克罗诺杆菌基因组测序与比较基因组学分析
| 摘要 | 第8-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第13-23页 |
| 1.1 微生物基因组学 | 第13-16页 |
| 1.1.1 微生物基因组学的研究背景 | 第13页 |
| 1.1.2 微生物基因组测序技术的发展 | 第13-15页 |
| 1.1.3 微生物比较基因组学的研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2 克罗诺杆菌的研究进展 | 第16-21页 |
| 1.2.1 克罗诺杆菌命名与分类 | 第16-17页 |
| 1.2.2 克罗诺杆菌特性研究进展 | 第17-20页 |
| 1.2.3 克罗诺杆菌基因组学研究进展 | 第20-21页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第21页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第21页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第21页 |
| 1.4 研究内容 | 第21-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-28页 |
| 2.1 试验材料与仪器 | 第23-24页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第23-24页 |
| 2.1.2 仪器与设备 | 第24页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第24页 |
| 2.2 试验方法 | 第24-28页 |
| 2.2.1 基因组提取及鉴定 | 第24-25页 |
| 2.2.2 克罗诺杆菌基因组文库制备及高通量测序 | 第25页 |
| 2.2.3 克罗诺杆菌分类及比较基因组分析 | 第25-26页 |
| 2.2.4 克罗诺杆菌基因组进化分析 | 第26-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-56页 |
| 3.1 克罗诺杆菌DNA提取和质量检测 | 第28-29页 |
| 3.1.1 克罗诺杆菌DNA提取 | 第28页 |
| 3.1.2 克罗诺杆菌DAN鉴定 | 第28-29页 |
| 3.2 克罗诺杆菌基因组测序信息及基本特征 | 第29-30页 |
| 3.3 克罗诺杆菌平均核苷酸一致性分析 | 第30-32页 |
| 3.4 克罗诺杆菌比较基因组分析 | 第32-49页 |
| 3.4.1 克罗诺杆菌基因组共线性分析 | 第32-34页 |
| 3.4.2 克罗诺杆菌泛基因组分析 | 第34-35页 |
| 3.4.3 蛋白质直系同源聚类分析 | 第35-36页 |
| 3.4.4 阪崎克罗诺杆菌种内特有基因的比较 | 第36-42页 |
| 3.4.5 克罗诺杆菌抗生素抗性基因比较 | 第42-49页 |
| 3.5 克罗诺杆菌基因组进化 | 第49-56页 |
| 3.5.1 系统发育树分析 | 第49-51页 |
| 3.5.2 重组与选择压力分析 | 第51-53页 |
| 3.5.3 可移动元件预测 | 第53-56页 |
| 4 讨论 | 第56-64页 |
| 4.1 克罗诺杆菌属基因组特征 | 第56-57页 |
| 4.2 克罗诺杆菌属分类及系统发育分析 | 第57页 |
| 4.3 阪崎克罗诺杆菌特有基因 | 第57-61页 |
| 4.4 克罗诺杆菌属抗生素抗性基因 | 第61-62页 |
| 4.5 克罗诺杆菌进化分析 | 第62-63页 |
| 4.6 研究展望 | 第63-64页 |
| 5 结论 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-76页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第76页 |
