| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-23页 |
| ·前言 | 第7-9页 |
| ·系统生物学简介 | 第9-10页 |
| ·代谢工程简介 | 第10-11页 |
| ·基因组尺度代谢网络简介 | 第11-12页 |
| ·常用数据库 | 第12-16页 |
| ·基因组尺度代谢网络的发展现状 | 第16-17页 |
| ·基因组尺度代谢网络的模拟步骤 | 第17-22页 |
| ·模型构建 | 第17-19页 |
| ·模型计算 | 第19-22页 |
| ·本文研究内容及意义 | 第22-23页 |
| 第二章 氧化葡萄糖酸杆菌代谢网络的构建 | 第23-38页 |
| ·构建反应列表草图 | 第23-24页 |
| ·反应列表的精制 | 第24-31页 |
| ·统一列表中的 ID 号 | 第25页 |
| ·大分子合成和修饰反应的处理 | 第25页 |
| ·多步反应的处理 | 第25页 |
| ·一般反应的处理 | 第25-26页 |
| ·确定辅因子和底物 | 第26页 |
| ·确定反应方向 | 第26页 |
| ·添加自发反应 | 第26-27页 |
| ·加入生物量合成反应和维持反应 | 第27-29页 |
| ·反应发生区间的分隔 | 第29页 |
| ·添加运输反应 | 第29-30页 |
| ·添加交换反应 | 第30页 |
| ·分析并填补 Gap | 第30页 |
| ·确定 GPR 关系 | 第30-31页 |
| ·模型转换为 SBML 格式 | 第31页 |
| ·代谢网络模型的调试和确认 | 第31-33页 |
| ·所构建网络的基本特征 | 第33-34页 |
| ·所构建代谢网络可信度分析 | 第34-37页 |
| ·对 Claret 实验的模拟 | 第34-35页 |
| ·G.oxydans 利用甘油生产 DHA 的发酵实验 | 第35-37页 |
| ·本章小结 | 第37-38页 |
| 第三章 代谢网络的模拟与分析 | 第38-60页 |
| ·代谢网络的结构分析 | 第38-41页 |
| ·绘制代谢网络图 | 第38-40页 |
| ·连接度分析 | 第40-41页 |
| ·Robustness 分析 | 第41-50页 |
| ·甘油吸收速率对生物量合成的影响 | 第42-43页 |
| ·氮源的吸收速率对生物量合成的影响 | 第43-44页 |
| ·甘油吸收速率对 ATP 合成的影响 | 第44-45页 |
| ·甘油吸收速率对 DHA 合成的影响 | 第45-46页 |
| ·生物量下限对 DHA 合成的影响 | 第46-47页 |
| ·双鲁棒性分析 | 第47-50页 |
| ·通量可变性分析（Flux Variability Analysis） | 第50-52页 |
| ·基因和反应必要性分析 | 第52-59页 |
| ·单基因敲除 | 第52-55页 |
| ·双基因敲除 | 第55-57页 |
| ·反应必要性 | 第57-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第四章 结论与展望 | 第60-61页 |
| ·结论 | 第60页 |
| ·展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 附录 | 第67-68页 |
| 研究生期间科研成果 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |