| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 引言 | 第12-26页 |
| 1.1 酸马奶 | 第12-16页 |
| 1.1.1 酸马奶的起源 | 第12-14页 |
| 1.1.2 酸马奶的酿制 | 第14-15页 |
| 1.1.3 酸马奶的营养及医疗价值 | 第15-16页 |
| 1.2 酸马奶微生物多样性研究进展 | 第16-21页 |
| 1.2.1 纯培养技术在酸马奶多样性研究中的应用 | 第16-18页 |
| 1.2.2 指纹图谱技术在酸马奶多样性研究中的应用 | 第18-19页 |
| 1.2.3 二代测序技术在酸马奶多样性研究中的应用 | 第19-21页 |
| 1.3 三代测序和宏基因组测序技术在酸马奶细菌多样性研究中应用 | 第21-24页 |
| 1.3.1 PacBio SMRT测序技术 | 第21-22页 |
| 1.3.2 宏基因组学技术 | 第22-24页 |
| 1.4 研究意义及主要内容 | 第24-26页 |
| 1.4.1 研究意义 | 第24-25页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第25页 |
| 1.4.3 论文创新点 | 第25-26页 |
| 2 材料和方法 | 第26-32页 |
| 2.1 材料 | 第26页 |
| 2.1.1 主要试剂 | 第26页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第26页 |
| 2.2 酸马奶核心细菌类群的甄别 | 第26-29页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第26页 |
| 2.2.2 微生物宏基因组DNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.3 细菌16s rRNA基因序列全长扩增 | 第27页 |
| 2.2.4 PacBio SMRT测序 | 第27-28页 |
| 2.2.5 生物信息学分析 | 第28页 |
| 2.2.6 数据分析 | 第28-29页 |
| 2.2.7 核酸序列登录号 | 第29页 |
| 2.3 酸马奶理化指标和细菌多样性动态变化规律研究 | 第29-30页 |
| 2.3.1 酸马奶样品的动态采集 | 第29页 |
| 2.3.2 酸马奶理化指标的动态测定 | 第29页 |
| 2.3.3 酸马奶细菌微生物多样性的动态研究 | 第29-30页 |
| 2.3.4 数据分析 | 第30页 |
| 2.3.5 核酸序列登录号 | 第30页 |
| 2.4 酸马奶中细菌微生物功能基因动态变化研究 | 第30-32页 |
| 2.4.1 微生物宏基因组DNA的选取 | 第30页 |
| 2.4.2 全基因组鸟枪法(WGS)测序和质量控制 | 第30页 |
| 2.4.3 序列组装、基因预测和宏基因组基因集的制作 | 第30页 |
| 2.4.4 功能注释 | 第30-31页 |
| 2.4.5 基因相对含量的计算 | 第31-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-68页 |
| 3.1 酸马奶样品核心菌属的分析 | 第32-39页 |
| 3.1.1 测序量及丰度分析 | 第32-34页 |
| 3.1.2 基于不同分类地位酸马奶样品中细菌核心菌群的研究 | 第34-39页 |
| 3.2 酸马奶理化指标和细菌多样性动态变化规律研究 | 第39-51页 |
| 3.2.1 酸马奶理化指标动态变化规律研究 | 第39-41页 |
| 3.2.2 酸马奶细菌多样性动态变化规律研究 | 第41-51页 |
| 3.3 酸马奶中细菌微生物功能基因动态变化研究 | 第51-68页 |
| 3.3.1 测序质量评估 | 第51-52页 |
| 3.3.2 基于COG数据库的蛋白比对结果 | 第52-57页 |
| 3.3.3 基于KEGG数据库不同发酵时间点主成分分析和聚类分析 | 第57-58页 |
| 3.3.4 基于KEGG数据库不同发酵时间点代谢通路的变化 | 第58-68页 |
| 4 讨论 | 第68-73页 |
| 5 结论 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-84页 |
| 作者简介 | 第84页 |
