| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 插图和附表目录 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-27页 |
| ·普洱茶概况 | 第12-15页 |
| ·普洱茶简介 | 第12-13页 |
| ·普洱茶的文化和经济价值 | 第13-14页 |
| ·普洱茶的生产加工工艺 | 第14-15页 |
| ·普洱茶发酵过程中的微生物 | 第15-17页 |
| ·普洱茶发酵过程中微生物的主要研究方法 | 第15-16页 |
| ·普洱茶渥堆发酵过程中的微生物 | 第16-17页 |
| ·微生物分子生态学基本研究方法 | 第17-21页 |
| ·微生物分子生态学基本策略 | 第17页 |
| ·微生物分子生态学基本研究方法 | 第17-19页 |
| ·微生物分子生态学的研究的应用领域及其意义 | 第19-21页 |
| ·新技术带来的微生物分子生态学研究的新方法 | 第21-25页 |
| ·基于高通量测序的宏基因组学研究 | 第21-22页 |
| ·基于高通量测序的宏转录组学研究 | 第22-23页 |
| ·用于微生物分子生态学研究的基因芯片新技术 | 第23-24页 |
| ·迷你引物(miniprimer)技术 | 第24-25页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第25-26页 |
| ·本研究的主要内容 | 第26-27页 |
| 第二章 普洱茶测序样品的确定及发酵微生物总DNA的提取 | 第27-40页 |
| ·引言 | 第27页 |
| ·材料、仪器和试剂 | 第27-29页 |
| ·样品的采集与保存 | 第27-28页 |
| ·培养基的选择 | 第28页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第28-29页 |
| ·实验方法 | 第29-32页 |
| ·微生物的计数 | 第29-30页 |
| ·水分的测定 | 第30页 |
| ·pH的测定 | 第30页 |
| ·茶多酚的测定 | 第30页 |
| ·普洱茶表面微生物的分离 | 第30-31页 |
| ·分离微生物的DNA提取 | 第31-32页 |
| ·DNA提取效率及提取质量的检测 | 第32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-38页 |
| ·微生物数量的变化规律 | 第32-33页 |
| ·待测序样品的理化性质 | 第33-34页 |
| ·不同微生物分离方法及DNA提取方法的比较 | 第34-36页 |
| ·提取的普洱茶微生物总DNA的纯度及含量 | 第36-37页 |
| ·提取效率 | 第37页 |
| ·提取DNA的PCR检测 | 第37-38页 |
| ·本章小节 | 第38-40页 |
| 第三章 基于宏基因组高通量测序的普洱茶渥堆发酵过程中微生物多样性分析 | 第40-51页 |
| ·引言 | 第40页 |
| ·材料、仪器和试剂 | 第40页 |
| ·样品的采集与保存 | 第40页 |
| ·主要试剂 | 第40页 |
| ·实验方法 | 第40-41页 |
| ·DNA提取 | 第40页 |
| ·454GS FLX测序 | 第40-41页 |
| ·微生物的多样性分析 | 第41页 |
| ·结果与讨论 | 第41-50页 |
| ·454测序结果 | 第41-42页 |
| ·微生物的多样性 | 第42-45页 |
| ·古菌的多样性 | 第45-46页 |
| ·细菌的多样性 | 第46-48页 |
| ·真核生物的多样性 | 第48-50页 |
| ·本章小节 | 第50-51页 |
| 第四章 普洱茶宏基因组的功能注释及代谢通路分析 | 第51-65页 |
| ·引言 | 第51页 |
| ·材料、仪器和试剂 | 第51页 |
| ·样品的采集与保存 | 第51页 |
| ·主要试剂 | 第51页 |
| ·实验方法 | 第51-52页 |
| ·DNA提取 | 第51页 |
| ·454GS FLX测序 | 第51-52页 |
| ·普洱茶宏基因组的功能注释 | 第52页 |
| ·普洱茶宏基因组的代谢通路分析 | 第52页 |
| ·结果与讨论 | 第52-64页 |
| ·普洱茶微生物宏基因组功能注释及分类 | 第53-56页 |
| ·与其它环境中的功能分类对比 | 第56-57页 |
| ·代谢通路分析 | 第57-64页 |
| ·本章小结 | 第64-65页 |
| 第五章 基于宏基因组学普洱茶食用安全性的初步分析 | 第65-72页 |
| ·引言 | 第65页 |
| ·材料、仪器和试剂 | 第65页 |
| ·样品的采集与保存 | 第65页 |
| ·主要试剂 | 第65页 |
| ·实验方法 | 第65-66页 |
| ·DNA提取 | 第65-66页 |
| ·454GS FLX测序 | 第66页 |
| ·食源性致病菌及毒素分析 | 第66页 |
| ·普洱茶宏基因组的功能注释 | 第66页 |
| ·普洱茶宏基因组的代谢通路分析 | 第66页 |
| ·结果与讨论 | 第66-70页 |
| ·普洱茶渥堆发酵过程中致病菌的检测 | 第66-67页 |
| ·普洱茶渥堆发酵过程中真菌及真菌毒素的检测 | 第67-68页 |
| ·从功能基因注释方面考虑普洱茶安全性 | 第68-69页 |
| ·与疾病有关的基因的分析 | 第69-70页 |
| ·本章小结 | 第70-72页 |
| 第六章 结论与展望 | 第72-75页 |
| ·结论 | 第72-73页 |
| ·展望 | 第73-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 附录A 硕士研究生期间科研成果 | 第82-83页 |
| 附录B 相关测序数据的公开序列号 | 第83页 |