| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-10页 |
| 前言 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-30页 |
| ·维生素 C 工业生产的研究现状和挑战 | 第11-19页 |
| ·维生素 C 发酵中混菌体系的优势及复杂性 | 第11-14页 |
| ·优化混菌共生关系的发酵工艺调控和菌株筛选 | 第14-15页 |
| ·维生素 C 或其前体合成途径的代谢工程改造 | 第15-18页 |
| ·辅因子优化及目前研究存在的局限 | 第18-19页 |
| ·基因组水平研究在解析共生关系中的应用 | 第19-23页 |
| ·高通量测序在研究微生物共生关系中的应用 | 第19-21页 |
| ·基因组尺度代谢网络分析在研究共生关系的应用 | 第21-23页 |
| ·强化生产菌株核心功能的工程化手段 | 第23-26页 |
| ·代谢途径的功能强化及辅因子平衡 | 第23-24页 |
| ·底盘细胞的优化与适应性进化 | 第24-26页 |
| ·合成生物学在构建微生物混菌体系中的应用 | 第26-28页 |
| ·本课题的研究意义和主要内容 | 第28-30页 |
| ·本课题的研究意义 | 第28页 |
| ·本课题的主要内容 | 第28-30页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第30-41页 |
| ·发酵实验材料和分析方法 | 第30-33页 |
| ·主要仪器 | 第30页 |
| ·主要试剂 | 第30-31页 |
| ·发酵所用菌种及来源 | 第31页 |
| ·培养基配方及溶液的配制 | 第31-32页 |
| ·培养条件 | 第32页 |
| ·菌体生长检测 | 第32页 |
| ·发酵液中山梨糖、古龙酸的测定 | 第32页 |
| ·发酵液中 PQQ 的测定 | 第32-33页 |
| ·基因组测序及分析方法 | 第33-36页 |
| ·主要仪器 | 第33-34页 |
| ·主要试剂 | 第34页 |
| ·溶液的配制 | 第34页 |
| ·K. vulgare 基因组的提取 | 第34-35页 |
| ·B. endophyticus 基因组的提取 | 第35页 |
| ·基因组提取的质控 | 第35页 |
| ·生物信息分析软件 | 第35-36页 |
| ·代谢网络构建及代谢物分析方法 | 第36-39页 |
| ·主要仪器 | 第36页 |
| ·主要试剂 | 第36页 |
| ·代谢网络构建主要流程和软件 | 第36-38页 |
| ·代谢物测定 | 第38-39页 |
| ·K. vulgare 菌株改造材料及实验方法 | 第39-41页 |
| ·主要仪器 | 第39页 |
| ·主要试剂 | 第39页 |
| ·菌种、质粒和培养基配制 | 第39页 |
| ·DNA 扩增和回收 | 第39-40页 |
| ·DNA 酶切和连接 | 第40页 |
| ·K. vulgare 感受态细胞的制备和电转化 | 第40-41页 |
| 第三章 实验室产酸菌共生特性及调控机制的基因组研究 | 第41-57页 |
| ·基因组基本特征及基因预测 | 第41-43页 |
| ·COG 功能分类及比较 | 第43-45页 |
| ·与共生相关功能基因注释及分析 | 第45-53页 |
| ·降解能力相关基因 | 第45-48页 |
| ·转运系统相关基因 | 第48-50页 |
| ·转录调控系统相关基因 | 第50-51页 |
| ·趋化性及运动相关基因 | 第51-53页 |
| ·产古龙酸途径及其辅因子合成途径的模块抽提 | 第53-55页 |
| ·密码子使用频率的特点 | 第55-56页 |
| ·小结 | 第56-57页 |
| 第四章 工业伴生菌共生机制的基因组研究和比较分析 | 第57-72页 |
| ·基因组序列的拼接与组装 | 第57-58页 |
| ·基因组基本特征及基因预测 | 第58-59页 |
| ·种属关系的确定 | 第59-60页 |
| ·COG 功能分类及比较 | 第60-62页 |
| ·共生相关基因功能注释及与近缘菌株比较分析 | 第62-71页 |
| ·芽孢产生过程相关基因 | 第62-67页 |
| ·自然感受态相关基因 | 第67-68页 |
| ·转录调控相关基因 | 第68-69页 |
| ·环境耐受相关基因 | 第69-71页 |
| ·小结 | 第71-72页 |
| 第五章 产酸菌与伴生菌代谢互补机制的网络分析和比较 | 第72-86页 |
| ·产酸菌代谢网络的初步构建 | 第72-73页 |
| ·伴生菌代谢网络的初步构建 | 第73-74页 |
| ·两菌代谢途径的差异和互补性 | 第74-78页 |
| ·两菌代谢网络拓扑结构的差异和互补性 | 第78-81页 |
| ·两菌胞内代谢物的差异及共生作用对其影响 | 第81-84页 |
| ·两菌间代谢互作的共生关系推测 | 第84-85页 |
| ·小结 | 第85-86页 |
| 第六章 混菌体系古龙酸生产途径的功能强化 | 第86-108页 |
| ·山梨糖转化关键酶的过表达及影响 | 第86-96页 |
| ·山梨糖脱氢酶与山梨酮脱氢酶的模块化 | 第86-91页 |
| ·产酸模块对单菌生长与产酸的影响 | 第91-92页 |
| ·产酸模块对混菌体系发酵特性的影响 | 第92-94页 |
| ·含产酸模块的混菌体系对辅因子的需要 | 第94-96页 |
| ·辅因子合成途径的不同水平过表达 | 第96-100页 |
| ·辅因子吡咯喹啉醌合成的模块化 | 第96-99页 |
| ·不同辅因子合成模块对辅因子合成量及产酸量的影响 | 第99-100页 |
| ·产酸模块与辅因子合成模块间的组合优化 | 第100-107页 |
| ·模块组合的设计和构建 | 第100-104页 |
| ·不同组合模块对单菌及混菌产酸量的影响 | 第104-107页 |
| ·小结 | 第107-108页 |
| 第七章 工程化混菌体系在不同条件下的适应性进化 | 第108-120页 |
| ·组合模块在实验室混菌系统中的传代研究 | 第108-114页 |
| ·高浓度山梨糖对产古龙酸水平的影响 | 第109-111页 |
| ·逐渐提高山梨糖浓度下的混菌适应性进化 | 第111-113页 |
| ·经高糖条件传代后菌株发酵水平的变化 | 第113-114页 |
| ·组合模块在工业混菌体系中的适应性进化 | 第114-119页 |
| ·含组合模块的工业菌株发酵水平 | 第114-116页 |
| ·营养培养条件下的工业混菌的传代培养 | 第116-117页 |
| ·适应性进化后工业菌株的发酵水平 | 第117-119页 |
| ·小结 | 第119-120页 |
| 第八章 结论与展望 | 第120-123页 |
| ·结论 | 第120-121页 |
| ·创新点 | 第121-122页 |
| ·展望 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-142页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第142-143页 |
| 附录 | 第143-148页 |
| 致谢 | 第148页 |