| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-17页 |
| ·巨大芽孢杆菌概述 | 第9-12页 |
| ·巨大芽孢杆菌概述 | 第9-10页 |
| ·巨大芽孢杆菌的研究进展 | 第10-12页 |
| ·全基因组规模代谢网络模型的构建与应用 | 第12-15页 |
| ·全基因组规模代谢网络模型的研究现状 | 第12页 |
| ·代谢网络模型的构建 | 第12-13页 |
| ·代谢网络模型的应用 | 第13-15页 |
| ·本论文的主要研究内容 | 第15-17页 |
| 第二章 材料与方法 | 第17-23页 |
| ·数据库与数据挖掘工具 | 第17-18页 |
| ·模拟工具 | 第18页 |
| ·基因组序列与氨基酸序列的获取 | 第18-19页 |
| ·代谢网络粗模型的构建 | 第19-20页 |
| ·SEED 法 | 第19页 |
| ·KAAS 法 | 第19页 |
| ·氨基酸序列同源比对法 | 第19页 |
| ·文献挖掘法 | 第19-20页 |
| ·生化反应转换为数学模型 | 第20-21页 |
| ·代谢网络模型的检测 | 第21页 |
| ·生化反应质量电荷平衡的检测 | 第21页 |
| ·代谢漏洞的检测与填补 | 第21页 |
| ·代谢网络模型的模拟 | 第21-23页 |
| ·细胞生长模拟 | 第21-22页 |
| ·目标产物的合成模拟 | 第22页 |
| ·模拟代谢流的检测 | 第22页 |
| ·必需基因的鉴定 | 第22页 |
| ·必需反应的鉴定 | 第22-23页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第23-51页 |
| ·基于比较基因组学的全基因组规模代谢网络粗模型的构建 | 第23-28页 |
| ·基于 SEED 注释的代谢网络粗模型构建 | 第23-25页 |
| ·基于 KAAS 注释的代谢网络粗模型构建 | 第25页 |
| ·基于本地蛋白质序列同源比对的代谢网络粗模型构建 | 第25-27页 |
| ·三种粗模型的整合 | 第27-28页 |
| ·基于文献挖掘的代谢网络模型构建 | 第28-35页 |
| ·构建流程 | 第28-29页 |
| ·本地数据库的构建和信息挖掘 | 第29-30页 |
| ·巨大芽孢杆菌生物量组分信息的挖掘 | 第30-32页 |
| ·代谢网络粗模型的构建 | 第32页 |
| ·精细代谢网络模型的构建 | 第32-33页 |
| ·基于文献挖掘的代谢网络模型的可视化与应用 | 第33-35页 |
| ·全基因组规模代谢网络模型的精细化 | 第35-41页 |
| ·基于比较基因组学与文献挖掘的代谢网络模型的整合 | 第35-37页 |
| ·蛋白质序列的亚细胞定位 | 第37-38页 |
| ·反应的添加 | 第38-39页 |
| ·数学模型的转化 | 第39页 |
| ·质量电荷的平衡与代谢漏洞的填补 | 第39-40页 |
| ·全基因组规模代谢网络模型的基本特征 | 第40-41页 |
| ·模型的验证与应用 | 第41-51页 |
| ·底物的利用 | 第41-43页 |
| ·中心代谢途径流量分布的解析 | 第43-45页 |
| ·鉴定生长必需基因和必需反应 | 第45-47页 |
| ·两菌关系的解析 | 第47-51页 |
| 第四章 结论与展望 | 第51-53页 |
| ·论文主要结论 | 第51-52页 |
| ·展望 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录A：生长必需基因 | 第60-63页 |
| 附录B：生长必需反应 | 第63-67页 |
| 附录C：作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第67页 |