| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第8-12页 |
| 第一章 综述 | 第12-30页 |
| 1. 普洱茶及其渥堆过程中微生物研究进展 | 第12-18页 |
| 1.1 普洱茶简介 | 第12-13页 |
| 1.2 普洱茶渥堆过程中微生物研究进展 | 第13-18页 |
| 1.3 普洱茶微生物与其品质形成关系研究 | 第18页 |
| 2. 微生物蛋白质基因组学研究进展 | 第18-25页 |
| 2.1 基因组学与蛋白质组学 | 第18-21页 |
| 2.2 蛋白质基因组学 | 第21-24页 |
| 2.3 新基因概念 | 第24-25页 |
| 3. 食腺嘌呤节孢酵母 | 第25-27页 |
| 3.1 食腺嘌呤节孢酵母研究进展 | 第25-27页 |
| 4. 研究意义和研究方案 | 第27-30页 |
| 4.1 研究意义 | 第27页 |
| 4.2 研究方案 | 第27-30页 |
| 第二章 全基因组测序及基因组初步注释 | 第30-46页 |
| 1. 全基因组测序 | 第30-32页 |
| 1.1 菌株信息 | 第30-31页 |
| 1.2 基因组测序菌株菌体培养及收集 | 第31页 |
| 1.3 基因组DNA提取及送样 | 第31-32页 |
| 1.4 华大基因对真菌基因组DNA样品检测结果 | 第32页 |
| 1.5 基因组信息采集 | 第32页 |
| 2. 基因组组装 | 第32-33页 |
| 3. 基因组预测 | 第33-34页 |
| 4. 基因功能注释 | 第34-35页 |
| 5. TMCC 70007菌株分子鉴定 | 第35-45页 |
| 5.1 基于ITS序列和18S rRNA序列的系统发育树分析 | 第35-36页 |
| 5.2 TMCC 70007系统发育树 | 第36-45页 |
| 5.2.1 ITS序列系统发育树构建 | 第36-39页 |
| 5.2.2 18S rRNA序列系统发育树 | 第39-42页 |
| 5.2.3 基于多基因序列系统发育分析 | 第42-45页 |
| 6. 小结 | 第45-46页 |
| 第三章 食腺嘌呤节孢酵母YPD与TAE培养条件下比较蛋白质组学研究 | 第46-73页 |
| 1. 实验材料与仪器设备 | 第46-48页 |
| 1.1 菌株来源 | 第46页 |
| 1.2 仪器设备 | 第46-47页 |
| 1.3 溶液配制 | 第47-48页 |
| 2. 实验方法 | 第48-56页 |
| 2.1 生长曲线绘制 | 第48-49页 |
| 2.1.1 光密度法绘制TMCC 70007生长曲线绘制 | 第48-49页 |
| 2.2 肽段样品制备 | 第49-54页 |
| 2.2.1 总蛋白提取 | 第50-51页 |
| 2.2.2 SDS-PAGE电泳分离蛋白 | 第51-52页 |
| 2.2.3 胶消化 | 第52-54页 |
| 2.3 高效液相结合质谱分析 | 第54-55页 |
| 2.4 蛋白质鉴定 | 第55-56页 |
| 3. 结果与分析 | 第56-71页 |
| 3.1 生长曲线及菌体收获时间 | 第56-57页 |
| 3.2 蛋白质提取及肽段样品制备情况 | 第57-61页 |
| 3.2.1 YPD培养条件蛋白质样品制备 | 第57-59页 |
| 3.2.2 TAE培养条件蛋白质样品制备 | 第59-61页 |
| 3.3 蛋白质鉴定 | 第61-66页 |
| 3.4 鉴定蛋白KEGG代谢通路分类 | 第66-69页 |
| 3.5 YPD与TAE培养条件下蛋白质鉴定对比 | 第69-71页 |
| 4. 小结 | 第71-73页 |
| 第四章 应用蛋白质基因组学技术系统揭示食腺嘌呤节孢酵母新基因 | 第73-93页 |
| 1. 材料与方法 | 第73-77页 |
| 1.1 原始数据 | 第73页 |
| 1.2 分析软件 | 第73-74页 |
| 1.3 分析方法和流程 | 第74-77页 |
| 1.3.1 三种FDR共同过滤新肽段 | 第74-76页 |
| 1.3.2 分析流程 | 第76-77页 |
| 2. 结果分析 | 第77-91页 |
| 2.1 pFind鉴定结果 | 第77-80页 |
| 2.2 基因组重注释 | 第80页 |
| 2.3 GSSP肽段查找及过滤 | 第80-83页 |
| 2.4 新基因 | 第83-87页 |
| 2.5 蛋白N端延伸 | 第87-89页 |
| 2.6 外显子延伸 | 第89-90页 |
| 2.7 移框读码 | 第90-91页 |
| 3. 小结 | 第91-93页 |
| 结论与展望 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-102页 |
| 硕士期间成果及参与科研情况 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103-104页 |
