| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-31页 |
| ·FK506 | 第9-14页 |
| ·FK506 的结构特征和理化性质 | 第9-10页 |
| ·FK506 的生物合成及其代谢途径 | 第10-12页 |
| ·FK506 的作用机理和免疫抑制活性 | 第12-13页 |
| ·FK506 的微生物合成 | 第13-14页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型 | 第14-25页 |
| ·系统生物学 | 第14-16页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型 | 第16-18页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型构建 | 第18-19页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型算法 | 第19-21页 |
| ·基因组尺度代谢网络模型指导下菌株改造 | 第21-25页 |
| ·链霉菌代谢途径改造 | 第25-29页 |
| ·链霉菌初级途径改造 | 第26-28页 |
| ·链霉菌次级途径改造 | 第28-29页 |
| ·本文主要研究内容 | 第29-31页 |
| 第二章 FK506 菌株基因组尺度代谢网络模型构建 | 第31-63页 |
| ·FK506 菌株筑波链霉菌模型构建 | 第34-51页 |
| ·提取原始数据 | 第34页 |
| ·精炼代谢网络 | 第34-51页 |
| ·胞外通量的测量和模型的模拟验证 | 第51-53页 |
| ·通量平衡分析（FBA）和最小代谢调节分析（MOMA） | 第53-55页 |
| ·通量平衡分析 | 第53-54页 |
| ·最小代谢调节分析 | 第54-55页 |
| ·FK506 菌株筑波链霉菌敲除基因预测 | 第55-57页 |
| ·FK506 菌株筑波链霉菌扩增基因预测 | 第57-60页 |
| ·FK506 菌株筑波链霉菌初级和次级途径目标基因预测 | 第60-62页 |
| ·小结 | 第62-63页 |
| 第三章 基因组尺度代谢网络模型指导下菌株初级途径改造 | 第63-109页 |
| ·实验材料 | 第65-75页 |
| ·菌种、质粒及引物 | 第65-70页 |
| ·培养基 | 第70-71页 |
| ·主要试剂 | 第71-73页 |
| ·主要溶液 | 第73-74页 |
| ·主要仪器 | 第74-75页 |
| ·实验方法 | 第75-87页 |
| ·筑波链霉菌的培养 | 第75-76页 |
| ·大肠杆菌、玫瑰孢链霉菌和天蓝色链霉菌的培养 | 第76页 |
| ·引物设计及基因测序 | 第76页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备及转化 | 第76-77页 |
| ·大肠杆菌质粒 DNA 的提取 | 第77-78页 |
| ·链霉菌基因组 DNA 的提取 | 第78页 |
| ·DNA 片段的回收和纯化 | 第78-79页 |
| ·重组质粒的构建 | 第79-81页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第81页 |
| ·筑波链霉菌表达载体的构建 | 第81-82页 |
| ·筑波链霉菌敲除载体的构建 | 第82页 |
| ·链霉菌接合转移 | 第82-84页 |
| ·生物量及总糖含量测定 | 第84页 |
| ·FK506 及副产物（FK520、FK506D）含量测定 | 第84页 |
| ·胞内代谢物含量测定 | 第84-86页 |
| ·酶活分析 | 第86-87页 |
| ·结果与讨论 | 第87-107页 |
| ·菌株的基因敲除改造及代谢分析 | 第87-97页 |
| ·菌株的基因扩增改造及代谢分析 | 第97-103页 |
| ·菌株的基因敲除扩增组合改造及代谢分析 | 第103-105页 |
| ·单基因敲除、扩增与组合改造实验与模型一致性分析 | 第105-106页 |
| ·组合改造菌株 HT-ΔGDH-DAZ 的分批补料发酵代谢特征 | 第106-107页 |
| ·小结 | 第107-109页 |
| 第四章 基因组尺度代谢网络模型指导下菌株次级途径改造 | 第109-134页 |
| ·实验材料 | 第111-114页 |
| ·菌种、质粒及引物 | 第111-113页 |
| ·培养基 | 第113页 |
| ·主要试剂 | 第113-114页 |
| ·主要溶液 | 第114页 |
| ·主要仪器 | 第114页 |
| ·实验方法 | 第114-118页 |
| ·筑波链霉菌总 RNA 提取 | 第114-115页 |
| ·RNA 样品处理及纯度、浓度检测 | 第115-116页 |
| ·Real-time PCR（RT-PCR） | 第116-117页 |
| ·筑波链霉菌表达载体的构建 | 第117-118页 |
| ·结果与讨论 | 第118-133页 |
| ·菌株的基因扩增改造及代谢分析 | 第118-126页 |
| ·菌株的途径扩增组合改造及代谢分析 | 第126-128页 |
| ·外源前体添加优化 FK506 的生产 | 第128-130页 |
| ·菌株 HT-FKBOPLMD 的外源前体组合添加发酵代谢特征 | 第130-133页 |
| ·小结 | 第133-134页 |
| 第五章 结论与展望 | 第134-136页 |
| ·主要结论 | 第134-135页 |
| ·创新点 | 第135页 |
| ·展望 | 第135-136页 |
| 参考文献 | 第136-151页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第151-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
