| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-23页 |
| 1.1 1,3-二羟基丙酮概述 | 第8-9页 |
| 1.1.1 DHA的结构特点和理化性质 | 第8页 |
| 1.1.2 DHA的作用 | 第8-9页 |
| 1.2 DHA的生产 | 第9-11页 |
| 1.2.1 电催化法 | 第9-10页 |
| 1.2.2 化学法 | 第10-11页 |
| 1.2.3 生物转化法 | 第11页 |
| 1.3 氧化葡萄糖酸杆菌概述 | 第11-12页 |
| 1.4 国内外DHA生物转化的研究进展 | 第12-14页 |
| 1.5 甘油脱氢酶 | 第14-16页 |
| 1.5.1 甘油脱氢酶概述 | 第14页 |
| 1.5.2 目前已测的甘油脱氢酶的结构 | 第14-16页 |
| 1.6 同源建模 | 第16-18页 |
| 1.6.1 一般获得蛋白质三维结构的方法 | 第16页 |
| 1.6.2 折叠识别法 | 第16-17页 |
| 1.6.3 从头预测法 | 第17页 |
| 1.6.4 同源建模法 | 第17页 |
| 1.6.5 同源建模步骤 | 第17页 |
| 1.6.6 序列比对 | 第17-18页 |
| 1.7 分子动力学 | 第18-19页 |
| 1.7.1 分子动力学概述 | 第18页 |
| 1.7.2 分子动力学基本步骤 | 第18-19页 |
| 1.7.3 蛋白质分子动力学模拟计算软件简介 | 第19页 |
| 1.8 分子对接 | 第19-21页 |
| 1.8.1 分子对接方法 | 第20页 |
| 1.8.2 目前较流行的分子对接程序 | 第20-21页 |
| 1.9 两款著名的商业化分子计算软件包 | 第21-22页 |
| 1.9.1 Insight ΙΙ软件包 | 第21-22页 |
| 1.9.2 Sybyl软件包 | 第22页 |
| 1.10 本文的研究内容 | 第22-23页 |
| 第二章 甘油脱氢酶的同源建模 | 第23-33页 |
| 2.1 试验材料 | 第23-27页 |
| 2.1.1 氧化葡萄糖酸杆菌的甘油脱氢酶序列 | 第23-25页 |
| 2.1.2 蛋白质模板 | 第25-27页 |
| 2.2 计算平台 | 第27-28页 |
| 2.2.1 硬件平台 | 第27页 |
| 2.2.2 软件平台 | 第27-28页 |
| 2.3 建模过程 | 第28-32页 |
| 2.3.1 目标蛋白sldha和模板蛋白的氨基酸序列比对 | 第28-30页 |
| 2.3.2 模型构建 | 第30-31页 |
| 2.3.3 模型环区优化 | 第31-32页 |
| 2.4 本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 甘油脱氢酶蛋白模型的分子动力学研究 | 第33-40页 |
| 3.1 试验材料 | 第33页 |
| 3.2 计算平台 | 第33页 |
| 3.2.1 硬件平台 | 第33页 |
| 3.2.2 软件平台 | 第33页 |
| 3.3 分子动力学模拟过程 | 第33-37页 |
| 3.3.1 模拟程序命令 | 第33-34页 |
| 3.3.2 模型PDB文件的前处理 | 第34页 |
| 3.3.3 建立水盒子 | 第34-35页 |
| 3.3.4 中和体系 | 第35页 |
| 3.3.5 体系能量最小化 | 第35页 |
| 3.3.6 位置限制性模拟 | 第35页 |
| 3.3.7 无限制模拟 | 第35-36页 |
| 3.3.8 计算平均构象 | 第36页 |
| 3.3.9 能量最小化 | 第36-37页 |
| 3.4 最终结构的评价 | 第37-39页 |
| 3.4.1 PROCHECK评价 | 第37-38页 |
| 3.4.2 ERRAT评价 | 第38页 |
| 3.4.3 PROSA评价 | 第38-39页 |
| 3.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章 甘油脱氢酶与配体甘油的分子对接研究 | 第40-45页 |
| 4.1 试验材料 | 第40页 |
| 4.2 计算平台 | 第40页 |
| 4.2.1 硬件平台 | 第40页 |
| 4.2.2 软件平台 | 第40页 |
| 4.3 对接过程 | 第40-41页 |
| 4.3.1 准备甘油分子的PDB文件 | 第40页 |
| 4.3.2 利用Autodock进行对接 | 第40-41页 |
| 4.4 结果分析 | 第41-44页 |
| 4.4.1 最佳对接构象 | 第41-42页 |
| 4.4.2 活性位点分析 | 第42-44页 |
| 4.5 本章小结 | 第44-45页 |
| 第五章 结果与展望 | 第45-46页 |
| 5.1 结果 | 第45页 |
| 5.2 展望 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-51页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第51-52页 |
| 附录一、em.mdp文件 | 第52-53页 |
| 附录二、pr.mdp文件 | 第53-54页 |
| 附录三、md.mdp文件 | 第54-55页 |
| 附录四、最陡下降法和共轭梯度法参数文件 | 第55-57页 |
| 致谢 | 第57页 |