| 摘要 | 第2-3页 |
| abstract | 第3-4页 |
| 1 引言 | 第11-20页 |
| 1.1 自然发酵乳制品 | 第11-13页 |
| 1.1.1 自然发酵乳制品的历史 | 第11页 |
| 1.1.2 自然发酵乳制品的种类和制作工艺 | 第11-12页 |
| 1.1.3 自然发酵乳制品中乳酸菌的多样性 | 第12-13页 |
| 1.2 德氏乳杆菌保加利亚亚种 | 第13-15页 |
| 1.2.1 德氏乳杆菌保加利亚亚种的应用及经济价值 | 第13页 |
| 1.2.2 德氏乳杆菌保加利亚亚种的分类学地位 | 第13-14页 |
| 1.2.3 德氏乳杆菌保加利亚亚种遗传多样性和种群结构的研究现状 | 第14-15页 |
| 1.2.4 德氏乳杆菌保加利亚亚种功能基因的研究现状 | 第15页 |
| 1.3 群体遗传学 | 第15-17页 |
| 1.3.1 群体遗传学及其相关概念 | 第15-16页 |
| 1.3.2 群体遗传学在乳酸菌中的应用 | 第16-17页 |
| 1.4 功能基因组学 | 第17-18页 |
| 1.4.1 功能基因组学的概念 | 第17页 |
| 1.4.2 功能基因组学在细菌中的应用 | 第17-18页 |
| 1.5 DNA甲基化及其研究进展 | 第18页 |
| 1.6 本研究的立题意义和内容 | 第18-20页 |
| 1.6.1 立题意义 | 第18-19页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-25页 |
| 2.1.1 菌株来源 | 第20-24页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第24页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-31页 |
| 2.2.1 菌株集的构建及活化 | 第25页 |
| 2.2.2 菌株DNA提取 | 第25页 |
| 2.2.3 全基因组序列测定及组装 | 第25-26页 |
| 2.2.4 基因预测及功能注释 | 第26页 |
| 2.2.5 群体遗传学分析 | 第26-28页 |
| 2.2.5.1 基因组变异分析 | 第26-27页 |
| 2.2.5.2 核苷酸多样性的计算 | 第27页 |
| 2.2.5.3 ANI值和TNI值的计算 | 第27页 |
| 2.2.5.4 Core-Pan基因集的构建 | 第27页 |
| 2.2.5.5 系统发育树的构建 | 第27页 |
| 2.2.5.6 种群结构的构建 | 第27-28页 |
| 2.2.5.7 种群内重组检测 | 第28页 |
| 2.2.5.8 选择压力分析 | 第28页 |
| 2.2.5.9 突变率的估算 | 第28页 |
| 2.2.6 菌株挑选及发酵指标测定 | 第28-31页 |
| 2.2.6.1 菌种活化计数及脱脂乳发酵流程 | 第29页 |
| 2.2.6.2 凝乳时间、发酵时间及产酸速率的测定 | 第29页 |
| 2.2.6.3 蛋白水解度的测定(邻苯二甲醛法OPA) | 第29-30页 |
| 2.2.6.4 粘度和持水性的测定 | 第30页 |
| 2.2.6.5 糖利用能力的测定 | 第30-31页 |
| 2.2.7 全基因组关联分析 | 第31页 |
| 2.2.8 显著性位点的验证实验 | 第31页 |
| 2.2.9 基于PacBioSMRT技术全基因组和甲基化组的测定 | 第31页 |
| 2.3 统计学检验 | 第31-32页 |
| 3 结果分析与讨论 | 第32-76页 |
| 3.1 群体遗传学分析结果 | 第32-51页 |
| 3.1.1 德氏乳杆菌保加利亚亚种基因组特征 | 第32-37页 |
| 3.1.2 基因组变异分析 | 第37-39页 |
| 3.1.3 种群结构分析 | 第39-41页 |
| 3.1.4 遗传多样性分析 | 第41-46页 |
| 3.1.4.1 ANI值的计算 | 第41-42页 |
| 3.1.4.2 核苷酸多样性的计算 | 第42-43页 |
| 3.1.4.3 泛-核心(pan-core)基因集构建 | 第43-44页 |
| 3.1.4.4 菌株两两间SNP距离的计算 | 第44-46页 |
| 3.1.5 种群进化推动力分析 | 第46-51页 |
| 3.1.5.1 重组分析 | 第46-48页 |
| 3.1.5.2 选择压力分析 | 第48-50页 |
| 3.1.5.3 突变率的计算 | 第50-51页 |
| 3.2 不同谱系代表性菌株发酵特性的差异分析 | 第51-61页 |
| 3.2.1 发酵期间各指标的测定与分析 | 第52-55页 |
| 3.2.1.1 凝乳时间 | 第52-53页 |
| 3.2.1.2 pH值及发酵时间 | 第53-54页 |
| 3.2.1.3 产酸速率 | 第54页 |
| 3.2.1.4 蛋白水解度 | 第54-55页 |
| 3.2.2 后熟期间菌株发酵特性的测定与分析 | 第55-58页 |
| 3.2.2.1 pH值的变化 | 第55-56页 |
| 3.2.2.2 滴定酸度 | 第56页 |
| 3.2.2.3 蛋白水解度 | 第56-57页 |
| 3.2.2.4 粘度的测定 | 第57-58页 |
| 3.2.2.5 持水性的测定 | 第58页 |
| 3.2.3 糖代谢能力的测定 | 第58-60页 |
| 3.2.4 复合发酵与单菌株发酵性能的比较 | 第60-61页 |
| 3.3 功能基因组学分析 | 第61-70页 |
| 3.3.1 产酸相关基因分析 | 第61-62页 |
| 3.3.2 糖代谢相关基因分析 | 第62-65页 |
| 3.3.3 蛋白水解系统相关基因分析 | 第65-66页 |
| 3.3.4 全基因组关联分析 | 第66-70页 |
| 3.3.4.1 SNPs变异与表型的相关性分析 | 第66-69页 |
| 3.3.4.2 InDels与表型的相关性分析 | 第69页 |
| 3.3.4.3 AccessoryGenes与表型的相关性分析 | 第69-70页 |
| 3.4 全基因组甲基化分析 | 第70-76页 |
| 3.4.1 基于SMRT技术的全基因序列组装 | 第70-71页 |
| 3.4.2 甲基化位点的预测及鉴定 | 第71-72页 |
| 3.4.3 motifs的类型统计 | 第72-73页 |
| 3.4.4 甲基化基因的分布及注释 | 第73-76页 |
| 4 结论 | 第76-77页 |
| 5 本论文的主要创新点 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-89页 |
| 作者简介 | 第89-91页 |
