| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 缩略符号对照表 | 第8-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| 1.1 双歧杆菌概述 | 第13-17页 |
| 1.1.1 双歧杆菌的生物学特征 | 第13页 |
| 1.1.2 双歧杆菌的分类及其分布 | 第13-16页 |
| 1.1.3 双歧杆菌的生理功能及其应用 | 第16-17页 |
| 1.2 双歧杆菌的检测方法研究进展 | 第17-22页 |
| 1.2.1 传统培养法 | 第17页 |
| 1.2.2 以免疫学为基础的检测方法 | 第17-18页 |
| 1.2.3 以核酸杂交为基础的检测方法 | 第18-19页 |
| 1.2.4 以PCR为基础的检测方法 | 第19-22页 |
| 1.3 双歧杆菌的分离方法研究进展 | 第22-24页 |
| 1.4 论文立题背景及意义 | 第24页 |
| 1.5 论文主要研究内容 | 第24-26页 |
| 第二章 基于Mi Seq测序技术的双歧杆菌菌种的高通量检测方法 | 第26-40页 |
| 2.1 引言 | 第26页 |
| 2.2 材料与仪器 | 第26-28页 |
| 2.2.1 菌株和培养基 | 第26-27页 |
| 2.2.2 主要材料与试剂 | 第27页 |
| 2.2.3 主要设备与仪器 | 第27-28页 |
| 2.3 实验方法 | 第28-30页 |
| 2.3.1 菌株培养及其基因组提取 | 第28页 |
| 2.3.2 双歧杆菌核心基因的选择 | 第28页 |
| 2.3.3 双歧杆菌测序引物的设计 | 第28-29页 |
| 2.3.4 引物准确度和特异性评估 | 第29页 |
| 2.3.5 PCR扩增、切胶纯化、文库构建及上机测序 | 第29-30页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第30-39页 |
| 2.4.1 双歧杆菌菌种高通量测序核心基因的选择 | 第30-33页 |
| 2.4.2 gro EL基因和 16S r RNA基因序列对比分析 | 第33-35页 |
| 2.4.3 gro EL基因选定区域和 16S r RNA基因V3-V4区对比分析 | 第35-37页 |
| 2.4.4 基于核心基因gro EL的引物设计 | 第37-38页 |
| 2.4.5 双歧杆菌菌种高通量测序引物的特异性 | 第38页 |
| 2.4.6 双歧杆菌菌种高通量测序引物的准确性和灵敏度 | 第38-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 双歧杆菌菌种高通量检测方法在复杂样品中的应用 | 第40-55页 |
| 3.1 引言 | 第40页 |
| 3.2 材料与仪器 | 第40-41页 |
| 3.2.1 菌株、培养基和缓冲液 | 第40-41页 |
| 3.2.2 主要材料与试剂 | 第41页 |
| 3.2.3 主要设备与仪器 | 第41页 |
| 3.3 实验方法 | 第41-44页 |
| 3.3.1 模拟样品的制备 | 第41页 |
| 3.3.2 益生菌产品的准备及前处理 | 第41-43页 |
| 3.3.3 粪便样品的收集 | 第43页 |
| 3.3.4 模拟样品、益生菌产品和粪便样品细菌基因组的提取 | 第43-44页 |
| 3.3.5 gro EL基因选定区域的高通量测序 | 第44页 |
| 3.3.6 细菌 16S rDNA的V3-V4区的高通量测序 | 第44页 |
| 3.3.7 qPCR扩增 | 第44页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第44-54页 |
| 3.4.1 MiSeq高通量测序流程 | 第44-45页 |
| 3.4.2 双歧杆菌菌种高通量检测方法对模拟牛奶样品的适用性评价 | 第45页 |
| 3.4.3 双歧杆菌菌种高通量检测方法对益生菌产品的鉴定分析 | 第45-49页 |
| 3.4.4 双歧杆菌菌种高通量检测方法对粪便中双歧杆菌结构组成分析 | 第49-54页 |
| 3.5 本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 双歧杆菌菌种特异性核酸适配体的筛选 | 第55-76页 |
| 4.1 引言 | 第55页 |
| 4.2 材料与仪器 | 第55-57页 |
| 4.2.1 菌株、培养基和缓冲液 | 第55-56页 |
| 4.2.2 主要材料与试剂 | 第56-57页 |
| 4.2.3 主要设备与仪器 | 第57页 |
| 4.2.4 随机单链DNA文库和引物的构建 | 第57页 |
| 4.3 实验方法 | 第57-62页 |
| 4.3.1 菌株培养及前处理 | 第57页 |
| 4.3.2 双歧杆菌菌种核酸适配体的筛选 | 第57-60页 |
| 4.3.3 双歧杆菌菌种的核酸适配体亲和性分析 | 第60-61页 |
| 4.3.4 双歧杆菌菌种的核酸适配体特异性分析 | 第61页 |
| 4.3.5 双歧杆菌菌种的核酸适配体序列优化 | 第61-62页 |
| 4.3.6 蛋白酶处理双歧杆菌菌体 | 第62页 |
| 4.3.7 以适配体为基础的双歧杆菌菌种的可视化分析方法 | 第62页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第62-75页 |
| 4.4.1 SELEX筛选方法优化 | 第62-63页 |
| 4.4.2 双歧杆菌菌种的适配体序列及其结构特征 | 第63-65页 |
| 4.4.3 双歧杆菌菌种与其适配体亲和性 | 第65-66页 |
| 4.4.4 双歧杆菌菌种的适配体特异性 | 第66-68页 |
| 4.4.5 双歧杆菌菌种的适配体序列优化 | 第68-72页 |
| 4.4.6 适配体与双歧杆菌菌种结合的物质基础 | 第72-74页 |
| 4.4.7 以适配体为基础的双歧杆菌菌种的可视化检测 | 第74-75页 |
| 4.5 本章小结 | 第75-76页 |
| 第五章 基于核酸适配体的双歧杆菌菌种的高效分离方法 | 第76-82页 |
| 5.1 引言 | 第76页 |
| 5.2 材料和仪器 | 第76-77页 |
| 5.2.1 菌株、培养基和缓冲液 | 第76页 |
| 5.2.2 主要材料与试剂 | 第76页 |
| 5.2.3 主要设备与仪器 | 第76页 |
| 5.2.4 适配体序列 | 第76-77页 |
| 5.3 实验方法 | 第77-78页 |
| 5.3.1 菌株培养 | 第77页 |
| 5.3.2 模拟样品中双歧杆菌菌种的富集和分离 | 第77页 |
| 5.3.3 模拟粪便样品中短双歧杆菌的回收效率 | 第77-78页 |
| 5.3.4 模拟粪便样品中双歧杆菌菌种的富集和分离 | 第78页 |
| 5.3.5 菌落PCR扩增 | 第78页 |
| 5.3.6 基因组提取、PCR扩增、纯化、定量、混样和测序 | 第78页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第78-81页 |
| 5.4.1 以适配体为基础的双歧杆菌高效分离方法原理 | 第78-79页 |
| 5.4.2 模拟样品中双歧杆菌菌种的分离效果 | 第79-80页 |
| 5.4.3 模拟粪便样品中短双歧杆菌的回收效率 | 第80页 |
| 5.4.4 模拟粪便样品中双歧杆菌菌种的分离效果 | 第80-81页 |
| 5.5 本章小结 | 第81-82页 |
| 主要结论与展望 | 第82-84页 |
| 主要结论 | 第82-83页 |
| 展望 | 第83-84页 |
| 论文创新点 | 第84-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-97页 |
| 附录Ⅰ：被用作系统发育分析的双歧杆菌菌株列表 | 第97-103页 |
| 附录Ⅱ：作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第103页 |
