| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-25页 |
| ·克雷伯杆菌概述 | 第9页 |
| ·兼性厌氧菌 | 第9-10页 |
| ·FNR 调控蛋白 | 第10-14页 |
| ·分子模拟技术 | 第14-22页 |
| ·分子模拟涉及的理论和计算方法 | 第14-20页 |
| ·同源模建 | 第14-16页 |
| ·分子力场 | 第16-17页 |
| ·分子力学 | 第17-18页 |
| ·分子动力学 | 第18-19页 |
| ·蛋白质-蛋白质分子对接 | 第19-20页 |
| ·蛋白质-蛋白质相互作用 | 第20-22页 |
| ·静电相互作用 | 第20-21页 |
| ·疏水相互作用 | 第21页 |
| ·氢键作用 | 第21-22页 |
| ·丙氨酸突变扫描 | 第22页 |
| ·本课题研究的意义、目的和内容 | 第22-25页 |
| ·本课题研究的意义和目的 | 第22页 |
| ·本课题的研究内容 | 第22-25页 |
| 2 FNR 蛋白三级结构模建及动力学模拟 | 第25-39页 |
| ·计算方法 | 第25页 |
| ·FNR 蛋白三级结构模型的建立 | 第25-31页 |
| ·FNR 蛋白氨基酸序列的获取 | 第25-26页 |
| ·FNR 蛋白与 CRP 蛋白以及与核酸内切酶结构的序列比对 | 第26-27页 |
| ·FNR 蛋白二级结构预测 | 第27-28页 |
| ·FNR 蛋白分子力学和分子动力学模拟 | 第28-29页 |
| ·FNR 蛋白三级结构模型质量评价 | 第29-31页 |
| ·结果与讨论 | 第31-38页 |
| ·FNR 蛋白的三级结构模建结果分析 | 第31-32页 |
| ·FNR 蛋白动力学模拟结果分析 | 第32-33页 |
| ·模型评价结果讨论 | 第33-36页 |
| ·FNR 蛋白结构与功能域搜索 | 第36页 |
| ·FNR 蛋白的无序区域确定 | 第36-38页 |
| ·本章小结 | 第38-39页 |
| 3 FNR 蛋白界面分析及分子对接研究 | 第39-55页 |
| ·引言 | 第39页 |
| ·FNR 蛋白作用界面预测 | 第39-44页 |
| ·残基保守性 | 第40-42页 |
| ·静电势和疏水界面分析 | 第42-44页 |
| ·分子对接 | 第44-46页 |
| ·ZDOCK | 第44-45页 |
| ·RDOCK | 第45-46页 |
| ·FNR 二聚体分子力学和分子动力学模拟 | 第46-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-53页 |
| ·FNR 蛋白对接结果分析 | 第47-50页 |
| ·对接结果优化分析 | 第50-51页 |
| ·FNR 二聚体蛋白模型质量评价 | 第51-53页 |
| ·本章小结 | 第53-55页 |
| 4 FNR 二聚体蛋白相互作用研究 | 第55-65页 |
| ·引言 | 第55页 |
| ·FNR 二聚体相互作用分析 | 第55-60页 |
| ·静电相互作用分析 | 第55-56页 |
| ·疏水相互作用分析 | 第56-59页 |
| ·氢键作用分析 | 第59-60页 |
| ·FNR 二聚体相互作用能分析 | 第60-62页 |
| ·丙氨酸突变扫描分析 | 第62-63页 |
| ·本章小结 | 第63-65页 |
| 结论与展望 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-73页 |
| 致谢 | 第73-75页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第75-76页 |