| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-22页 |
| ·概述 | 第11页 |
| ·国内外研究水平及发展趋势 | 第11-19页 |
| ·维生素 C 两菌 AME 基本特性 | 第11-14页 |
| ·基于组学分析的两菌关系解析 | 第14-16页 |
| ·维生素 C 混菌系统的优化与调控 | 第16-18页 |
| ·维生素 C 生产菌株适应非生长适宜环境的机制解析 | 第18-19页 |
| ·本论文的主要研究内容 | 第19-22页 |
| ·基于全基因组规模代谢网络模型解析微生物生理特性 | 第19-20页 |
| ·本论文的主要研究内容 | 第20-22页 |
| 第二章 维生素 C 生产菌株基因组注释 | 第22-31页 |
| ·前言 | 第22-23页 |
| ·材料与方法 | 第23-25页 |
| ·基因组下载 | 第23页 |
| ·基于 RAST 的 K. vulgare 基因组自动注释 | 第23页 |
| ·基于 KAAS 的 K. vulgare 基因组自动注释 | 第23页 |
| ·基于 PRIAM 的 K. vulgare 基因组本地注释 | 第23-24页 |
| ·基于本地 BLAST 的 K. vulgare 基因组注释 | 第24页 |
| ·不同基因组注释方法的整合 | 第24-25页 |
| ·RAST 新注释基因功能注释 | 第25页 |
| ·结果与讨论 | 第25-29页 |
| ·K. vulgare 基因组 RAST 注释及其与原 NCBI 注释比较 | 第25-26页 |
| ·四种不同基因组注释方法的比较 | 第26-28页 |
| ·K. vulgare 基因组转运系统的注释结果 | 第28页 |
| ·K. vulgare 与 B. megaterium RAST 新基因的功能注释 | 第28-29页 |
| ·本章小结 | 第29-31页 |
| 第三章 K. vulgare 基因组规模代谢网络模型 iWZ663 的构建 | 第31-48页 |
| ·前言 | 第31页 |
| ·材料与方法 | 第31-37页 |
| ·代谢网络模型构建过程所使用的数据库和软件 | 第31-32页 |
| ·代谢粗网络的构建 | 第32-33页 |
| ·代谢粗网络的手动精炼 | 第33-34页 |
| ·K. vulgare 蛋白质亚细胞定位 | 第34页 |
| ·K. vulgare 生物量方程的构建 | 第34-35页 |
| ·代谢网络转化为数学模型 | 第35页 |
| ·代谢反应质量电荷平衡分析 | 第35页 |
| ·代谢网络漏洞的查找与填补 | 第35页 |
| ·代谢网络模型的调试与验证 | 第35页 |
| ·流量平衡分析 | 第35-36页 |
| ·代谢网络模型的命名 | 第36页 |
| ·代谢网络模型构建过程所用的 Cobra 工具箱程序 | 第36-37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-46页 |
| ·K.vulgare 基因组规模代谢网络模型的构建过程 | 第37-43页 |
| ·K. vulgare 基因组规模代谢网络模型 iWZ663 的基本特征 | 第43-46页 |
| ·K. vulgare 山梨糖代谢途径注释 | 第46页 |
| ·本章小结 | 第46-48页 |
| 第四章 基于模型 iWZ663 解析 K. vulgare 生理特性 | 第48-60页 |
| ·前言 | 第48页 |
| ·材料与方法 | 第48-50页 |
| ·流量平衡分析 | 第48页 |
| ·鲁棒性分析 | 第48-49页 |
| ·K. vulgare 必需基因与必需反应预测 | 第49页 |
| ·模拟条件 | 第49-50页 |
| ·基于约束的算法分析 GSMM 所用的 Cobra 工具箱程序 | 第50页 |
| ·结果与讨论 | 第50-58页 |
| ·K. vulgare 生长限制因素与 2-KLG 生产模拟 | 第50-52页 |
| ·必需基因与必需反应 | 第52-54页 |
| ·K. vulgare 代谢山梨糖时中心碳代谢分析 | 第54页 |
| ·K. vulgare 氨基酸吸收与代谢分析 | 第54-56页 |
| ·K. vulgare 嘌呤核苷酸合成途径分析 | 第56页 |
| ·K. vulgare 硫代谢与辅酶 A 合成模块分析 | 第56-58页 |
| ·本章小结 | 第58-60页 |
| 第五章 基于 GSMMs 比较解析两菌代谢差异 | 第60-74页 |
| ·前言 | 第60页 |
| ·材料与方法 | 第60-62页 |
| ·两菌 GSMMs 的精炼与统一 | 第60-61页 |
| ·流量平衡分析 | 第61页 |
| ·精炼后两菌 GSMMs 必需反应预测 | 第61页 |
| ·模拟条件 | 第61-62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-73页 |
| ·B. megaterium 代谢网络模型的精炼 | 第62-69页 |
| ·两菌 GSMMs 格式统一 | 第69-70页 |
| ·iWZ663a 与 iMZ1055a 代谢途径差异比较 | 第70-71页 |
| ·iWZ663a 与 iMZ1055a 必需反应差异比较 | 第71-72页 |
| ·iWZ663a 与 iMZ1055a 代谢物合成与分泌差异比较 | 第72-73页 |
| ·本章小结 | 第73-74页 |
| 第六章 基于两菌代谢互作网络模型解析两菌相互作用机理 | 第74-84页 |
| ·前言 | 第74-75页 |
| ·材料与方法 | 第75-76页 |
| ·两菌代谢互作网络模型的构建 | 第75页 |
| ·流量平衡分析 | 第75页 |
| ·鲁棒性分析 | 第75页 |
| ·流量可变分析 | 第75页 |
| ·必需反应分析 | 第75-76页 |
| ·两菌代谢互作网络模型可视化 | 第76页 |
| ·模拟条件 | 第76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-83页 |
| ·两菌代谢互作网络模型的基本特性 | 第76页 |
| ·基于 iWZ-KV-663-BM-1055 解析两菌生理关系 | 第76-77页 |
| ·基于 iWZ-KV-663-BM-1055 解析 B. megaterium 伴生特性 | 第77-80页 |
| ·基于 iWZ-KV-663-BM-1055 解析两菌代谢相互作用 | 第80-83页 |
| ·本章小结 | 第83-84页 |
| 主要结论与展望 | 第84-86页 |
| 主要结论 | 第84-85页 |
| 展望 | 第85-86页 |
| 论文创新点 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-99页 |
| 附录 I: 作者在攻读博士学位期间发表的论文 | 第99-100页 |
| 附录 II: 缩略语表 | 第100-102页 |
| 附录 III: 两菌代谢互作网络模型胞外代谢物列表 | 第102-108页 |
