| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-31页 |
| 1.1 食源性微生物的危害 | 第14-15页 |
| 1.2 三种重要食源性致病菌及腐败菌简介 | 第15-18页 |
| 1.2.1 阪崎肠杆菌 | 第15-16页 |
| 1.2.2 金黄色葡萄球菌 | 第16-17页 |
| 1.2.3 耐酸乳杆菌 | 第17-18页 |
| 1.2.4 微生物特殊增殖状态 | 第18页 |
| 1.3 组学分析 | 第18-23页 |
| 1.3.1 基因组学 | 第19-21页 |
| 1.3.2 转录组学 | 第21-22页 |
| 1.3.3 组学分析应用优势 | 第22-23页 |
| 1.4 食源性微生物检测技术的研究进展 | 第23-27页 |
| 1.4.1 传统检测方法 | 第23-24页 |
| 1.4.2 基于核酸的检测方法 | 第24-27页 |
| 1.5 传感器技术研究进展及应用 | 第27-29页 |
| 1.6 本课题的研究背景、意义及内容 | 第29-31页 |
| 1.6.1 研究背景及意义 | 第29-30页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第30-31页 |
| 第二章 食源性微生物全基因组研究 | 第31-50页 |
| 2.1 前言 | 第31-32页 |
| 2.2 材料与设备 | 第32-33页 |
| 2.2.1 实验菌株 | 第32页 |
| 2.2.2 实验试剂及材料 | 第32-33页 |
| 2.2.3 实验仪器与设备 | 第33页 |
| 2.3 实验方法 | 第33-42页 |
| 2.3.1 全基因组DNA提取及质检 | 第33-34页 |
| 2.3.2 全基因组高通量测序 | 第34-35页 |
| 2.3.3 食源性微生物基因组拼接 | 第35-37页 |
| 2.3.4 食源性微生物基因组注释 | 第37-42页 |
| 2.3.5 耐酸乳杆菌基因组学数据分析 | 第42页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第42-49页 |
| 2.4.1 食源性微生物全基因组基本特征 | 第42-44页 |
| 2.4.2 COG基因功能注释 | 第44-46页 |
| 2.4.3 KEGG生物通路注释 | 第46-47页 |
| 2.4.4 基因组信息圈图 | 第47-48页 |
| 2.4.5 耐酸乳杆菌基因组 | 第48-49页 |
| 2.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 第三章 食源性微生物转录组学研究 | 第50-70页 |
| 3.1 前言 | 第50页 |
| 3.2 实验材料与设备 | 第50-51页 |
| 3.2.1 实验菌株 | 第50页 |
| 3.2.2 实验试剂及材料 | 第50-51页 |
| 3.2.3 实验仪器与设备 | 第51页 |
| 3.3 实验方法 | 第51-54页 |
| 3.3.1 阪崎肠杆菌的培养及被膜形成特性 | 第52页 |
| 3.3.2 CV法测定生物被膜总量 | 第52页 |
| 3.3.3 XTT法测定生物被膜活性 | 第52页 |
| 3.3.4 SEM测定生物被膜形貌 | 第52-53页 |
| 3.3.5 阪崎肠杆菌RNA提取及质量控制 | 第53页 |
| 3.3.6 阪崎肠杆菌文库制备及测序 | 第53页 |
| 3.3.7 阪崎肠杆菌转录组数据分析 | 第53页 |
| 3.3.8 金黄色葡萄球菌及耐酸乳杆菌转录组学数据分析 | 第53-54页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第54-69页 |
| 3.4.1 阪崎肠杆菌被膜形成特性及转录组样本选择 | 第54-55页 |
| 3.4.2 阪崎肠杆菌RNA质量分析 | 第55-56页 |
| 3.4.3 食源性微生物转录组测序结果 | 第56-68页 |
| 3.4.4 金葡菌及耐酸乳杆菌转录组序列 | 第68-69页 |
| 3.5 本章小结 | 第69-70页 |
| 第四章 基于比较基因组学及转录组学的特异性靶点筛选 | 第70-84页 |
| 4.1 前言 | 第70-71页 |
| 4.2 实验方法 | 第71-73页 |
| 4.2.1 基因组基本特征比较 | 第71页 |
| 4.2.2 基因组序列比较 | 第71-72页 |
| 4.2.3 同源基因功能分析 | 第72-73页 |
| 4.2.4 转录组学比较 | 第73页 |
| 4.2.5 特异性靶点筛选 | 第73页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第73-83页 |
| 4.3.1 基因组序列基本特征比较 | 第73-74页 |
| 4.3.2 阪崎肠杆菌BAA894和s-3比较基因组及转录组学分析 | 第74-77页 |
| 4.3.3 金黄色葡萄球菌10071及12513比较基因组及转录组学分析 | 第77-80页 |
| 4.3.4 耐酸乳杆菌比较基因组及转录组学分析 | 第80-81页 |
| 4.3.5 特异性靶点簇筛选 | 第81-83页 |
| 4.4 本章小结 | 第83-84页 |
| 第五章 食源性微生物RCA-SPR检测体系建立 | 第84-94页 |
| 5.1 前言 | 第84-85页 |
| 5.2 实验材料与设备 | 第85-86页 |
| 5.2.1 实验菌株 | 第85页 |
| 5.2.2 实验试剂及材料 | 第85-86页 |
| 5.2.3 实验仪器与设备 | 第86页 |
| 5.3 实验方法 | 第86-88页 |
| 5.3.1 RCA引物的设计与合成 | 第86-87页 |
| 5.3.2 DNA提取 | 第87页 |
| 5.3.3 RCA反应体系建立 | 第87页 |
| 5.3.4 RCA反应体系特异性检测 | 第87页 |
| 5.3.5 RCA-SPR传感器检测体系建立 | 第87-88页 |
| 5.3.6 RCA-SPR反应体系特异性检测及应用 | 第88页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第88-93页 |
| 5.4.1 锁式探针及引物设计 | 第88-89页 |
| 5.4.2 RCA检测体系建立及其特异性特检测 | 第89-91页 |
| 5.4.3 RCA-SPR检测体系建立 | 第91-92页 |
| 5.4.4 RCA-SPR反应体系特异性检测 | 第92-93页 |
| 5.5 本章小结 | 第93-94页 |
| 结论与展望 | 第94-98页 |
| 一、结论 | 第94-97页 |
| 二、主要创新点 | 第97页 |
| 三、展望 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-109页 |
| 攻读硕士期间学术成果 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 附件 | 第111页 |
