基于组学的薏苡仁营养差异分析及储藏特性研究
| 摘要 | 第10-12页 |
| ABSTRACT | 第12-14页 |
| 第一章 绪论 | 第15-28页 |
| 1 薏苡仁 | 第15-20页 |
| 1.1 概述 | 第15-16页 |
| 1.2 薏苡仁主要营养成分 | 第16-20页 |
| 1.2.1 薏苡仁淀粉 | 第16-17页 |
| 1.2.2 薏苡仁蛋白 | 第17-18页 |
| 1.2.3 薏苡仁氨基酸 | 第18页 |
| 1.2.4 薏苡仁脂类 | 第18-19页 |
| 1.2.5 薏苡仁多糖 | 第19页 |
| 1.2.6 薏苡仁多酚类物质 | 第19-20页 |
| 1.2.7 薏苡仁矿物质 | 第20页 |
| 1.3 薏苡仁储藏研究现状 | 第20页 |
| 2 薏苡仁主要营养物质合成和代谢相关基因 | 第20-23页 |
| 2.1 黄酮生物合成相关基因 | 第20页 |
| 2.2 淀粉和蔗糖代谢相关基因 | 第20-21页 |
| 2.3 脂肪酸合成和代谢相关基因 | 第21-22页 |
| 2.4 氨基酸合成和代谢相关基因 | 第22-23页 |
| 3 转录组学和蛋白质组学 | 第23-25页 |
| 3.1 转录组学 | 第23-24页 |
| 3.2 蛋白质组学 | 第24-25页 |
| 4 研究意义与内容 | 第25-28页 |
| 4.1 立论依据和研究意义 | 第25页 |
| 4.2 研究内容和技术路线图 | 第25-28页 |
| 4.2.1 转录组和蛋白质组 | 第25-26页 |
| 4.2.2 差异蛋白质组 | 第26-28页 |
| 第二章 野生与栽培薏苡仁转录组分析 | 第28-52页 |
| 1 材料与方法 | 第28-31页 |
| 1.1 样品处理与采集 | 第28页 |
| 1.2 方法与步骤 | 第28-31页 |
| 1.2.1 薏苡仁理化指标测定 | 第28页 |
| 1.2.2 Total RNA的提取 | 第28页 |
| 1.2.3 文库制备 | 第28-29页 |
| 1.2.4 数据分析和de novo组装 | 第29-30页 |
| 1.2.6 差异表达基因分析 | 第30-31页 |
| 1.2.7 qRT-PCR验证 | 第31页 |
| 2 结果与分析 | 第31-50页 |
| 2.1 WC和CC营养品质分析 | 第31-32页 |
| 2.2 RNA提取质量分析 | 第32-33页 |
| 2.3 测序质量评估 | 第33-35页 |
| 2.3.1 测序reads评估 | 第33页 |
| 2.3.2 比对核糖体和参考基因 | 第33-34页 |
| 2.3.3 组装结果统计 | 第34页 |
| 2.3.4 测序饱和度分析 | 第34页 |
| 2.3.5 测序随机性分析 | 第34-35页 |
| 2.4 Unigenes注释 | 第35-37页 |
| 2.5 差异分析 | 第37-47页 |
| 2.5.1 样品间主成分分析 | 第37页 |
| 2.5.2 WC和CC差异表达基因数量分析 | 第37页 |
| 2.5.3 差异表达基因的功能分析 | 第37-47页 |
| 2.6 qRT-PCR验证 | 第47-50页 |
| 3 讨论 | 第50-52页 |
| 第三章 野生与栽培薏苡仁蛋白质组学研究 | 第52-81页 |
| 1 材料与方法 | 第52-55页 |
| 1.1 材料 | 第52页 |
| 1.2 蛋白质提取 | 第52-53页 |
| 1.3 蛋白质定量和SDS电泳分析 | 第53页 |
| 1.4 蛋白质酶解 | 第53页 |
| 1.5 iTRAQ标记 | 第53页 |
| 1.6 SCX分离 | 第53页 |
| 1.7 液相串联质谱分析 | 第53-54页 |
| 1.8 生物信息学分析 | 第54-55页 |
| 1.8.1 原始数据处理 | 第54页 |
| 1.8.2 蛋白质鉴定 | 第54-55页 |
| 1.8.3 GO分析 | 第55页 |
| 1.8.4 Pathway富集分析 | 第55页 |
| 1.8.5 KOG分析 | 第55页 |
| 1.8.6 差异蛋白的功能注释 | 第55页 |
| 2 结果与分析 | 第55-76页 |
| 2.1 蛋白质电泳和定量检测 | 第55-56页 |
| 2.2 蛋白质鉴定 | 第56-59页 |
| 2.2.1 基本信息鉴定 | 第56页 |
| 2.2.2 蛋白相对分子质量分布 | 第56-57页 |
| 2.2.3 肽段序列长度分布 | 第57-58页 |
| 2.2.4 肽段序列覆盖度 | 第58页 |
| 2.2.5 鉴定肽段数量分布 | 第58-59页 |
| 2.3 蛋白质注释 | 第59-62页 |
| 2.3.1 Pathway注释 | 第59-60页 |
| 2.3.2 GO分析 | 第60页 |
| 2.3.3 KOG注释 | 第60-62页 |
| 2.4 差异蛋白分析 | 第62-67页 |
| 2.4.1 差异蛋白统计 | 第62-63页 |
| 2.4.2 差异蛋白质的GO富集分析 | 第63-64页 |
| 2.4.3 差异蛋白Pathway富集分析 | 第64-67页 |
| 2.5 蛋白质组和转录组关联分析 | 第67-76页 |
| 3 讨论 | 第76-81页 |
| 3.1 黄酮生物合成相关蛋白 | 第76-77页 |
| 3.2 淀粉和蔗糖代谢相关蛋白 | 第77-78页 |
| 3.3 脂肪酸代谢相关蛋白 | 第78-79页 |
| 3.4 氨基酸代谢相关蛋白 | 第79-81页 |
| 第四章 储藏过程中薏苡仁差异蛋白质组学分析 | 第81-94页 |
| 1 材料与方法 | 第81-84页 |
| 1.1 样品处理与采集 | 第81页 |
| 1.2 薏苡仁储藏过程中的理化性质 | 第81页 |
| 1.3 差异蛋白质分析 | 第81-84页 |
| 1.3.1 样品制备 | 第82-83页 |
| 1.3.2 一向等电聚焦 | 第83页 |
| 1.3.3 二向垂直电泳分析 | 第83页 |
| 1.3.4 染色 | 第83-84页 |
| 1.3.5 图像分析 | 第84页 |
| 1.3.6 质谱鉴定 | 第84页 |
| 1.4 统计分析 | 第84页 |
| 2 结果与分析 | 第84-91页 |
| 2.1 薏苡仁储藏过程中理化性质变化 | 第84-85页 |
| 2.2 薏苡仁蛋白质2-DE分析、鉴定和功能分类 | 第85-91页 |
| 2.2.1 代谢相关蛋白 | 第86页 |
| 2.2.2 遗传信息处理相关蛋白 | 第86页 |
| 2.2.3 其他蛋白 | 第86-91页 |
| 3 讨论 | 第91-94页 |
| 3.1 淀粉和蔗糖代谢相关蛋白 | 第91-92页 |
| 3.2 碳代谢相关蛋白 | 第92页 |
| 3.3 蛋白质和氨基酸 | 第92-93页 |
| 3.4 抗氧化和防御相关蛋白 | 第93-94页 |
| 第五章 结论与创新点 | 第94-97页 |
| 1 结论 | 第94-95页 |
| 1.1 转录组学结论 | 第94-95页 |
| 1.2 蛋白质组学结论 | 第95页 |
| 1.3 差异蛋白质组学结论 | 第95页 |
| 2 主要创新点 | 第95-96页 |
| 3 展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-108页 |
| 攻读学位期间的学术论文与研究成果 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109页 |
