| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 第一章 高通量测序与传统纯培养方法在牡蛎微生物群落分析中的应用对比 | 第10-17页 |
| 1.1 材料与方法 | 第10-11页 |
| 1.1.1 材料 | 第10页 |
| 1.1.2 平板培养与菌株鉴定方法 | 第10页 |
| 1.1.2.1 平板培养 | 第10页 |
| 1.1.2.2 菌株种类鉴定 | 第10页 |
| 1.1.3 高通量测序分析方法 | 第10-11页 |
| 1.1.3.1 DNA提取和PCR扩增 | 第10页 |
| 1.1.3.2 PCR产物的混样和纯化 | 第10-11页 |
| 1.1.3.3 文库构建 | 第11页 |
| 1.1.3.4 测序数据分析 | 第11页 |
| 1.1.3.5 OUT聚类和物种注释 | 第11页 |
| 1.2 结果与分析 | 第11-15页 |
| 1.2.1 传统培养分析结果 | 第11-12页 |
| 1.2.2 高通量测序分析结果 | 第12-15页 |
| 1.2.2.1 DNA提取与PCR扩增结果 | 第12页 |
| 1.2.2.2 OUT物种注释与系统进化关系 | 第12-14页 |
| 1.2.2.3 样品复杂度分析 | 第14-15页 |
| 1.3 讨论 | 第15-16页 |
| 1.4 小结 | 第16-17页 |
| 第二章 超高压处理对牡蛎冷藏过程中微生物群落结构的影响 | 第17-30页 |
| 2.1 牡蛎冷藏过程中细菌菌群结构的动态变化 | 第17-24页 |
| 2.1.1 材料 | 第17页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第17-18页 |
| 2.1.2.1 DNA提取和PCR扩增 | 第17页 |
| 2.1.2.2 PCR产物的混样和纯化 | 第17页 |
| 2.1.2.3 文库构建与测序 | 第17页 |
| 2.1.2.4 测序数据处理 | 第17页 |
| 2.1.2.5 OUT聚类和物种注释 | 第17-18页 |
| 2.1.3 结果与分析 | 第18-23页 |
| 2.1.3.1 DNA提取与PCR扩增结果 | 第18-19页 |
| 2.1.3.2 OUT聚类 | 第19页 |
| 2.1.3.3 不同分类水平上的物种注释 | 第19-22页 |
| 2.1.3.4 OUT聚类热图 | 第22-23页 |
| 2.1.4 讨论 | 第23-24页 |
| 2.2 超高压处理对牡蛎冷藏过程中细菌菌群结构的影响 | 第24-28页 |
| 2.2.1 材料 | 第24页 |
| 2.2.2 方法 | 第24页 |
| 2.2.3 结果与分析 | 第24-28页 |
| 2.2.3.1 DNA提取与PCR扩增结果 | 第24-25页 |
| 2.2.3.2 OUT聚类 | 第25页 |
| 2.2.3.3 不同分类水平上的物种注释 | 第25-28页 |
| 2.2.3.4 OUT聚类热图 | 第28页 |
| 2.3 小结 | 第28-30页 |
| 第三章 超高压处理对牡蛎中特定菌株作用机制研究 | 第30-44页 |
| 3.1 材料与方法 | 第30页 |
| 3.1.1 试剂 | 第30页 |
| 3.1.2 供试菌种 | 第30页 |
| 3.2 仪器设备 | 第30页 |
| 3.3 方法 | 第30-32页 |
| 3.3.1 菌悬液制备及超高压处理 | 第30-31页 |
| 3.3.2 核酸和蛋白含量分析 | 第31页 |
| 3.3.3 微生物存活率测定 | 第31页 |
| 3.3.4 细胞通透性检测 | 第31-32页 |
| 3.3.5 透射电镜观察超高压对细胞造成的损伤 | 第32页 |
| 3.3.6 扫描电镜观察超高压对细胞造成的损伤 | 第32页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第32-42页 |
| 3.4.1 高压处理后上清液中核酸蛋白含量分析 | 第32-34页 |
| 3.4.2 超高压处理对细菌存活率的影响 | 第34页 |
| 3.4.3 超高压处理对菌体细胞通透性的影响 | 第34-37页 |
| 3.4.3.1 碱性磷酸酶及β半乳糖苷酶含量的测定 | 第34-35页 |
| 3.4.3.2 还原糖含量的测定 | 第35-37页 |
| 3.4.4 高压处理前后菌体超微结构的改变 | 第37-42页 |
| 3.4.4.1 扫描电镜观察菌体表面结构的变化 | 第37-39页 |
| 3.4.4.2 透射电镜观察具体内部结构的变化 | 第39-42页 |
| 3.5 小结 | 第42-44页 |
| 结论 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-50页 |
| 综述 | 第50-66页 |
| 1 牡蛎概述 | 第50-51页 |
| 2 超高压的应用及影响因素 | 第51-57页 |
| 2.1 超高压对微生物的影响 | 第53-55页 |
| 2.1.1 细胞形态的变化 | 第53页 |
| 2.1.2 生理机能的变化 | 第53-54页 |
| 2.1.3 遗传物质的影响 | 第54-55页 |
| 2.2 影响高压杀菌的因素 | 第55-57页 |
| 2.2.1 内在因素 | 第55-56页 |
| 2.2.1.1 微生物的种类 | 第55页 |
| 2.2.1.2 生长阶段 | 第55-56页 |
| 2.2.2 外在因素 | 第56-57页 |
| 2.2.2.1 压力水平 | 第56页 |
| 2.2.2.2 加压次数及保压时间 | 第56页 |
| 2.2.2.3 温度 | 第56-57页 |
| 2.3 超高压的应用的优缺点 | 第57页 |
| 2.4 总结 | 第57页 |
| 3 高通量测序技术的发展及应用 | 第57-60页 |
| 3.1 高通量测序技术的发展历程 | 第57-58页 |
| 3.2 高通量测序技术的应用 | 第58-60页 |
| 3.2.1 基因组测序与变异 | 第58页 |
| 3.2.2 微生物组测序 | 第58页 |
| 3.2.3 癌症基因组测序 | 第58-59页 |
| 3.2.4 HST存在的挑战 | 第59-60页 |
| 综述参考文献 | 第60-66页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
