| 摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 符号说明 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-17页 |
| 1.1 发酵肉制品 | 第11-14页 |
| 1.1.1 发酵肉制品中的微生物 | 第11-13页 |
| 1.1.1.1 发酵肉制品中葡萄球菌和微球菌 | 第11-12页 |
| 1.1.1.2 发酵肉制品中的乳酸菌 | 第12-13页 |
| 1.1.2 肉制品中细菌发酵剂研究 | 第13-14页 |
| 1.1.2.1 微生物对肉制品颜色的影响 | 第13-14页 |
| 1.1.2.2 微生物对肉制品风味的影响 | 第14页 |
| 1.2 高通量测序 | 第14-15页 |
| 1.2.1 高通量测序在食品中的应用 | 第14-15页 |
| 1.3 PCR-DGGE技术在发酵肉制品中的应用 | 第15页 |
| 1.4 立题的目的与意义 | 第15-16页 |
| 1.5 本课题的主要研究内容 | 第16-17页 |
| 第二章 应用高通量测序方法研究不同品种火腿的菌群组成 | 第17-28页 |
| 2.1 前言 | 第17页 |
| 2.2 试验材料 | 第17-18页 |
| 2.2.1 主要仪器与设备 | 第17页 |
| 2.2.2 材料与试剂 | 第17-18页 |
| 2.2.3 常用试剂的配制 | 第18页 |
| 2.3 实验方法 | 第18-20页 |
| 2.3.1 样品的采集 | 第18页 |
| 2.3.2 样品DNA的提取 | 第18-19页 |
| 2.3.3 琼脂糖凝胶电泳 | 第19页 |
| 2.3.4 火腿微生物16S rDNA基因V3区扩增 | 第19页 |
| 2.3.5 PCR产物纯化与定量 | 第19页 |
| 2.3.6 DNA双末端修复与富集 | 第19-20页 |
| 2.3.7 均一化文库、上机测序 | 第20页 |
| 2.3.8 统计学处理 | 第20页 |
| 2.3.8.1 原始数据处理与样本序列数目统计 | 第20页 |
| 2.3.8.2 生物信息学分析 | 第20页 |
| 2.4 结果与分析 | 第20-27页 |
| 2.4.1 不同样品中基因组总DNA的提取 | 第20-21页 |
| 2.4.2 基因组DNA的扩增产物 | 第21页 |
| 2.4.3 不同火腿样品中微生物物种序列数目 | 第21-22页 |
| 2.4.4 火腿微生物物种操作分类单元及序列数目 | 第22页 |
| 2.4.5 不同火腿样品中OTU分类 | 第22-23页 |
| 2.4.6 不同火腿样品中微生物物种稀释曲线 | 第23页 |
| 2.4.7 火腿中微生物物种多样性 | 第23-24页 |
| 2.4.8 火腿微生物物种丰度及其差异性分析 | 第24-27页 |
| 2.4.8.1 菌株在科水平上的相对丰度 | 第24-25页 |
| 2.4.8.2 菌株在属水平上的相对丰度 | 第25-27页 |
| 2.5 本章小结 | 第27-28页 |
| 第三章 火腿优势菌群筛选鉴定及发酵特性研究 | 第28-39页 |
| 3.1 前言 | 第28页 |
| 3.2 材料和方法 | 第28-31页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第28页 |
| 3.2.2 主要试剂与仪器设备 | 第28页 |
| 3.2.3 实验方法 | 第28-31页 |
| 3.2.3.1 主要培养基 | 第29页 |
| 3.2.3.2 火腿中主要微生物分离纯化 | 第29-30页 |
| 3.2.3.2.1 样品预处理 | 第29页 |
| 3.2.3.2.2 稀释涂布、分离纯化 | 第29页 |
| 3.2.3.2.3 初步选择标准 | 第29-30页 |
| 3.2.3.3 分离菌株的环境耐受性实验 | 第30页 |
| 3.2.3.3.1 耐盐实验 | 第30页 |
| 3.2.3.3.2 耐酸实验 | 第30页 |
| 3.2.3.3.3 耐亚硝酸盐实验 | 第30页 |
| 3.2.3.3.4 耐低温实验 | 第30页 |
| 3.2.3.4 分离菌株的发酵性能检测实验 | 第30-31页 |
| 3.2.3.5 样品菌株总DNA的提取 | 第31页 |
| 3.2.3.6 菌株DNA 16S rDNA序列pcr扩增 | 第31页 |
| 3.2.3.7 测序及数据处理 | 第31页 |
| 3.3 结果与分析 | 第31-38页 |
| 3.3.1 初步筛选 | 第31-32页 |
| 3.3.1.1 葡萄球菌初步筛选 | 第31-32页 |
| 3.3.1.2 乳酸菌初步筛选 | 第32页 |
| 3.3.2 菌株的环境耐受性 | 第32-34页 |
| 3.3.2.1 菌株的亚硝酸盐耐受性 | 第33页 |
| 3.3.2.2 菌株的食盐耐受性 | 第33-34页 |
| 3.3.2.3 菌株的低温耐受性 | 第34页 |
| 3.3.2.4 菌株的耐酸能力 | 第34页 |
| 3.3.3 菌株的脂肪酶与蛋白酶活力 | 第34-35页 |
| 3.3.4 8株乳酸菌产酸能力 | 第35-36页 |
| 3.3.5 优良菌株的选择 | 第36页 |
| 3.3.6 优良菌株形态鉴定 | 第36页 |
| 3.3.7 16S rDNA测序鉴定 | 第36-38页 |
| 3.3.7.1 2株菌总DNA的提取 | 第36-37页 |
| 3.3.7.2 2株菌总DNA的16S rDNA扩增 | 第37页 |
| 3.3.7.3 测序结果 | 第37-38页 |
| 3.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 第四章 PCR-DGGE技术研究优良菌株发酵香肠菌群变化及品质研究 | 第39-60页 |
| 4.1 前言 | 第39页 |
| 4.2 实验材料 | 第39-41页 |
| 4.2.1 实验仪器 | 第39页 |
| 4.2.2 主要试剂及其配制方法 | 第39-41页 |
| 4.2.3 引物序列表 | 第41页 |
| 4.3 实验方法 | 第41-48页 |
| 4.3.1 香肠制作工艺 | 第41页 |
| 4.3.2 样品的选取 | 第41页 |
| 4.3.3 样品预处理 | 第41页 |
| 4.3.4 总DNA的提取 | 第41-42页 |
| 4.3.5 细菌16S rDNA V3区段PCR扩增 | 第42-43页 |
| 4.3.5.1 一次扩增 | 第42页 |
| 4.3.5.2 二次扩增 | 第42-43页 |
| 4.3.5.3 PCR产物纯化 | 第43页 |
| 4.3.6 变形梯度凝胶电泳(DGGE) | 第43-44页 |
| 4.3.6.1 DGGE灌胶 | 第43-44页 |
| 4.3.6.2 DGGE电泳 | 第44页 |
| 4.3.6.3 银染回收 | 第44页 |
| 4.3.7 DGGE条带的回收以及克隆测序 | 第44-47页 |
| 4.3.7.1 DGGE胶条带的回收 | 第44页 |
| 4.3.7.2 回收产物PCR扩增 | 第44-45页 |
| 4.3.7.3 PCR产物纯化 | 第45页 |
| 4.3.7.4 感受态细胞的制备 | 第45页 |
| 4.3.7.5 构建克隆质粒 | 第45-46页 |
| 4.3.7.6 重组DNA转化大肠杆菌DH5α | 第46页 |
| 4.3.7.7 重组DNA测序 | 第46-47页 |
| 4.3.7.8 PCR-DGGE条带分析 | 第47页 |
| 4.3.8 感官评价 | 第47-48页 |
| 4.3.9 质构分析 | 第48页 |
| 4.4 结果与分析 | 第48-59页 |
| 4.4.1 样品中总基因组的提取 | 第48-49页 |
| 4.4.2 16S rDNA V3可变区扩增 | 第49-50页 |
| 4.4.3 香肠DGGE结果 | 第50-57页 |
| 4.4.3.1 细菌16S rDNA PCR扩增产物DGGE图谱分析 | 第50-52页 |
| 4.4.3.2 DGGE图谱多样性分析 | 第52-53页 |
| 4.4.3.3 DGGE条带回收再扩增 | 第53页 |
| 4.4.3.4 阳性克隆筛选 | 第53-54页 |
| 4.4.3.5 PCR鉴定 | 第54页 |
| 4.4.3.6 测序结果 | 第54-56页 |
| 4.4.3.7 聚类分析(UPGMA) | 第56-57页 |
| 4.4.3.8 香肠发酵菌群的主成分分析(PCA) | 第57页 |
| 4.4.4 单菌发酵风干肠质构(TPA)分析 | 第57-58页 |
| 4.4.5 香肠感官评价 | 第58-59页 |
| 4.5 本章小结 | 第59-60页 |
| 全文结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 附录1 | 第65-67页 |
| 附录2 | 第67-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
