| 摘要 | 第8-10页 |
| 英文摘要 | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第13-24页 |
| 1.1 立题依据 | 第13页 |
| 1.2 文献综述 | 第13-22页 |
| 1.2.1 克罗诺杆菌简介 | 第13-17页 |
| 1.2.2 克罗诺杆菌遗传多样性的研究现状 | 第17-19页 |
| 1.2.3 分子分型技术在克罗诺杆菌遗传多样性研究中的应用 | 第19-22页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第22页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第22页 |
| 1.3.2 研究意义 | 第22页 |
| 1.4 研究内容 | 第22-23页 |
| 1.5 课题来源 | 第23页 |
| 1.6 技术路线图 | 第23-24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-36页 |
| 2.1 试验材料 | 第24-29页 |
| 2.1.1 供试菌株 | 第24-26页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第26-27页 |
| 2.1.3 仪器与设备 | 第27页 |
| 2.1.4 引物序列 | 第27-29页 |
| 2.2 试验方法 | 第29-36页 |
| 2.2.1 克罗诺杆菌的活化、纯化及鉴定 | 第29-30页 |
| 2.2.2 克罗诺杆菌的多位点序列分型 | 第30-31页 |
| 2.2.3 克罗诺杆菌的血清型分型 | 第31-32页 |
| 2.2.4 克罗诺杆菌的ompA基因分析 | 第32-33页 |
| 2.2.5 克罗诺杆菌的rpoB基因分析 | 第33-34页 |
| 2.2.6 克罗诺杆菌全基因组测序 | 第34-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-79页 |
| 3.1 克罗诺杆菌的分子鉴定 | 第36-37页 |
| 3.2 克罗诺杆菌的多位点序列分析(MLST) | 第37-48页 |
| 3.2.1 看家基因的PCR扩增 | 第37-38页 |
| 3.2.2 克罗诺杆菌的MLSA分析 | 第38-39页 |
| 3.2.3 克罗诺杆菌的MLST分析 | 第39-47页 |
| 3.2.4 克罗诺杆菌的溯源分析 | 第47-48页 |
| 3.3 克罗诺杆菌基于O-抗原基因的血清型分型 | 第48-51页 |
| 3.3.1 克罗诺杆菌血清型的确定 | 第48-50页 |
| 3.3.2 克罗诺杆菌的优势血清型 | 第50页 |
| 3.3.3 克罗诺杆菌不同序列型O-抗原基因的系统发育分析 | 第50-51页 |
| 3.4 克罗诺杆菌ompA基因分析 | 第51-53页 |
| 3.4.1 克罗诺杆菌ompA基因的种群特征 | 第51-53页 |
| 3.4.2 克罗诺杆菌ompA基因系统发育分析 | 第53页 |
| 3.5 克罗诺杆菌rpoB基因分析 | 第53-56页 |
| 3.6 克罗诺杆菌全基因组分析 | 第56-79页 |
| 3.6.1 克罗诺杆菌全基因的提取及质量检测 | 第56-57页 |
| 3.6.2 测序序列质控分析 | 第57-58页 |
| 3.6.3 序列拼接和组装 | 第58-59页 |
| 3.6.4 基因预测和注释 | 第59-60页 |
| 3.6.5 基因组ANI值 | 第60-62页 |
| 3.6.6 核心基因组和泛基因组分析 | 第62-65页 |
| 3.6.7 蛋白质直系同源簇分析 | 第65-67页 |
| 3.6.8 KEGG分析 | 第67-79页 |
| 4 讨论 | 第79-86页 |
| 4.1 我国PIF中克罗诺杆菌的种群特征 | 第79-80页 |
| 4.2 克罗诺杆菌重要的ST | 第80页 |
| 4.3 分子特征与克罗诺杆菌致病性之间的关系 | 第80-81页 |
| 4.4 克罗诺杆菌的全基因组分析 | 第81-82页 |
| 4.5 几种分型方法的比较 | 第82-83页 |
| 4.6 克罗诺杆菌的溯源及防控 | 第83-85页 |
| 4.6.1 克罗诺杆菌的溯源 | 第83-84页 |
| 4.6.2 克罗诺杆菌的防控 | 第84-85页 |
| 4.7 后续工作 | 第85-86页 |
| 5 结论 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-98页 |
| 附录 | 第98-110页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第110页 |