| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语表 | 第15-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-37页 |
| 1.1 PIF中的微生物污染 | 第18-20页 |
| 1.1.1 PIF生产与消费过程中的卫生安全现状 | 第18页 |
| 1.1.2 PIF中克罗诺杆菌的污染 | 第18-19页 |
| 1.1.3 PIF中沙门氏菌的污染 | 第19-20页 |
| 1.1.4 PIF中EHEC O157:H7的污染 | 第20页 |
| 1.2 克罗诺杆菌的快速检测与分型手段 | 第20-26页 |
| 1.2.1 基于核酸扩增的分子生物学快速检测方法 | 第20-21页 |
| 1.2.2 基于免疫特性的快速检测方法 | 第21-22页 |
| 1.2.3 基于物理特性的无损快速检测方法 | 第22-25页 |
| 1.2.4 克罗诺杆菌的快速检测方法面临的挑战 | 第25-26页 |
| 1.3 阪崎克罗诺杆菌的抗干燥机制 | 第26-28页 |
| 1.3.1 生物膜的形成 | 第26-27页 |
| 1.3.2 RpoS的调控作用 | 第27页 |
| 1.3.3 胞内相容性溶质的积累 | 第27页 |
| 1.3.4 致病性或毒力相关基因 | 第27-28页 |
| 1.4 沙门氏菌的ATR的应答机制 | 第28-30页 |
| 1.4.1 通过质子泵调控细胞内外pH值 | 第28-29页 |
| 1.4.2 酸激蛋白(Acid shock proteins,ASPs)的调控 | 第29页 |
| 1.4.3 NAD(+)/NADH比例 | 第29-30页 |
| 1.4.4 毒力相关基因 | 第30页 |
| 1.4.5 膜成分及膜流动性 | 第30页 |
| 1.5 EHEC O157:H7的ATR的应答机制 | 第30-32页 |
| 1.5.1 通过质子泵调控细胞内外pH值 | 第30-31页 |
| 1.5.2 酸激蛋白的调控 | 第31页 |
| 1.5.3 低聚肽及相关功能蛋白质合成 | 第31页 |
| 1.5.4 膜蛋白与膜成分变化 | 第31-32页 |
| 1.6 铁硫簇在逆境应答中的作用 | 第32-33页 |
| 1.7 蛋白质组学与转录组学在细菌的逆境应答方面的应用 | 第33-34页 |
| 1.8 研究目的、研究内容及技术路线 | 第34-37页 |
| 1.8.1 研究目的 | 第34页 |
| 1.8.2 研究内容 | 第34-35页 |
| 1.8.3 研究思路与技术路线 | 第35-37页 |
| 第二章 致病性克罗诺杆菌的快速分型的研究 | 第37-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第37-40页 |
| 2.1.1 菌株 | 第37-39页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第39页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第39-40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-42页 |
| 2.2.1 引物设计 | 第40页 |
| 2.2.2 DNA模板的提取 | 第40页 |
| 2.2.3 HRM-real time PCR程序 | 第40-41页 |
| 2.2.4 HRM-real time PCR反应特异性 | 第41页 |
| 2.2.5 HRM-real time PCR反应灵敏度 | 第41页 |
| 2.2.6 HRM-real time PCR检测PIF中的克罗诺杆菌 | 第41-42页 |
| 2.2.7 HRM-real time PCR检测PIF中经长期干燥处理的克罗诺杆菌 | 第42页 |
| 2.3 实验结果 | 第42-47页 |
| 2.3.1 HRM-real time PCR的特异性 | 第42页 |
| 2.3.2 HRM-real time PCR熔解曲线 | 第42-43页 |
| 2.3.3 HRM-real time PCR的灵敏度 | 第43-45页 |
| 2.3.4 HRM-real time PCR在PIF中检测的检出限 | 第45页 |
| 2.3.5 HRM-real time PCR对干燥处理的PIF的检测结果 | 第45-47页 |
| 2.4 讨论 | 第47-49页 |
| 2.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 第三章 阪崎克罗诺杆菌的快速检测方法的建立 | 第50-64页 |
| 3.1 实验材料 | 第50-53页 |
| 3.1.1 菌株与样品 | 第50-52页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第52页 |
| 3.1.3 主要仪器 | 第52-53页 |
| 3.2 实验方法 | 第53-56页 |
| 3.2.1 引物与探针设计 | 第53-54页 |
| 3.2.2 DNA模板的提取 | 第54页 |
| 3.2.3 Real-time PCR条件参数 | 第54页 |
| 3.2.4 Real-time PCR的特异性 | 第54-55页 |
| 3.2.5 Real-time PCR的灵敏度 | 第55页 |
| 3.2.6 Real-time PCR检测PIF中的阪崎克罗诺杆菌污染 | 第55页 |
| 3.2.7 Real-time PCR检测PIF中的阪崎克罗诺杆菌污染 | 第55页 |
| 3.2.8 B.cereus或者Lactobacillus的存在对阪崎克罗诺杆菌检测的影响 | 第55-56页 |
| 3.2.9 Real-time PCR检测PIF中经长期干燥处理的克罗诺杆菌 | 第56页 |
| 3.3 实验结果 | 第56-61页 |
| 3.3.1 Real-time PCR的特异性 | 第56页 |
| 3.3.2 Real-time PCR的灵敏度 | 第56-58页 |
| 3.3.3 Real-time PCR检测PIF中的阪崎克罗诺杆菌污染 | 第58-59页 |
| 3.3.4 B.cereus的存在对阪崎克罗诺杆菌检测的影响 | 第59-60页 |
| 3.3.5 Lactobacillus的存在对阪崎克罗诺杆菌检测的影响 | 第60-61页 |
| 3.3.6 Real-time PCR检测PIF中经长期干燥处理的克罗诺杆菌 | 第61页 |
| 3.4 讨论 | 第61-63页 |
| 3.5 本章小结 | 第63-64页 |
| 第四章 阪崎克罗诺杆菌对干燥环境的应答机制的研究 | 第64-80页 |
| 4.1 实验材料 | 第64-65页 |
| 4.1.1 菌株 | 第64页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第64-65页 |
| 4.1.3 主要仪器 | 第65页 |
| 4.2 实验方法 | 第65-67页 |
| 4.2.1 菌株及培养条件 | 第65-66页 |
| 4.2.2 蛋白质的提取 | 第66页 |
| 4.2.3 蛋白质的消化与肽段标记 | 第66页 |
| 4.2.4 强离子交换色谱分离肽段 | 第66-67页 |
| 4.2.5 LC-MS/MS分析 | 第67页 |
| 4.2.6 数据分析 | 第67页 |
| 4.3 实验结果 | 第67-74页 |
| 4.3.1 蛋白质定量结果 | 第67-68页 |
| 4.3.2 DAPs的KEGG聚类分析 | 第68页 |
| 4.3.3 DAPs的功能分类 | 第68-74页 |
| 4.3.4 DAPs的STRING分析 | 第74页 |
| 4.4 讨论 | 第74-79页 |
| 4.4.1 与核糖体代谢相关的DAPs | 第75页 |
| 4.4.2 与海藻糖和甜菜碱代谢相关的DAPs | 第75-76页 |
| 4.4.3 与基因表达调控相关的DAPs | 第76-77页 |
| 4.4.4 与ABC转运和分泌相关的DAPs | 第77-78页 |
| 4.4.5 与鞭毛合成相关的DAPs | 第78页 |
| 4.4.6 与氨基酸代谢相关的DAPs | 第78-79页 |
| 4.4.7 与细胞对逆境应答相关的DAPs | 第79页 |
| 4.5 本章小结 | 第79-80页 |
| 第五章 肠出血性大肠杆菌O157:H7耐酸应答机制 | 第80-99页 |
| 5.1 实验材料 | 第80-81页 |
| 5.1.1 菌株 | 第80页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第80-81页 |
| 5.1.3 主要仪器 | 第81页 |
| 5.2 实验方法 | 第81-86页 |
| 5.2.1 菌株的培养与胃液消化的模拟 | 第81-82页 |
| 5.2.2 细胞活性测定 | 第82页 |
| 5.2.3 总RNA的提取与cDNA文库的建立 | 第82-83页 |
| 5.2.4 基于Illumina HiSeq 2000的转录组测序 | 第83页 |
| 5.2.5 差异表达基因的鉴定与功能聚类分析 | 第83页 |
| 5.2.6 实时荧光定量PCR验证 | 第83-86页 |
| 5.3 实验结果 | 第86-94页 |
| 5.3.1 酸处理状态下细菌活性的变化 | 第86-87页 |
| 5.3.2 总RNA质量检测结果 | 第87-88页 |
| 5.3.3 测序文库构建和上机测序 | 第88-89页 |
| 5.3.4 测序reads评估、测序饱和度分析和测序随机性评价 | 第89-90页 |
| 5.3.5 基因比对与差异基因分析 | 第90-91页 |
| 5.3.6 DEGs的KEGG通路注释 | 第91-92页 |
| 5.3.7 DEGs的GO功能注释 | 第92-93页 |
| 5.3.8 qPCR验证 | 第93-94页 |
| 5.4 讨论 | 第94-98页 |
| 5.4.1 大肠杆菌中的酸应答 | 第95-96页 |
| 5.4.2 质子转运 | 第96-97页 |
| 5.4.3 调控因子 | 第97-98页 |
| 5.4.4 自由基清除 | 第98页 |
| 5.5 本章小结 | 第98-99页 |
| 第六章 肠炎沙门氏菌耐酸应答机制 | 第99-115页 |
| 6.1 实验材料 | 第99-100页 |
| 6.1.1 菌株 | 第99页 |
| 6.1.2 主要试剂 | 第99-100页 |
| 6.1.3 主要仪器 | 第100页 |
| 6.2 实验方法 | 第100-102页 |
| 6.2.1 菌株的培养与胃液消化的模拟 | 第100-101页 |
| 6.2.2 细胞活性测定 | 第101页 |
| 6.2.3 总RNA的提取与cDNA文库的建立 | 第101页 |
| 6.2.4 基于Illumina HiSeq 2000的转录组测序 | 第101页 |
| 6.2.5 差异表达基因的鉴定与功能聚类分析 | 第101页 |
| 6.2.6 实时荧光定量PCR验证 | 第101-102页 |
| 6.3 实验结果 | 第102-108页 |
| 6.3.1 酸处理状态下细菌活性的变化 | 第102-103页 |
| 6.3.2 总RNA质量检测结果 | 第103-104页 |
| 6.3.3 测序文库构建和上机测序 | 第104页 |
| 6.3.4 测序reads评估、测序饱和度分析和测序随机性评价 | 第104-106页 |
| 6.3.5 基因比对与差异基因分析 | 第106页 |
| 6.3.6 DEGs的GO功能注释 | 第106-107页 |
| 6.3.7 DEGs的KEGG通路注释 | 第107-108页 |
| 6.3.8 qPCR验证 | 第108页 |
| 6.4 讨论 | 第108-114页 |
| 6.4.1 降低能量消耗以维持必要的生物过程 | 第110页 |
| 6.4.2 与分泌和毒力相关基因的调节 | 第110-111页 |
| 6.4.3 双组分体系限制质子的转运 | 第111页 |
| 6.4.4 在酸性环境中稳定游离铁 | 第111-113页 |
| 6.4.5 通过TCA循环调节细胞内质子水平 | 第113页 |
| 6.4.6 其他应激反应蛋白相关基因的调节 | 第113-114页 |
| 6.5 本章小结 | 第114-115页 |
| 第七章 NfuA蛋白在沙门氏菌铁硫簇蛋白组装中的作用 | 第115-130页 |
| 7.1 实验材料 | 第115-119页 |
| 7.1.1 菌株及质粒 | 第115-117页 |
| 7.1.2 主要试剂 | 第117-118页 |
| 7.1.3 主要仪器 | 第118-119页 |
| 7.2 实验方法 | 第119-120页 |
| 7.2.1 菌株培养条件 | 第119页 |
| 7.2.2 基因技术 | 第119页 |
| 7.2.3 生物学特性分析 | 第119-120页 |
| 7.3 结果与讨论 | 第120-129页 |
| 7.3.1 NfuA参与丙三羧酸代谢与维生素B1 | 第120-121页 |
| 7.3.2 基因nfuA与Isc和Suf系统均具有遗传相互作用 | 第121-122页 |
| 7.3.3 基因sdh、cysQ或pykF的突变抑制△nfuA基因缺陷株的维生素B1营养缺陷 | 第122-124页 |
| 7.3.4 Sdh、CysQ或PykF的功能缺失能降低细胞对维生素B1的需求 | 第124-125页 |
| 7.3.5 TcuC功能损伤能帮助AnfuA突变株在NCE-丙三羧酸培养基上生长 | 第125-127页 |
| 7.3.6 在维生素B1合成中apbC能弥补nfuA的功能 | 第127-128页 |
| 7.3.7 抑制isc操纵子无法重建nfuA基因缺陷株的生长缺陷 | 第128-129页 |
| 7.4 本章小结 | 第129-130页 |
| 结论与展望 | 第130-135页 |
| 8.1 全文总结 | 第130-133页 |
| 8.2 创新点 | 第133-134页 |
| 8.3 展望 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-151页 |
| 附录 | 第151-175页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第175-179页 |
| 致谢 | 第179-180页 |
| 附件 | 第180页 |
