| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-27页 |
| 1.1 富马酸的理化性质 | 第11-12页 |
| 1.2 富马酸的应用 | 第12页 |
| 1.3 富马酸的生产方法 | 第12-14页 |
| 1.3.1 石油化工工艺路线 | 第12-13页 |
| 1.3.2 酶法转化法 | 第13页 |
| 1.3.3 微生物发酵法 | 第13-14页 |
| 1.4 发酵法制备富马酸的菌株 | 第14-15页 |
| 1.5 根霉菌合成富马酸的代谢机理 | 第15-16页 |
| 1.6 发酵法制备富马酸的研究进展 | 第16-21页 |
| 1.6.1 富马酸高产菌株的选育 | 第16-17页 |
| 1.6.2 形态控制 | 第17-19页 |
| 1.6.3 木质纤维素类原料 | 第19-20页 |
| 1.6.4 发酵工艺优化 | 第20-21页 |
| 1.7 组学技术 | 第21-25页 |
| 1.7.1 代谢组学 | 第22-23页 |
| 1.7.2 转录组学 | 第23-25页 |
| 1.7.3 组学技术的联用 | 第25页 |
| 1.8 研究意义、目标和内容 | 第25-27页 |
| 1.8.1 研究目的意义 | 第25-26页 |
| 1.8.2 主要研究内容 | 第26-27页 |
| 第2章 米根霉不同形态下的转录组学研究 | 第27-49页 |
| 2.1 前言 | 第27-28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-33页 |
| 2.2.1 菌株 | 第28页 |
| 2.2.2 主要仪器 | 第28页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第28-29页 |
| 2.2.4 培养基成分 | 第29页 |
| 2.2.5 培养方法 | 第29页 |
| 2.2.6 米根霉mRNA的提取 | 第29页 |
| 2.2.7 基因表达水平的确定 | 第29-30页 |
| 2.2.8 基因表达水平的标准化 | 第30页 |
| 2.2.9 基于RNA-Seq数据的新转录本分析 | 第30页 |
| 2.2.10 Pathway显著性富集分析 | 第30-31页 |
| 2.2.11 米根霉转录组中的可变剪接分析 | 第31页 |
| 2.2.12 Real-time PCR检测 | 第31-33页 |
| 2.2.13 分析检测 | 第33页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第33-47页 |
| 2.3.1 不同形态下米根霉代谢的表观差异 | 第33-35页 |
| 2.3.2 RNA-Seq数据质量分析 | 第35-37页 |
| 2.3.3 RNA-Seq reads在米根霉基因组及基因上的匹配统计 | 第37-38页 |
| 2.3.4 Real-time PCR验证RNA-Seq测序的准确性 | 第38-39页 |
| 2.3.5 米根霉新转录本和新外显子的分析 | 第39-40页 |
| 2.3.6 米根霉的可变剪接分析 | 第40-41页 |
| 2.3.7 米根霉在球状和絮状条件下基因表达差异分析 | 第41-43页 |
| 2.3.8 差异代谢途径分析 | 第43-47页 |
| 2.4 本章小结 | 第47-49页 |
| 第3章 米根霉不同形态的代谢轮廓分析 | 第49-67页 |
| 3.1 前言 | 第49-50页 |
| 3.2 材料与方法 | 第50-53页 |
| 3.2.1 菌株 | 第50页 |
| 3.2.2 主要仪器 | 第50页 |
| 3.2.3 主要试剂 | 第50页 |
| 3.2.4 培养基成分 | 第50-51页 |
| 3.2.5 培养方法 | 第51页 |
| 3.2.6 取样方式 | 第51页 |
| 3.2.7 提取方法 | 第51-52页 |
| 3.2.8 代谢产物衍生化 | 第52页 |
| 3.2.9 代谢物GC-MS检测 | 第52页 |
| 3.2.10 代谢组学数据分析 | 第52页 |
| 3.2.11 胞内ROS测定 | 第52-53页 |
| 3.2.12 扫描电镜生物样品的制备 | 第53页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第53-66页 |
| 3.3.1 不同淬灭方法对代谢产物泄露的影响 | 第53-56页 |
| 3.3.2 不同形态条件下米根霉胞内代谢物分析 | 第56-57页 |
| 3.3.3 多元统计分析不同形态米根霉胞内代谢差异 | 第57-58页 |
| 3.3.4 不同形态条件下米根霉基础代谢特征分析 | 第58-62页 |
| 3.3.5 不同形态下细胞内的ROS水平 | 第62-64页 |
| 3.3.6 调节溶氧和变更底物促进菌球形态形成 | 第64-66页 |
| 3.4 本章小结 | 第66-67页 |
| 第4章 米根霉利用不同底物的生理代谢差异分析 | 第67-85页 |
| 4.1 引言 | 第67页 |
| 4.2 材料与方法 | 第67-70页 |
| 4.2.1 生产菌株 | 第67页 |
| 4.2.2 主要仪器 | 第67-68页 |
| 4.2.3 主要试剂 | 第68页 |
| 4.2.4 培养基成分 | 第68页 |
| 4.2.5 培养方法 | 第68-69页 |
| 4.2.6 分析方法 | 第69页 |
| 4.2.7 胞内代谢物提取及测定方法 | 第69页 |
| 4.2.8 代谢组学数据分析方法 | 第69页 |
| 4.2.9 胞内ROS测定方法 | 第69页 |
| 4.2.10 胞内ATP的测定 | 第69-70页 |
| 4.2.11 酶活测定 | 第70页 |
| 4.2.12 呼吸速率的测定 | 第70页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第70-84页 |
| 4.3.1 葡萄糖和木糖对米根霉发酵生产富马酸的影响 | 第70-71页 |
| 4.3.2 碳源对米根霉代谢轮廓的影响 | 第71-73页 |
| 4.3.3 碳水化合物代谢 | 第73-74页 |
| 4.3.4 氨基酸代谢途径 | 第74页 |
| 4.3.5 脂肪酸代谢途径 | 第74-75页 |
| 4.3.6 糖及糖醇代谢途径 | 第75-77页 |
| 4.3.7 氧化应激相关酶酶活的测定 | 第77页 |
| 4.3.8 不同碳源培养条件下米根霉胞内ROS水平 | 第77-78页 |
| 4.3.9 氮源浓度对米根霉利用木糖发酵生产富马酸的影响 | 第78-80页 |
| 4.3.10 提高氮源浓度对米根霉利用葡萄糖发酵生产富马酸的影响 | 第80-84页 |
| 4.4 本章小结 | 第84-85页 |
| 第5章 富马酸高生产强度菌株的突变选育 | 第85-97页 |
| 5.1 材料与方法 | 第86-89页 |
| 5.1.1 菌种 | 第86页 |
| 5.1.2 实验仪器 | 第86页 |
| 5.1.3 主要试剂 | 第86页 |
| 5.1.4 培养基成分 | 第86-87页 |
| 5.1.5 培养方法 | 第87页 |
| 5.1.6 分析方法 | 第87-88页 |
| 5.1.7 胞内ATP的测定 | 第88页 |
| 5.1.8 生物量的测定 | 第88页 |
| 5.1.9 常压室温等离子体诱变 | 第88-89页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第89-96页 |
| 5.2.1 新霉素浓度的确定 | 第89页 |
| 5.2.2 溴甲酚绿浓度的确定 | 第89-90页 |
| 5.2.3 抗新霉素菌株的选育 | 第90-91页 |
| 5.2.4 突变菌株传代稳定性考察 | 第91-92页 |
| 5.2.5 突变株N6与原始菌株代谢特性比较 | 第92-94页 |
| 5.2.6 糖浓度对突变株发酵产富马酸的影响 | 第94-96页 |
| 5.3 本章小结 | 第96-97页 |
| 第6章 结论与展望 | 第97-101页 |
| 6.1 结论 | 第97-99页 |
| 6.2 创新点 | 第99页 |
| 6.3 展望 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-111页 |
| 发表文章和参加科研情况说明 | 第111-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
