| 摘要 | 第8-9页 |
| 英文摘要 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-19页 |
| 1.1 传统发酵乳制品 | 第11页 |
| 1.2 乳酸菌 | 第11-12页 |
| 1.2.1 乳酸菌简介 | 第11页 |
| 1.2.2 植物乳杆菌 | 第11-12页 |
| 1.3 乳酸菌基因多样性的研究方法 | 第12-13页 |
| 1.3.1 基于DNA指纹图谱的分析方法 | 第12页 |
| 1.3.2 基于核酸序列的分析方法 | 第12-13页 |
| 1.4 多位点序列分型 | 第13-15页 |
| 1.4.1 多位点序列分型概述 | 第13页 |
| 1.4.2 多位点序列分型的应用 | 第13-15页 |
| 1.5 全基因组测序 | 第15-17页 |
| 1.5.1 基因组测序技术简介 | 第16页 |
| 1.5.2 基因组测序技术在乳酸菌中的应用 | 第16-17页 |
| 1.6 研究的目的与意义 | 第17页 |
| 1.7 研究内容 | 第17-19页 |
| 2 材料与方法 | 第19-28页 |
| 2.1 材料与仪器 | 第19-23页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第19-21页 |
| 2.1.2 参考菌株 | 第21-22页 |
| 2.1.3 主要生化试剂 | 第22页 |
| 2.1.4 主要仪器和设备 | 第22-23页 |
| 2.1.5 生物信息学分析软件 | 第23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-28页 |
| 2.2.1 菌株活化与DNA的提取 | 第23-24页 |
| 2.2.2 持家基因的选取及引物设计 | 第24-25页 |
| 2.2.3 持家基因PCR扩增及产物测序 | 第25页 |
| 2.2.4 多位点序列分型数据分析 | 第25-26页 |
| 2.2.5 L.plantarum LJ26全基因组测序 | 第26-27页 |
| 2.2.6 功能基因的挖掘 | 第27页 |
| 2.2.7 比较基因组学分析 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-56页 |
| 3.1 DNA提取结果 | 第28页 |
| 3.2 持家基因的扩增和测序 | 第28-30页 |
| 3.2.1 持家基因的PCR扩增 | 第28-29页 |
| 3.2.2 持家基因测序结果 | 第29-30页 |
| 3.3 多位点序列分型分析 | 第30-39页 |
| 3.3.1 多位点序列分型结果 | 第30-33页 |
| 3.3.2 等位基因多样性分析 | 第33-34页 |
| 3.3.3 种群结构分析 | 第34-35页 |
| 3.3.4 系统发育分析 | 第35-37页 |
| 3.3.5 重组分析 | 第37-39页 |
| 3.4 L.plantarum LJ26基因组测序的质量分析 | 第39-41页 |
| 3.5 基因组基因预测及功能注释 | 第41-44页 |
| 3.5.1 编码基因预测 | 第41页 |
| 3.5.2 功能注释 | 第41-44页 |
| 3.6 基因组特征分析 | 第44-52页 |
| 3.6.1 基因组的基本特点 | 第44-45页 |
| 3.6.2 组分分析 | 第45-49页 |
| 3.6.3 功能基因挖掘 | 第49-52页 |
| 3.7 比较基因组学分析 | 第52-56页 |
| 3.7.1 泛基因和核心基因分析 | 第52页 |
| 3.7.2 核心基因进化分析 | 第52-53页 |
| 3.7.3 非共有基因分析 | 第53-54页 |
| 3.7.4 特有基因分析 | 第54-56页 |
| 4 讨论 | 第56-61页 |
| 4.1 植物乳杆菌的多位点序列分型 | 第56-58页 |
| 4.1.1 多位点序列分型方法的构建 | 第56页 |
| 4.1.2 基因多样性分析 | 第56-57页 |
| 4.1.3 种群结构分析 | 第57页 |
| 4.1.4 系统发育分析 | 第57-58页 |
| 4.1.5 重组分析 | 第58页 |
| 4.2 L.plantarum LJ26基因组序列的基本特点 | 第58页 |
| 4.3 L.plantarum LJ26的功能基因分析 | 第58-59页 |
| 4.3.1 免疫相关基因 | 第58-59页 |
| 4.3.2 细菌素相关基因 | 第59页 |
| 4.4 植物乳杆菌的比较基因组学分析 | 第59-61页 |
| 5 结论 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-72页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第72页 |
