| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 缩略语表 | 第9-11页 |
| 1 引言 | 第11-20页 |
| 1.1 国内外益生菌市场现状及面临的问题 | 第11页 |
| 1.2 益生菌 | 第11-14页 |
| 1.2.1 益生菌的常见分类及益生机制 | 第12-13页 |
| 1.2.2 益生菌Lactobacillus casei Zhang | 第13-14页 |
| 1.3 宏基因组学及宏转录组学简介 | 第14-18页 |
| 1.3.1 宏基因组学 | 第15-16页 |
| 1.3.2 宏转录组学 | 第16-17页 |
| 1.3.3 宏基因组学与宏转录组学的差异及主要研究策略 | 第17-18页 |
| 1.4 肠道菌群和益生菌的主要研究手段 | 第18-19页 |
| 1.5 研究的主要内容及意义 | 第19-20页 |
| 1.5.1 研究主要内容 | 第19-20页 |
| 1.5.2 研究意义及目的 | 第20页 |
| 2 材料和方法 | 第20-25页 |
| 2.1 实验试剂与仪器 | 第20-21页 |
| 2.1.1 实验主要试剂 | 第20页 |
| 2.1.2 仪器设备 | 第20-21页 |
| 2.2 实验方法 | 第21-25页 |
| 2.2.1 益生菌L.casei Zhang服用方案 | 第21-22页 |
| 2.2.2 粪便样品中宏基因组DNA及RNA的提取 | 第22页 |
| 2.2.3 L.casei Zhang体外测序样品总RNA的提取 | 第22页 |
| 2.2.4 宏基因组DNA文库构建及测序 | 第22页 |
| 2.2.5 样品宏转录组RNA检测及测序 | 第22-23页 |
| 2.2.6 原始序列质量控制及筛选 | 第23页 |
| 2.2.7 序列组装 | 第23页 |
| 2.2.8 宏基因组与宏转录组基因预测和contigs注释 | 第23-24页 |
| 2.2.9 数据分析方法及图表绘制 | 第24-25页 |
| 3 结果与分析 | 第25-54页 |
| 3.1 宏基因组与宏转录组测序深度及数据库比对结果 | 第25-28页 |
| 3.2 服用L. casei Zhang后肠道菌群构成的改变 | 第28-42页 |
| 3.2.1 服用L.casei Zhang前后志愿者肠道菌群不同分类学水平菌群构成的分析 | 第28-36页 |
| 3.2.2 服用L.casei Zhang前后志愿者肠道菌群基因水平的分析 | 第36-42页 |
| 3.3 服用L.casei Zhang对肠道菌群转录组组成及功能的影响 | 第42-49页 |
| 3.3.1 数据比对结果 | 第42-44页 |
| 3.3.2 COG功能分类结果 | 第44-46页 |
| 3.3.3 服用L.casei Zhang不同时间点差异表达基因分析 | 第46-49页 |
| 3.4 L.casei Zhang转录组的变化 | 第49-54页 |
| 3.4.1 转录序列与L.casei Zhang基因组比对结果 | 第49-51页 |
| 3.4.2 L.casei Zhang基因差异表达分析 | 第51-54页 |
| 4 讨论 | 第54-58页 |
| 5 结论 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-69页 |
| 作者简介 | 第69页 |
