| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 1 引言 | 第11-34页 |
| 1.1 酸马奶概述 | 第11-17页 |
| 1.1.1 酸马奶概念及分类 | 第11页 |
| 1.1.2 酸马奶历史 | 第11-12页 |
| 1.1.3 酸马奶营养保健功效 | 第12-14页 |
| 1.1.4 酸马奶传统制作工艺 | 第14-15页 |
| 1.1.5 酸马奶产业化发展现状 | 第15-17页 |
| 1.2 酸马奶细菌多样性研究 | 第17-23页 |
| 1.2.1 基于纯培养技术的酸马奶细菌多样性研究进展 | 第18-22页 |
| 1.2.2 基于非培养技术的酸马奶细菌多样性研究进展 | 第22-23页 |
| 1.3 单细胞扩增技术概述 | 第23-31页 |
| 1.3.1 单细胞扩增技术发展趋势 | 第24-30页 |
| 1.3.2 单细胞扩增技术在微生物多样性研究中的应用 | 第30-31页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| 1.5 试验主要内容及流程 | 第32-34页 |
| 2 基于Illumina测序技术的酸马奶中细菌多样性及功能基因研究 | 第34-67页 |
| 2.1 材料与方法 | 第34-39页 |
| 2.1.1 主要试剂与仪器 | 第34页 |
| 2.1.2 样品采集及保存 | 第34-35页 |
| 2.1.3 单细胞全基因组扩增 | 第35-37页 |
| 2.1.4 DNA质量检测 | 第37页 |
| 2.1.5 文库制备 | 第37页 |
| 2.1.6 文库质检 | 第37页 |
| 2.1.7 上机测序 | 第37-38页 |
| 2.1.8 下机数据分析处理 | 第38-39页 |
| 2.2 结果与分析 | 第39-61页 |
| 2.2.1 数据过滤与比对 | 第39页 |
| 2.2.2 基因组装及预测 | 第39-43页 |
| 2.2.3 物种及多样性分析 | 第43-52页 |
| 2.2.4 功能基因注释分析 | 第52-61页 |
| 2.3 小结 | 第61-62页 |
| 2.4 讨论 | 第62-67页 |
| 3 基于单分子实时测序技术的酸马奶中细菌多样性研究 | 第67-92页 |
| 3.1 材料与方法 | 第67-70页 |
| 3.1.1 主要试剂与仪器 | 第67页 |
| 3.1.2 细菌16S rRNA基因序列全长扩增及纯化 | 第67-68页 |
| 3.1.3 PacBio SMRT文库制备及上机测序 | 第68-69页 |
| 3.1.4 高质量序列提取 | 第69页 |
| 3.1.5 生物信息学处理和统计分析 | 第69-70页 |
| 3.1.6 核酸序列登录号 | 第70页 |
| 3.2 结果与分析 | 第70-85页 |
| 3.2.1 测序质量分析及样品测序量说明 | 第70-73页 |
| 3.2.2 酸马奶中细菌在门、属水平上构成分析 | 第73-77页 |
| 3.2.3 酸马奶中细菌种水平上的构成分析 | 第77-81页 |
| 3.2.4 不同地域酸马奶中细菌相对含量差异性分析 | 第81-83页 |
| 3.2.5 基于UniFrac的菌群结构分析 | 第83-85页 |
| 3.3 不同测序技术的酸马奶细菌多样性比较分析 | 第85-88页 |
| 3.4 小结 | 第88-89页 |
| 3.5 讨论 | 第89-92页 |
| 4 结论 | 第92-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-112页 |
| 附录 | 第112-130页 |
| 作者简介 | 第130-132页 |
