| 摘要 | 第5-10页 |
| ABSTRACT | 第10-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第23-89页 |
| 1.1 引言 | 第23页 |
| 1.2 胃肠道的解剖和生理结构简介 | 第23-24页 |
| 1.3 人肠道菌群的微生物多样性 | 第24-37页 |
| 1.3.1 研究肠道菌群微生物组成多样性的技术 | 第25-31页 |
| 1.3.1.1 细菌培养的方法 | 第25页 |
| 1.3.1.2 不依赖于培养的技术 | 第25-31页 |
| 1.3.1.2.1 16S rRNA基因克隆文库 | 第26-27页 |
| 1.3.1.2.2 基于PCR的变性剂/温度梯度凝胶电泳（PCR-DGGE/TGGE） | 第27-29页 |
| 1.3.1.2.3 基于类群特异性PCR的DGGE/TGGE | 第29-30页 |
| 1.3.1.2.4 实时定量PCR（real-time PCR） | 第30-31页 |
| 1.3.2 人类肠道菌群的组成 | 第31-34页 |
| 1.3.3 人肠道菌群细菌组成的特点 | 第34-37页 |
| 1.4 人类肠道菌群的代谢 | 第37-46页 |
| 1.4.1 大肠中细菌的生长底物 | 第38-39页 |
| 1.4.1.1 来源于宿主的代谢底物 | 第38-39页 |
| 1.4.1.2 来源于食物的代谢底物 | 第39页 |
| 1.4.2 碳水化合物和蛋白质的菌群发酵及发酵产物 | 第39-42页 |
| 1.4.2.1 碳水化合物和蛋白质的菌群发酵 | 第39-41页 |
| 1.4.2.2 短链脂肪酸的生理意义 | 第41页 |
| 1.4.2.3 氨基酸/蛋白质的菌群发酵的毒性作用 | 第41-42页 |
| 1.4.3 胆酸、外源复合物和食物成分的细菌转化 | 第42-43页 |
| 1.4.4 细菌合成维生素 | 第43页 |
| 1.4.5 影响肠道菌群代谢活动的因素 | 第43-46页 |
| 1.4.5.1 饮食 | 第43-44页 |
| 1.4.5.2 碳水化合物的菌群发酵对氨基酸/蛋白质菌群发酵的影响 | 第44-45页 |
| 1.4.5.3 大肠不同区域的菌群代谢差异 | 第45页 |
| 1.4.5.4 消化物在大肠中的滞留时间对菌群代谢的影响 | 第45-46页 |
| 1.5 益生元（Prebiotics） | 第46-54页 |
| 1.5.1 益生元对肠道菌群结构的影响 | 第46-48页 |
| 1.5.2 益生元对肠道菌群代谢活动的影响 | 第48-49页 |
| 1.5.3 益生元对宿主健康的影响 | 第49-54页 |
| 1.5.3.1 结肠癌 | 第49-50页 |
| 1.5.3.2 炎性肠疾病 | 第50-51页 |
| 1.5.3.3 抵抗致病菌 | 第51页 |
| 1.5.3.4 脂类代谢 | 第51-52页 |
| 1.5.3.5 矿物质吸收率 | 第52-53页 |
| 1.5.3.6 肥胖和糖尿病 | 第53-54页 |
| 1.5.4 益生元的展望 | 第54页 |
| 1.6 人源菌群动物模型 | 第54-58页 |
| 1.6.1 HFA大/小鼠动物模型 | 第55-56页 |
| 1.6.2 HFA大/小鼠动物模型的局限性 | 第56页 |
| 1.6.3 HFA仔猪模型的建立 | 第56-58页 |
| 1.7 代谢组学介绍 | 第58-71页 |
| 1.7.1 代谢组学的概念 | 第58-59页 |
| 1.7.2 代谢组学的研究对象和方法 | 第59页 |
| 1.7.3 基于核磁共振的（NMR）的代谢组学 | 第59-71页 |
| 1.7.3.1 NMR图谱技术原理简介 | 第59-61页 |
| 1.7.3.2 化学位移 | 第61页 |
| 1.7.3.3 自旋-自旋偶合 | 第61-62页 |
| 1.7.3.4 一维NMR图谱实验 | 第62页 |
| 1.7.3.5 二维NMR图谱技术（2D NMR） | 第62-63页 |
| 1.7.3.6 利用~1H NMR分析生物体液和组织样品 | 第63-65页 |
| 1.7.3.7 NMR图谱的模式识别和多变量统计分析 | 第65-66页 |
| 1.7.3.8 基于~1H NMR的代谢组学的应用 | 第66-71页 |
| 1.7.3.8.1 在药学研究中的应用 | 第67页 |
| 1.7.3.8.2 在病理学研究中的应用 | 第67-68页 |
| 1.7.3.8.3 在流行病学调查领域的应用 | 第68-69页 |
| 1.7.3.8.4 在营养学研究中的应用 | 第69-70页 |
| 1.7.3.8.5 在药品质量监控中的应用 | 第70-71页 |
| 1.8 本论文的目的 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-89页 |
| 第二章 应用变性剂梯度凝胶电泳和克隆文库的方法分析人肠道菌群中柔嫩梭菌类群的多样性 | 第89-109页 |
| 摘要 | 第89-90页 |
| ABSTRACT | 第90-91页 |
| 引言 | 第91-92页 |
| 2.1 材料与方法 | 第92-95页 |
| 2.1.1 粪便样品的收集和DNA提取 | 第92页 |
| 2.1.2 柔嫩梭菌类群特异性PCR扩增 | 第92-93页 |
| 2.1.3 PCR产物的DGGE分析 | 第93页 |
| 2.1.4 PCR产物的克隆和克隆文库分析 | 第93-94页 |
| 2.1.5 DGGE图谱中条带序列信息的确定 | 第94页 |
| 2.1.6 序列分析 | 第94-95页 |
| 2.1.7 核酸序列登录号 | 第95页 |
| 2.2 实验结果 | 第95-102页 |
| 2.2.1 粪便菌群中柔嫩梭菌类群特异性PCR-DGGE方法的建立 | 第95页 |
| 2.2.2 利用DGGE展示 | 第95-97页 |
| 2.2.3 个体F粪便柔嫩梭菌类群的克隆文库分析 | 第97-99页 |
| 2.2.4 F个体柔嫩梭菌类群DGGE图谱中条带序列信息的确定 | 第99-102页 |
| 2.3 讨论 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-109页 |
| 第三章 寡果糖对人源菌群仔猪粪便菌群结构的影响 | 第109-132页 |
| 摘要 | 第109-110页 |
| ABSTRACT | 第110-111页 |
| 引言 | 第111-112页 |
| 3.1 材料和方法 | 第112-118页 |
| 3.1.1 HFA仔猪的养殖 | 第112-113页 |
| 3.1.2 FOS饲喂试验 | 第113-114页 |
| 3.1.3 粪便总DNA提取 | 第114页 |
| 3.1.4 类群特异性PCR-DGGE及DGGE图谱分析 | 第114-117页 |
| 3.1.5 DNA测序 | 第117页 |
| 3.1.6 实时定量PCR | 第117-118页 |
| 3.1.7 核酸序列登录号 | 第118页 |
| 3.2 结果 | 第118-124页 |
| 3.2.1 DGGE分析 | 第118-123页 |
| 3.2.1.1 拟杆菌属 | 第118-120页 |
| 3.2.1.2 双歧杆菌属 | 第120-121页 |
| 3.2.1.3 柔嫩梭菌类群 | 第121-123页 |
| 3.2.2 实时定量PCR | 第123-124页 |
| 3.3 讨论 | 第124-128页 |
| 参考文献 | 第128-132页 |
| 第四章 人源菌群仔猪大肠各段内容物中代谢物组成的空间分布规律的研究 | 第132-157页 |
| 摘要 | 第132-133页 |
| ABSTRACT | 第133-135页 |
| 引言 | 第135-136页 |
| 4.1 材料方法 | 第136-138页 |
| 4.1.1 动物实验和样品采集 | 第136-137页 |
| 4.1.2 大肠内容物和粪便中代谢物的提取以及NMR分析 | 第137页 |
| 4.1.3 NMR图谱的加工和数字化处理 | 第137-138页 |
| 4.1.4 多变量统计分析 | 第138页 |
| 4.2 结果 | 第138-149页 |
| 4.2.1 大肠各段内容物和粪便的代谢物提取物的NMR图谱 | 第138-141页 |
| 4.2.2 大肠内容物和粪便的代谢物组成的轨迹变化 | 第141-143页 |
| 4.2.3 用O-PLS方法比较大肠不同部位的内容物和粪便的代谢物组成 | 第143-149页 |
| 4.3 讨论 | 第149-152页 |
| 参考文献 | 第152-157页 |
| 第五章 寡果糖对人源菌群仔猪肠道菌群代谢和宿主代谢的影响 | 第157-184页 |
| 摘要 | 第157-158页 |
| ABSTRACT | 第158-160页 |
| 引言 | 第160-162页 |
| 5.1 材料和方法 | 第162-165页 |
| 5.1.1 动物实验 | 第162页 |
| 5.1.2 样品收集 | 第162-163页 |
| 5.1.3 结肠内容物和粪便样品中代谢物的提取以及NMR分析 | 第163页 |
| 5.1.4 尿液样品的NMR分析 | 第163-164页 |
| 5.1.5 NMR图谱的加工和数字化处理 | 第164页 |
| 5.1.6 多变量统计分析 | 第164-165页 |
| 5.2 结果 | 第165-175页 |
| 5.2.1 益生元仔猪和对照组仔猪体重状况和精神状况 | 第165页 |
| 5.2.2 益生元仔猪和对照组仔猪远端结肠内容物中代谢提取物的~1H NMR图谱 | 第165页 |
| 5.2.3 益生元仔猪和对照组仔猪尿液的~1H NMR图谱 | 第165-168页 |
| 5.2.4 对照组和益生元组仔猪粪便代谢物提取物~1H NMR图谱的比较 | 第168-169页 |
| 5.2.5 对照组和益生元组仔猪结肠内容物中代谢物的~1H NMR图谱的比较 | 第169-173页 |
| 5.2.6 对照组和益生元组仔猪尿液样品~1H NMR图谱的比较 | 第173-175页 |
| 5.3 讨论 | 第175-179页 |
| 参考文献 | 第179-184页 |
| 本研究的创新性 | 第184-185页 |
| 附录 1. 三种粪便总DNA提取方法的比较 | 第185-195页 |
| 摘要 | 第185页 |
| ABSTRACT | 第185-186页 |
| 引言 | 第186页 |
| 1 材料与方法 | 第186-189页 |
| 1.1 材料 | 第186-187页 |
| 1.1.1 样品采集 | 第186-187页 |
| 1.1.2 主要试剂和仪器 | 第187页 |
| 1.2 粪便微生物基因组DNA的提取 | 第187-188页 |
| 1.2.1 样品预处理 | 第187页 |
| 1.2.2 Bead beating法提取DNA | 第187页 |
| 1.2.3 化学裂解法提取DNA | 第187-188页 |
| 1.2.4 QIAamp DNA Stool Mini Kit法 | 第188页 |
| 1.2.5 三种提取方法DNA得率的统计学比较 | 第188页 |
| 1.3 细菌16S rRNA基因V3 区的PCR扩增及DGGE分析 | 第188-189页 |
| 1.3.1 PCR扩增 | 第188页 |
| 1.3.2 DGGE分析 | 第188-189页 |
| 2 结果 | 第189-191页 |
| 2.1 Bead beating法不同击打时间对人粪便菌群DGGE指纹图谱的影响 | 第189-190页 |
| 2.2 三种提取方法的DNA得率 | 第190页 |
| 2.3 三种DNA提取方法对人粪便菌群DGGE图谱的影响 | 第190-191页 |
| 3 讨论 | 第191-193页 |
| 参考文献 | 第193-195页 |
| 附录 2. 简称缩写 | 第195-197页 |
| 附录 3. 溶液试剂及培养基 | 第197-198页 |
| 附录 4. 实验中所用的仪器设备 | 第198-199页 |
| 致谢 | 第199-200页 |
| 已(待)发表的学术文章及参加的科研课题 | 第200-201页 |
