| 符号或缩略词说明 | 第4-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 1 引言 | 第12-29页 |
| 1.1 牛肉产业现状及发展概况 | 第12-14页 |
| 1.1.1 牛在历史中的角色转变 | 第12页 |
| 1.1.2 我国牛肉产业发展概况 | 第12-13页 |
| 1.1.3 我国牛肉产业中存在的问题 | 第13页 |
| 1.1.4 高档育肥牛肉的特点 | 第13-14页 |
| 1.2 牛肌内脂肪的沉积及其相关研究 | 第14-16页 |
| 1.2.1 肌内脂肪的重要性 | 第14页 |
| 1.2.2 人造大理石花纹 | 第14-15页 |
| 1.2.3 牛脂肪沉积的研究现状 | 第15页 |
| 1.2.4 在对肌内脂肪沉积相关基因的研究中存在的问题 | 第15-16页 |
| 1.3 基因测序技术的发展 | 第16-18页 |
| 1.3.1 传统DNA测序方法简介 | 第16-17页 |
| 1.3.2 常规测序方法逐渐显露的弊端 | 第17页 |
| 1.3.3 高通量测序技术的崛起 | 第17-18页 |
| 1.4 高通量测序技术简介 | 第18-23页 |
| 1.4.1 有关高通量测序的名称 | 第18页 |
| 1.4.2 研究中常见的高通量测序技术简介 | 第18-21页 |
| 1.4.3 高通量测序技术基本原理 | 第21-23页 |
| 1.5 高通量测序技术的应用现状 | 第23-27页 |
| 1.5.1 全基因组从头测序（de novo测序） | 第23-24页 |
| 1.5.2 全基因组重测序 | 第24-26页 |
| 1.5.3 转录组组测序 | 第26-27页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 1.7 本研究的主要实验内容 | 第28-29页 |
| 2 材料与方法 | 第29-37页 |
| 2.1 实验仪器与试剂 | 第29-30页 |
| 2.1.1 实验仪器 | 第29页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第29-30页 |
| 2.2 材料与实验设计 | 第30-31页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第30页 |
| 2.2.2 实验设计 | 第30-31页 |
| 2.3 试验方法 | 第31-35页 |
| 2.3.1 生产性能的测定方法 | 第31-32页 |
| 2.3.2 肉色的测定 | 第32页 |
| 2.3.3 肌内脂肪含量及水分含量的测定 | 第32-33页 |
| 2.3.4 剪切力值的测定 | 第33-34页 |
| 2.3.5 全基因组重测序方法 | 第34页 |
| 2.3.6 生物信息分析方法流程 | 第34-35页 |
| 2.4 数据的统计与分析 | 第35-37页 |
| 2.4.1 生产性能的测定和理化指标的测定 | 第35页 |
| 2.4.2 全基因组重测序数据的处理与分析 | 第35-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-54页 |
| 3.1 最终选择的两个测序组各指标的比较 | 第37-39页 |
| 3.2 全基因组重测序结果 | 第39-49页 |
| 3.2.1 测序结果统计 | 第39-40页 |
| 3.2.2 与参考基因组比对结果统计 | 第40-42页 |
| 3.2.3 SNP检测与注释 | 第42-44页 |
| 3.2.4 InDel的检测与注释结果 | 第44-46页 |
| 3.2.5 SV的检测与注释 | 第46-47页 |
| 3.2.6 DNA水平的差异基因挖掘 | 第47-49页 |
| 3.3 混池关联分析 | 第49-54页 |
| 3.3.1 混池间SNP分析 | 第49页 |
| 3.3.2 两混池间关联分析 | 第49-52页 |
| 3.3.3 关联区域内基因注释 | 第52-54页 |
| 4 讨论 | 第54-59页 |
| 4.1 生产性能和理化指标 | 第54页 |
| 4.2 测序结果质量 | 第54-55页 |
| 4.3 最终筛选得到的基因 | 第55-59页 |
| 5 结论 | 第59-60页 |
| 6 进一步研究方向 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 攻读学位期间发表的论文情况 | 第71-72页 |
| 附录 | 第72-77页 |
| 附录A ：ED值的拟合值在全部染色体中的分布 | 第72-77页 |