| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-28页 |
| 1.1 豆豉简介 | 第14-16页 |
| 1.2 发酵食品微生物群落结构的研究方法 | 第16-19页 |
| 1.2.1 微生物培养法 | 第16-17页 |
| 1.2.2 不依赖培养的分子生物学方法 | 第17-19页 |
| 1.2.2.1 基于PCR的克隆文库方法 | 第17页 |
| 1.2.2.2 变性梯度凝胶电泳 | 第17-18页 |
| 1.2.2.3 末端限制性长度多态性 | 第18页 |
| 1.2.2.4 实时荧光定量PCR | 第18-19页 |
| 1.3 测序技术 | 第19-21页 |
| 1.3.1 测序技术的发展 | 第19-20页 |
| 1.3.2 添加序列标签的高通量测序技术在微生物群落结构上的应用 | 第20-21页 |
| 1.4 豆豉中微生物及其代谢产物研究现状 | 第21-24页 |
| 1.4.1 豆豉中的微生物群落结构 | 第21-22页 |
| 1.4.2 豆豉中微生物的代谢产物 | 第22-24页 |
| 1.5 元基因组学 | 第24-25页 |
| 1.6 实验背景和意义 | 第25-26页 |
| 1.7 研究内容 | 第26-27页 |
| 1.7.1 云南省不同地区传统发酵豆豉的微生物群落结构研究 | 第26页 |
| 1.7.2 对豆豉中参与发酵微生物的元基因组进行研究 | 第26-27页 |
| 1.8 技术路线 | 第27-28页 |
| 第二章 云南传统发酵豆豉微生物群落多样性研究 | 第28-54页 |
| 2.1 前言 | 第28-29页 |
| 2.2 实验材料 | 第29-31页 |
| 2.2.1 采样 | 第29页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第29-30页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第30页 |
| 2.2.4 实验用试剂的配制 | 第30-31页 |
| 2.3 实验方法 | 第31-32页 |
| 2.3.1 DNA提取 | 第31页 |
| 2.3.2 细菌16S rDNA和真菌ITS区域扩增及焦磷酸测序 | 第31-32页 |
| 2.3.3 测序结果分类鉴定 | 第32页 |
| 2.3.4 多样性指数和系统发育分析 | 第32页 |
| 2.4 结果 | 第32-47页 |
| 2.4.1 样品、序列信息和多样性指数分析 | 第32-40页 |
| 2.4.2 细菌群落多样性分析 | 第40-41页 |
| 2.4.3 细菌系统发育分析 | 第41-44页 |
| 2.4.4 真菌群落结构多样性分析 | 第44-45页 |
| 2.4.5 不同地区豆豉微生物群落的相似性分析 | 第45-47页 |
| 2.5 讨论 | 第47-54页 |
| 第三章 云南传统发酵豆豉的元基因组学分析 | 第54-72页 |
| 3.1 前言 | 第54-55页 |
| 3.2 实验材料 | 第55-56页 |
| 3.2.1 采样 | 第55页 |
| 3.2.2 实验仪器 | 第55页 |
| 3.2.3 实验试剂 | 第55-56页 |
| 3.3 实验方法 | 第56-58页 |
| 3.3.1 基因组DNA的提取 | 第56-57页 |
| 3.3.2 Illumina测序 | 第57页 |
| 3.3.3 Illumina Hiseq 2500短序列的从头组装 | 第57页 |
| 3.3.4 基因预测及功能注释统计 | 第57页 |
| 3.3.5 COG、KEGG分析以及代谢通路注释 | 第57-58页 |
| 3.4 结果 | 第58-68页 |
| 3.4.1 两个德宏豆豉元基因组序列信息及测序质量 | 第58-60页 |
| 3.4.2 两个德宏豆豉元基因组序列的拼接和基因预测 | 第60页 |
| 3.4.3 两个德宏豆豉中的微生物群落多样性 | 第60-63页 |
| 3.4.4 元基因组的基因功能注释以及代谢通路注释 | 第63-68页 |
| 3.5 讨论 | 第68-72页 |
| 致谢 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-82页 |
| 附录 攻读硕士期间发表论文 | 第82页 |
