| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 英文缩写词表 | 第11-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-23页 |
| 1. 研究背景 | 第16-17页 |
| 2. PMA/EMA应用于食品相关细菌的检测 | 第17-19页 |
| 2.1 食源性致病菌 | 第17-18页 |
| 2.2 腐败菌 | 第18页 |
| 2.3 益生菌 | 第18-19页 |
| 2.4 微生物菌群 | 第19页 |
| 3. PMA/EMA应用于酵母和霉菌的检测 | 第19-20页 |
| 4. PMA/EMA在食品加工过程中的应用 | 第20页 |
| 5. PMA/EMA应用的局限性和解决方案 | 第20-22页 |
| 6. 总结和展望 | 第22-23页 |
| 第二章 PMA结合PCR-DGGE和高通量测序技术检测南美白对虾中活菌方法的构建 | 第23-38页 |
| 1. 前言 | 第23-24页 |
| 2. 材料与方法 | 第24-29页 |
| 2.1 样品采集和前处理 | 第24页 |
| 2.2 PMA母液的制备及处理 | 第24-25页 |
| 2.3 细菌总DNA的提取 | 第25页 |
| 2.4 PCR扩增反应 | 第25页 |
| 2.5 DGGE实验 | 第25-26页 |
| 2.6 DGGE胶条带的回收及克隆测序 | 第26页 |
| 2.7 克隆子的建立 | 第26-27页 |
| 2.7.1 在质粒载体中进行定向克隆 | 第26-27页 |
| 2.7.2 转化至大肠杆菌DH5α 感受态细胞 | 第27页 |
| 2.7.3 重组DNA检测及测序 | 第27页 |
| 2.8 DGGE条带的统计分析 | 第27-28页 |
| 2.9 高通量测序 | 第28页 |
| 2.10 高通量测序统计学处理 | 第28-29页 |
| 2.10.1 原始数据处理与样本序列数目统计 | 第28页 |
| 2.10.2 生物信息学分析 | 第28-29页 |
| 3. 结果 | 第29-36页 |
| 3.1 PMA结合PCR-DGGE探究PMA对微生物群落多样性的影响 | 第29-34页 |
| 3.1.1 基于DGGE图谱的微生物多样性分析 | 第29-32页 |
| 3.1.2 PMA处理对微生物群落组成的影响 | 第32-34页 |
| 3.2 PMA结合高通量测序探究PMA对微生物群落多样性的影响 | 第34-36页 |
| 4. 讨论 | 第36-37页 |
| 5. 本章小结 | 第37-38页 |
| 第三章 活菌多样性分析技术应用于评价不同浓度AEW对南美白对虾中微生物的杀菌效果 | 第38-48页 |
| 1. 前言 | 第38-39页 |
| 2. 材料与方法 | 第39-41页 |
| 2.1 酸性电解水的制备 | 第39页 |
| 2.2 南美白对虾的采集及处理 | 第39-40页 |
| 2.3 PMA母液的制备及处理 | 第40页 |
| 2.4 细菌总DNA的提取 | 第40页 |
| 2.5 PCR扩增反应 | 第40页 |
| 2.6 DGGE实验 | 第40页 |
| 2.7 DGGE条带的统计分析 | 第40页 |
| 2.8 高通量测序 | 第40页 |
| 2.9 高通量测序统计学处理 | 第40-41页 |
| 3. 结果与分析 | 第41-46页 |
| 3.1 DGGE图谱分析 | 第41页 |
| 3.2 DGGE图谱输出多样性分析和聚类分析 | 第41-43页 |
| 3.3 高通量测序分析 | 第43-46页 |
| 4. 讨论 | 第46-47页 |
| 5. 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 利用活菌多样性分析技术解析AEW处理后南美白对虾在贮藏过程中微生物多样性变化 | 第48-64页 |
| 1. 前言 | 第48-49页 |
| 2. 材料与方法 | 第49-50页 |
| 2.1 酸性电解水的制备 | 第49页 |
| 2.2 南美白对虾的采集及处理 | 第49-50页 |
| 2.3 PMA母液的制备及处理 | 第50页 |
| 2.4 细菌总DNA的提取 | 第50页 |
| 2.5 PCR扩增反应 | 第50页 |
| 2.6 DGGE实验 | 第50页 |
| 2.7 DGGE条带的统计分析 | 第50页 |
| 2.8 高通量测序 | 第50页 |
| 2.9 高通量测序统计学处理 | 第50页 |
| 3. 结果与分析 | 第50-62页 |
| 3.1 PMA对AEW杀菌后的南美白对虾在贮藏过程中微生物多样性的影响 | 第50-56页 |
| 3.1.1 DGGE图谱分析 | 第50-51页 |
| 3.1.2 DGGE输出多样性分析和聚类分析 | 第51-53页 |
| 3.1.3 高通量测序各样本中微生物群落的香浓指数 | 第53-54页 |
| 3.1.4 高通量测序各样本中微生物物种PCoA分析 | 第54-55页 |
| 3.1.5 高通量测序各样本中微生物物种丰度热点图（Heatmap） | 第55-56页 |
| 3.2 利用活菌多样性分析技术对比分析TW和AEW处理后南美白对虾在贮藏过程中活的微生物多样性变化 | 第56-59页 |
| 3.2.1DGGE图谱分析 | 第56-58页 |
| 3.2.2 高通量测序各样本中微生物群落的香浓指数 | 第58页 |
| 3.2.3 样本PCoA分析 | 第58-59页 |
| 3.3 高通量测序各样本中微生物物种丰度 | 第59-62页 |
| 3.3.1 门水平相对丰度变化 | 第59-60页 |
| 3.3.2 属水平相对丰度变化 | 第60-62页 |
| 4. 讨论 | 第62-63页 |
| 5. 本章小结 | 第63-64页 |
| 全文总结 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-77页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78页 |
