| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 1 引言 | 第11-24页 |
| 1.1 嗜热链球菌概述 | 第11页 |
| 1.2 嗜热链球菌在发酵乳中的作用 | 第11-17页 |
| 1.2.1 嗜热链球菌的发酵特性 | 第11-17页 |
| 1.2.2 嗜热链球菌的益生功能 | 第17页 |
| 1.3 群体基因组学及其应用 | 第17-19页 |
| 1.4 全基因组关联分析在乳酸菌中的应用 | 第19-21页 |
| 1.5 嗜热链球菌遗传进化的研究现状 | 第21-22页 |
| 1.6 立题意义与研究内容 | 第22-24页 |
| 1.6.1 立题意义 | 第22-23页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-33页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-29页 |
| 2.1.1 菌株来源 | 第24-29页 |
| 2.1.2 材料与试剂 | 第29页 |
| 2.1.3 仪器设备 | 第29页 |
| 2.2 试验方法 | 第29-33页 |
| 2.2.1 菌种活化及基因组DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.2 DNA质控及基因组重测序 | 第30页 |
| 2.2.3 基因组拼接组装 | 第30页 |
| 2.2.4 功能基因的预测与注释 | 第30页 |
| 2.2.5 构建核心基因集及泛基因集 | 第30页 |
| 2.2.6 变异分析 | 第30-31页 |
| 2.2.7 多样性分析 | 第31页 |
| 2.2.8 系统发育树的构建 | 第31页 |
| 2.2.9 多元线性回归方程的构建 | 第31页 |
| 2.2.10 全基因组关联分析 | 第31-32页 |
| 2.2.11 风味物质与基因型的相关性分析 | 第32页 |
| 2.2.12 碳水化合物活性酶分析 | 第32页 |
| 2.2.13 CRISPR-Cas系统分析 | 第32页 |
| 2.2.14 抗性基因分析 | 第32页 |
| 2.2.15 其他功能基因分析 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-90页 |
| 3.1 嗜热链球菌基因组特点 | 第33-42页 |
| 3.1.1 基因组测序及拼接组装 | 第33-40页 |
| 3.1.2 基因组的预测与注释 | 第40-42页 |
| 3.2 嗜热链球菌核心基因集和泛基因集的构建 | 第42-45页 |
| 3.3 嗜热链球菌的遗传进化 | 第45-49页 |
| 3.3.1 变异分析 | 第45-47页 |
| 3.3.2 构建系统发育关系 | 第47-49页 |
| 3.4 环境因素对嗜热链球菌遗传变异的影响 | 第49-50页 |
| 3.5 嗜热链球菌基因型与表型的全基因组关联分析 | 第50-74页 |
| 3.5.1 发酵特性与基因组的关联分析 | 第50-62页 |
| 3.5.2 海拔高度与基因组的关联分析 | 第62-73页 |
| 3.5.3 风味物质与基因组的相关性分析 | 第73-74页 |
| 3.6 基于GWAS原理构建模型预测嗜热链球菌的产酸能力 | 第74-75页 |
| 3.7 嗜热链球菌基因组中的重要功能基因分析 | 第75-90页 |
| 3.7.1 与发酵特性相关的重要功能基因分析 | 第75-82页 |
| 3.7.2 与环境防御有关的重要功能基因分析 | 第82-90页 |
| 4 讨论 | 第90-95页 |
| 4.1 嗜热链球菌的遗传进化 | 第90-92页 |
| 4.2 通过GWAS方法获得与嗜热链球菌表型相关的基因 | 第92页 |
| 4.3 嗜热链球菌的功能基因 | 第92-95页 |
| 5 结论 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-105页 |
| 作者简介 | 第105页 |