| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 验证方法与验证过程 | 第14-21页 |
| 1.2.1 验证方法及国内外研究动态 | 第14-18页 |
| 1.2.2 验证过程 | 第18-20页 |
| 1.2.3 本领域国内外动态的分析和评价 | 第20-21页 |
| 1.3 验证方法在基因调控网络中的应用 | 第21-22页 |
| 1.4 论文的研究重点、创新点以及章节安排 | 第22-25页 |
| 第二章 GSTE中基于断言图的抽象算法及其应用 | 第25-61页 |
| 2.1 STE/GSTE、断言图、二叉判定图 | 第25-29页 |
| 2.1.1 STE/GSTE | 第25-27页 |
| 2.1.2 断言图 | 第27-28页 |
| 2.1.3 二叉判定图 | 第28-29页 |
| 2.2 模型、断言图、满足性和抽象的定义 | 第29-33页 |
| 2.2.1 模型的相关定义 | 第29-30页 |
| 2.2.2 断言图的相关定义 | 第30-31页 |
| 2.2.3 强满足性的相关定义和算法 | 第31-33页 |
| 2.2.4 抽象的定义和作用 | 第33页 |
| 2.3 MPA和OMPA算法 | 第33-46页 |
| 2.3.1 自然归纳抽象函数的定义和定理 | 第33-39页 |
| 2.3.2 最小保留抽象（MPA）函数算法 | 第39-42页 |
| 2.3.3 优化后最小保留（OMPA）函数算法 | 第42-46页 |
| 2.4 实验结果与分析 | 第46-52页 |
| 2.4.1 离散模型 | 第47-48页 |
| 2.4.2 VIS中测试用例 | 第48-52页 |
| 2.5 GSTE在NAND FLASH中的应用 | 第52-60页 |
| 2.5.1 NAND Flash | 第52-53页 |
| 2.5.2 系统建模 | 第53-57页 |
| 2.5.3 验证结果 | 第57-60页 |
| 2.6 本章小结 | 第60-61页 |
| 第三章 同步布尔网络中吸引子的计算 | 第61-91页 |
| 3.1 基因调控网络和同步布尔网络 | 第61-66页 |
| 3.1.1 基因调控网络 | 第61-63页 |
| 3.1.2 同步布尔网络 | 第63-64页 |
| 3.1.3 基因调控网络和同步布尔网络之间的联系 | 第64-66页 |
| 3.2 同步吸引子的定义和求解 | 第66-74页 |
| 3.2.1 相关定义和定理 | 第66-69页 |
| 3.2.2 同步布尔网络中计算吸引子的算法 | 第69-71页 |
| 3.2.3 实例：细胞周期的耦合振荡模型 | 第71-74页 |
| 3.3 三种类型的同步吸引子的定义和求解 | 第74-85页 |
| 3.3.1 相关定义和定理 | 第74-77页 |
| 3.3.2 优化后的同步布尔网络中计算吸引子算法 | 第77-79页 |
| 3.3.3 优化前后计算同步吸引子算法的差异 | 第79-80页 |
| 3.3.4 实例：细胞生长模型 | 第80-85页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第85-90页 |
| 3.4.1 优化前后计算同步吸引子算法比较 | 第85-88页 |
| 3.4.2 优化后计算同步吸引子算法同BoolNet比较 | 第88-89页 |
| 3.4.3 经典蛋白质基因调控网络的扩展和计算 | 第89-90页 |
| 3.5 本章小结 | 第90-91页 |
| 第四章 异步布尔网络中吸引子的计算 | 第91-115页 |
| 4.1 异步布尔网络 | 第91-93页 |
| 4.2 同步吸引子与异步吸引子的分类与关系 | 第93-99页 |
| 4.2.1 相关定义和定理 | 第93-97页 |
| 4.2.2 同步/异步吸引子分类 | 第97-98页 |
| 4.2.3 同步吸引子和异步吸引子的关系 | 第98-99页 |
| 4.3 计算吸引子的相关算法 | 第99-107页 |
| 4.3.1 前继/后继状态集算法 | 第100-101页 |
| 4.3.2 基于同步布尔迁移函数中迭代计算吸引子算法 | 第101-103页 |
| 4.3.3 异步布尔网络吸引子计算并分类的算法 | 第103-107页 |
| 4.4 裂殖酵母分裂周期模型 | 第107-112页 |
| 4.4.1 细胞分裂周期介绍 | 第107-109页 |
| 4.4.2 裂殖酵母基因调控网络模型 | 第109-111页 |
| 4.4.3 裂殖酵母基因调控网络实验分析 | 第111-112页 |
| 4.5 经典生物基因调控网络实验分析 | 第112-114页 |
| 4.6 本章小结 | 第114-115页 |
| 第五章 结论与展望 | 第115-119页 |
| 5.1 论文的主要工作和创新点 | 第115-117页 |
| 5.2 进一步的研究工作和设想 | 第117-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-133页 |
| 攻读博士学位期间取得的成果 | 第133-135页 |