| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 引言 | 第12-26页 |
| 1.1 益生菌 | 第12-13页 |
| 1.1.1 乳杆菌属 | 第12页 |
| 1.1.2 L.plantarum P-8的研究背景 | 第12-13页 |
| 1.2 乳酸菌耐药性的研究 | 第13-18页 |
| 1.2.1 抗生素 | 第14页 |
| 1.2.2 乳酸菌耐药性的出现 | 第14-15页 |
| 1.2.3 乳酸菌耐药基因的转移 | 第15-16页 |
| 1.2.4 乳酸菌的耐药机制 | 第16-18页 |
| 1.3 益生菌及其制品与抗生素联合治疗抗生素相关性疾病 | 第18-19页 |
| 1.3.1 益生菌与抗生素联合使用 | 第18-19页 |
| 1.3.2 酸奶与抗生素联合使用 | 第19页 |
| 1.4 微生物适应性进化研究的概述 | 第19-21页 |
| 1.5 全基因组重测序技术 | 第21-24页 |
| 1.5.1 全基因组重测序技术的发展趋势 | 第22-23页 |
| 1.5.2 全基因组重测序技术在乳酸菌中的应用 | 第23-24页 |
| 1.6 本研究的目的和意义以及主要内容 | 第24-26页 |
| 1.6.1 研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第25-26页 |
| 2 材料与方法 | 第26-40页 |
| 2.1 菌株来源 | 第26-28页 |
| 2.2 主要试剂 | 第28页 |
| 2.3 仪器设备 | 第28页 |
| 2.4 试验方法 | 第28-40页 |
| 2.4.1 乳杆菌耐药性检测 | 第28-32页 |
| 2.4.2 乳杆菌抗性基因的检测 | 第32-35页 |
| 2.4.3 乳杆菌抗性基因转移的检测 | 第35页 |
| 2.4.4 L.plantarum P-8在含有抗生素环境中连续培养的研究 | 第35-38页 |
| 2.4.5 基因组数据分析 | 第38-39页 |
| 2.4.6 数据处理 | 第39-40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-80页 |
| 3.1 乳杆菌的耐药性 | 第40-44页 |
| 3.2 乳杆菌耐药基因的检测 | 第44-46页 |
| 3.3 乳杆菌抗性基因转移的检测 | 第46页 |
| 3.4 L.plantarum P-8在抗生素环境中的适应性进化 | 第46-54页 |
| 3.4.1 L.plantarum P-8生长曲线的制作和生长代数的确定 | 第46-48页 |
| 3.4.2 L.plantarum P-8在连续培养过程中MIC值的变化 | 第48-50页 |
| 3.4.3 L.plantarum P-8在连续培养过程中活菌数的变化 | 第50-52页 |
| 3.4.4 L.plantarum P-8在连续培养过程中OD_(600)值的变化 | 第52-53页 |
| 3.4.5 L.plantarum P-8在连续培养过程中细胞形态的变化 | 第53-54页 |
| 3.5 L.plantarum P-8连续培养过程中菌株的基因组重测序 | 第54-78页 |
| 3.5.1 重测序样本DNA的质量控制 | 第54-56页 |
| 3.5.2 样品纯度的检测 | 第56-58页 |
| 3.5.3 高通量原始测序数据的质控 | 第58-60页 |
| 3.5.4 基因组组装 | 第60-64页 |
| 3.5.5 SNP突变位点的分析 | 第64-71页 |
| 3.5.6 从头突变的分析 | 第71-72页 |
| 3.5.7 突变频率的分析 | 第72-73页 |
| 3.5.8 突变谱的分析 | 第73-74页 |
| 3.5.9 进化速率的分析 | 第74-75页 |
| 3.5.10 直系同源簇和代谢通路分析 | 第75-77页 |
| 3.5.11 基因突变位点的验证 | 第77-78页 |
| 3.6 L.plantarum P-8突变基因转移性分析 | 第78-80页 |
| 4 讨论 | 第80-84页 |
| 5 结论 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-102页 |
| 附录 | 第102-108页 |
| 作者简介 | 第108-109页 |
