酸菌研究技术手段 | 第17-19页 |
| 1.2.1 基于培养依赖型研究手段 | 第17-18页 |
| 1.2.2 基于非培养依赖型研究手段 | 第18-19页 |
| 1.3 泡菜中乳酸菌菌群及其影响因素 | 第19-24页 |
| 1.3.1 泡菜中的乳酸菌 | 第19-20页 |
| 1.3.2 主要影响因素 | 第20-24页 |
| 1.4 泡菜中乳酸菌的代谢 | 第24页 |
| 1.5 研究目的与内容 | 第24-27页 |
| 1.5.1 研究目的与意义 | 第24-25页 |
| 1.5.2 研究内容和方法 | 第25-26页 |
| 1.5.3 技术路线 | 第26-27页 |
| 第二章 传统四川泡菜盐水的基本理化指标 | 第27-39页 |
| 2.1 前言 | 第27页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第27-29页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第27页 |
| 2.2.2 pH测定 | 第27页 |
| 2.2.3 总酸含量测定 | 第27-28页 |
| 2.2.4 盐浓度(氯化钠含量)测定 | 第28页 |
| 2.2.5 亚硝酸盐测定 | 第28-29页 |
| 2.2.6 有机酸含量测定 | 第29页 |
| 2.2.7 味道分析 | 第29页 |
| 2.2.8 统计分析 | 第29页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第29-37页 |
| 2.3.1 泡菜盐水样品信息说明 | 第29-31页 |
| 2.3.2 标准曲线 | 第31-32页 |
| 2.3.3 酸性指标 | 第32-34页 |
| 2.3.4 盐浓度 | 第34页 |
| 2.3.5 亚硝酸盐 | 第34-35页 |
| 2.3.6 泡菜盐水味道 | 第35-37页 |
| 2.4 小结 | 第37-39页 |
| 第三章 传统四川泡菜盐水乳酸菌分离鉴定 | 第39-49页 |
| 3.1 前言 | 第39页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第39-42页 |
| 3.2.1 样品与培养基 | 第39-40页 |
| 3.2.2 乳酸菌分离 | 第40页 |
| 3.2.3 乳酸菌纯化 | 第40页 |
| 3.2.4 乳酸菌初步鉴定 | 第40页 |
| 3.2.5 菌株基因组DNA提取 | 第40-41页 |
| 3.2.6 16S rRNA基因PCR扩增与测序 | 第41页 |
| 3.2.7 测序结果鉴定 | 第41页 |
| 3.2.8 系统发育分析 | 第41-42页 |
| 3.2.9 乳酸菌株保存 | 第42页 |
| 3.2.10 统计分析 | 第42页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第42-48页 |
| 3.3.1 菌株分离情况 | 第42-44页 |
| 3.3.2 分离菌株基因组DNA质量 | 第44-45页 |
| 3.3.3 分离菌株16S rRNA基因PCR扩增结果 | 第45页 |
| 3.3.4 分离菌株16S rRNA基因测序鉴定结果 | 第45-47页 |
| 3.3.5 系统发育关系 | 第47-48页 |
| 3.4 小结 | 第48-49页 |
| 第四章 SMRT测序和微滴式数字PCR分析传统四川泡菜盐水乳酸菌组成 | 第49-61页 |
| 4.1 前言 | 第49页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第49-52页 |
| 4.2.1 样品说明 | 第49-50页 |
| 4.2.2 样品宏基因组DNA提取 | 第50页 |
| 4.2.3 16S rRNA基因全长序列PCR扩增 | 第50页 |
| 4.2.4 单分子实时(SMRT)测序 | 第50页 |
| 4.2.5 生物信息处理 | 第50-51页 |
| 4.2.6 微滴式数字PCR定量分析 | 第51页 |
| 4.2.7 统计分析 | 第51-52页 |
| 4.2.8 核酸登录号 | 第52页 |
| 4.3 实验结果 | 第52-58页 |
| 4.3.1 测序深度与序列多样性 | 第52-53页 |
| 4.3.2 各分类水平上的细菌组成 | 第53-54页 |
| 4.3.3 乳酸菌组成 | 第54-57页 |
| 4.3.4 微滴式数字PCR绝对定量结果 | 第57-58页 |
| 4.4 讨论 | 第58-59页 |
| 4.5 小结 | 第59-61页 |
| 第五章 不同理化指标与传统四川泡菜盐水细菌多样性及其群落结构的关联性 | 第61-89页 |
| 5.1 前言 | 第61页 |
| 5.2 实验材料与方法 | 第61-62页 |
| 5.2.1 样品与分组信息 | 第61-62页 |
| 5.2.2 序列来源 | 第62页 |
| 5.2.3 生物多样性分析 | 第62页 |
| 5.2.4 统计分析 | 第62页 |
| 5.3 实验结果与讨论 | 第62-88页 |
| 5.3.1 不同酸度泡菜盐水中细菌多样性和群落结构比较 | 第62-70页 |
| 5.3.2 不同盐浓度泡菜盐水中细菌多样性和群落结构比较 | 第70-76页 |
| 5.3.3 不同使用时间泡菜盐水中细菌多样性和群落结构比较 | 第76-80页 |
| 5.3.4 不同主要原料泡菜盐水中细菌多样性和群落结构比较 | 第80-86页 |
| 5.3.5 泡菜盐水样品的优势菌群与亚硝酸盐的相关性分析 | 第86-88页 |
| 5.4 小结 | 第88-89页 |
| 第六章 传统四川泡菜盐水细菌群落功能与通路预测 | 第89-103页 |
| 6.1 前言 | 第89页 |
| 6.2 实验材料与方法 | 第89-90页 |
| 6.2.1 序列来源 | 第89-90页 |
| 6.2.2 功能注释 | 第90页 |
| 6.2.3 统计分析 | 第90页 |
| 6.3 实验结果 | 第90-99页 |
| 6.3.1 COG注释结果 | 第90-92页 |
| 6.3.2 KEGG注释结果 | 第92-94页 |
| 6.3.3 不同泡菜盐水样品分组之间KEGG通路的差异 | 第94-99页 |
| 6.4 讨论 | 第99-101页 |
| 6.5 小结 | 第101-103页 |
| 第七章 全文总结与展望 | 第103-105页 |
| 7.1 主要结论 | 第103页 |
| 7.2 创新点 | 第103-104页 |
| 7.3 展望 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-117页 |
| 致谢 | 第117-119页 |
| 附录 | 第119-127页 |
| 个人简介 | 第127-128页 |
