| 摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| 1.1 研究背景 | 第9-11页 |
| 1.1.1 茶的概述 | 第9-10页 |
| 1.1.2 贵州茶树资源简介 | 第10页 |
| 1.1.3 贵州贵定云雾鸟王贡茶简介及其研究价值 | 第10-11页 |
| 1.2 本论文的研究目的和主要内容 | 第11-12页 |
| 1.3 论文结构 | 第12-14页 |
| 第二章 鸟王茶样品转录组测序 | 第14-27页 |
| 2.1 转录组RNA-SEQ简介 | 第14-15页 |
| 2.2 RNA-seq的重要应用 | 第15-16页 |
| 2.2.1 利用RNA-seq开发分子标记 | 第15页 |
| 2.2.2 利用RNA-seq研究特定代谢途径中的基因 | 第15-16页 |
| 2.3 鸟王茶转录组RNA-SEQ | 第16-21页 |
| 2.3.1 检测仪器及耗材 | 第16-17页 |
| 2.3.2 采用技术路线和实验流程 | 第17-21页 |
| 2.3.2.1 总RNA提取 | 第18-19页 |
| 2.3.2.2 文库构建 | 第19-20页 |
| 2.3.2.3 PCR扩增富集文库片段 | 第20-21页 |
| 2.3.3 Illumina平台测序 | 第21页 |
| 2.4 转录组数据初步处理与拼接结果 | 第21-25页 |
| 2.5 转录组reads的质控和de novo组装 | 第25-26页 |
| 2.6 本章小结 | 第26-27页 |
| 第三章 鸟王茶茶转录组的SSR位点信息分析 | 第27-39页 |
| 3.1 引言 | 第27页 |
| 3.2 SSR分子标记的功效与应用 | 第27-28页 |
| 3.3 鸟王茶转录组SSR位点信息分析流程 | 第28-30页 |
| 3.4 鸟王茶转录组SSR位点信息分析结果 | 第30-35页 |
| 3.4.1 鸟王茶转录组SSR位点数量和重复类型分布 | 第30-32页 |
| 3.4.2 鸟王茶转录组SSR不同基序总长度和重复次数的分析 | 第32-33页 |
| 3.4.3 鸟王茶转录组SSR不同基序出现次数的比较分析 | 第33-35页 |
| 3.4.4 含SSR位点Unigenes耐寒性分析 | 第35页 |
| 3.5 鸟王茶转录组SSR可用性的评价 | 第35-36页 |
| 3.6 讨论 | 第36-37页 |
| 3.7 本章小节 | 第37-39页 |
| 第四章 鸟王茶代谢网络重构的前期工作-酶基因数据库构建 | 第39-45页 |
| 4.1 引言 | 第39-40页 |
| 4.2 酶数据库本地化方案 | 第40-41页 |
| 4.3 数据的获取 | 第41-42页 |
| 4.3.1 Brenda数据的获取 | 第41页 |
| 4.3.2 NCBI数据的获取 | 第41-42页 |
| 4.4 数据的处理 | 第42页 |
| 4.5 数据的提取和导入 | 第42-43页 |
| 4.6 本章小结 | 第43-45页 |
| 第五章 总结与展望 | 第45-47页 |
| 5.1 本文总结 | 第45-46页 |
| 5.2 本文展望 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-53页 |
| 附录 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
